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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
05/11/2021 |
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Data da última atualização: |
29/12/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
MATOSINHO, C. G. R.; ROSSE, I. C.; FONSECA, P. A. S.; OLIVEIRA, F. S. de; SANTOS, F. G. dos; ARAÚJO, F. M. G.; SALIM, A. C. de M.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA, G.; PIRES, D. E. V.; CARVALHO, M. R. S. |
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Afiliação: |
CAROLINA GUIMARÃES RAMOS MATOSINHO, Universidade Federal de Minas Gerais; IZINARA CRUZ ROSSE, Universidade Federal de Ouro Preto; PABLO AUGUSTO SOUZA FONSECA, University of Guelph; FRANCISLON SILVA DE OLIVEIRA, Fiocruz; FAUSTO GONÇALVES DOS SANTOS, Fiocruz; FLÁVIO MARCOS GOMES ARAÚJO, Fiocruz; ANNA CHRISTINA DE MATOS SALIM, Fiocruz; BEATRIZ CORDENONSI LOPES, Epamig; WAGNER ANTONIO ARBEX, CNPGL; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; MARIA GABRIELA CAMPOLINA D PEIXOTO, CNPGL; RUI DA SILVA VERNEQUE, CNPGL; MARTA FONSECA MARTINS, CNPGL; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; GUILHERME OLIVEIRA, Instituto Tecnológico Vale; DOUGLAS EDUARDO VALENTE PIRES, University of Melbourne; MARIA RAQUEL SANTOS CARVALHO, Universidade Federal de Minas Gerais. |
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Título: |
Identifcation and in silico characterization of structural and functional impacts of genetic variants in milk protein genes in the Zebu breeds Guzerat and Gyr. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Tropical Animal Health and Production, v. 53, n. 6, 524, 2021. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11250-021-02970-2 