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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
29/02/2016 |
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Data da última atualização: |
21/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
BELESINI, A. A.; TELLES, B. R.; CASTRO, G. M. de; GIACHETTO, P. F.; VANTINI, J. da S.; CARVALHO, F. M. de S.; CARLIN, S. R.; CAZETTA, J. O.; FERRO, M. I. T.; PINHEIRO, D. G. |
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Afiliação: |
ALINE ANDRUCIOLI BELESINI, FCAV/Unesp; BRUNA ROBIATI TELLES, FCAV/Unesp; GIOVANNI MARQUES DE CASTRO, CNPTIA; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; JULIANA DA SILVA VANTINI, FCAV/Unesp; FLÁVIA MARIA DE SOUZA CARVALHO, FCAV/Unesp; SAMIRA RODRIGUES CARLIN, IAC/Apta; JAIRO OSWALDO CAZETTA, FCAV/Unesp; MARIA INES T. FERRO, FCAV/Unesp; DANIEL GUARIZ PINHEIRO, FCAV/Unesp. |
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Título: |
de novo assembly and transcriptome analysis of sugarcane leaves from contrasting varieties submited to prolonged water stress. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2016. |
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Páginas: |
Não paginado. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
PAG 2016. Pôster P0792. |
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Conteúdo: |
Sugarcane is an important crop, major source of sugar and alcohol, accounting for two-thirds of the world's sugar production. In Brazil, the sugarcane culture has expanded to areas with prolonged drought seasons, which is constraining its production. In order to identify genes and molecular process related to sugarcane drought tolerance, we performed de novo assembly and transcriptome analysis of two sugarcane genotypes, one tolerant and other sensitive to water stress, submitted to three water deficit condition (30, 60 and 90 days). The de novo assembly of leaves transcriptome was performed using short reads from Illumina RNA-Seq platform, which produced more than 1 billion reads, which were assembled into 177,509 and 185,153 transcripts sequences for the tolerant and sensitive cultivars, respectively. These transcripts were aligned with Sorghum bicolor, Miscanthus giganteus, Arabidopsis thaliana sequences and sugarcane sequences available in public databases. This analysis allowed the identification of a set of sugarcane genes shared with other species, as well as led to the identification of novel transcripts not cataloged yet. Differential expression analysis between genotypes and among days of water deficit were performed with EdgeR and DESeq. The differentially expressed genes were annotated and categorized using Blast2GO. The terms "enzyme regulator" and "transcription regulator" were highlighted within the differentially expressed genes between the contrasting cultivars, suggesting the importance of gene regulation during water deficit. This study found new molecular patterns, which provided hypotheses on plant response to drought and provided important information about genes involved in drought tolerance response. MenosSugarcane is an important crop, major source of sugar and alcohol, accounting for two-thirds of the world's sugar production. In Brazil, the sugarcane culture has expanded to areas with prolonged drought seasons, which is constraining its production. In order to identify genes and molecular process related to sugarcane drought tolerance, we performed de novo assembly and transcriptome analysis of two sugarcane genotypes, one tolerant and other sensitive to water stress, submitted to three water deficit condition (30, 60 and 90 days). The de novo assembly of leaves transcriptome was performed using short reads from Illumina RNA-Seq platform, which produced more than 1 billion reads, which were assembled into 177,509 and 185,153 transcripts sequences for the tolerant and sensitive cultivars, respectively. These transcripts were aligned with Sorghum bicolor, Miscanthus giganteus, Arabidopsis thaliana sequences and sugarcane sequences available in public databases. This analysis allowed the identification of a set of sugarcane genes shared with other species, as well as led to the identification of novel transcripts not cataloged yet. Differential expression analysis between genotypes and among days of water deficit were performed with EdgeR and DESeq. The differentially expressed genes were annotated and categorized using Blast2GO. The terms "enzyme regulator" and "transcription regulator" were highlighted within the differentially expressed genes between the contrasting cultiv... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Cana-de-açúcar; Tolerância à seca; Transcriptoma. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Drought tolerance; Sugarcane; Transcriptomics; Water stress. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/140287/1/PAG-p0792.pdf
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Marc: |
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520 $aSugarcane is an important crop, major source of sugar and alcohol, accounting for two-thirds of the world's sugar production. In Brazil, the sugarcane culture has expanded to areas with prolonged drought seasons, which is constraining its production. In order to identify genes and molecular process related to sugarcane drought tolerance, we performed de novo assembly and transcriptome analysis of two sugarcane genotypes, one tolerant and other sensitive to water stress, submitted to three water deficit condition (30, 60 and 90 days). The de novo assembly of leaves transcriptome was performed using short reads from Illumina RNA-Seq platform, which produced more than 1 billion reads, which were assembled into 177,509 and 185,153 transcripts sequences for the tolerant and sensitive cultivars, respectively. These transcripts were aligned with Sorghum bicolor, Miscanthus giganteus, Arabidopsis thaliana sequences and sugarcane sequences available in public databases. This analysis allowed the identification of a set of sugarcane genes shared with other species, as well as led to the identification of novel transcripts not cataloged yet. Differential expression analysis between genotypes and among days of water deficit were performed with EdgeR and DESeq. The differentially expressed genes were annotated and categorized using Blast2GO. The terms "enzyme regulator" and "transcription regulator" were highlighted within the differentially expressed genes between the contrasting cultivars, suggesting the importance of gene regulation during water deficit. This study found new molecular patterns, which provided hypotheses on plant response to drought and provided important information about genes involved in drought tolerance response.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Algodão. Para informações adicionais entre em contato com cnpa.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Algodão. |
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Data corrente: |
26/09/2007 |
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Data da última atualização: |
09/01/2009 |
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Autoria: |
RIBEIRO, P. de A.; SUJII, E. R.; FONTES, E. M. G.; DINIZ, I. R.; MEDEIROS, M. A. de; SOARES, C. S.; SALGADO-LABOURIAU, M. L.; PEREIRA, B. A. da S. |
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Título: |
Pólen como recurso alimentar do Bicudo Anthonomus grandis Boheman, 1843 (COLEOPTERA: CURCULIONIDAE) na safra e entressafra do algodoeiro. |
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Ano de publicação: |
2007 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DO ALGODÃO, 6., 2007, Uberlândia. Resumos... Uberlândia, 2007. |
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Páginas: |
p. 1-6 |
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Descrição Física: |
1 CD-ROM |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
A cultura do algodoeiro na região dos Cerrados apresentou enorme potencial de
crescimento após a década de 90, em virtude da área disponível, clima favorável e adoção de alta tecnologia. Porém, o ataque de insetos-praga ainda é um fator que preocupa a cadeia produtiva da cultura, principalmente, o ataque do bicudo do algodoeiro, considerado a praga que causa os maiores prejuízos. O presente estudo foi realizado com o objetivo de identificar quais os recursos alimentares são utilizados pelo bicudo no início e final do ciclo do algodoeiro. Foram identificados grãos de pólen
encontrados no trato digestivo de 168 bicudos coletados em armadilhas de feromônio na Fazenda Coperbrás, Distrito Federal. A análise de grãos de pólen foi realizada utilizando a técnica de acetólise. Foram encontrados grãos de pólen em 54% dos bicudos, com um total de 398 grãos, dos quais 345 foram identificados como pertencentes a 19 famílias de plantas. Houve predomínio de grãos de pólen pertencentes às famílias Smilacaceae (49%), Proteaceae (8%) e Melastomataceae-Combretaceae e Myrtaceae (5%). O bicudo possui a capacidade de se dispersar entre áreas de vegetação natural e campos de algodoeiro em busca de pólen de diversas plantas. |
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Thesagro: |
Algodão; Anthonomus Grandis; Cerrado; Pólen. |
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Thesaurus NAL: |
Smilacaceae. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
LEADER 02113naa a2200277 a 4500
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005 2009-01-09
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100 1 $aRIBEIRO, P. de A.
245 $aPólen como recurso alimentar do Bicudo Anthonomus grandis Boheman, 1843 (COLEOPTERA$bCURCULIONIDAE) na safra e entressafra do algodoeiro.
260 $c2007
300 $ap. 1-6$c1 CD-ROM
520 $aA cultura do algodoeiro na região dos Cerrados apresentou enorme potencial de crescimento após a década de 90, em virtude da área disponível, clima favorável e adoção de alta tecnologia. Porém, o ataque de insetos-praga ainda é um fator que preocupa a cadeia produtiva da cultura, principalmente, o ataque do bicudo do algodoeiro, considerado a praga que causa os maiores prejuízos. O presente estudo foi realizado com o objetivo de identificar quais os recursos alimentares são utilizados pelo bicudo no início e final do ciclo do algodoeiro. Foram identificados grãos de pólen encontrados no trato digestivo de 168 bicudos coletados em armadilhas de feromônio na Fazenda Coperbrás, Distrito Federal. A análise de grãos de pólen foi realizada utilizando a técnica de acetólise. Foram encontrados grãos de pólen em 54% dos bicudos, com um total de 398 grãos, dos quais 345 foram identificados como pertencentes a 19 famílias de plantas. Houve predomínio de grãos de pólen pertencentes às famílias Smilacaceae (49%), Proteaceae (8%) e Melastomataceae-Combretaceae e Myrtaceae (5%). O bicudo possui a capacidade de se dispersar entre áreas de vegetação natural e campos de algodoeiro em busca de pólen de diversas plantas.
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Registro original: |
Embrapa Algodão (CNPA) |
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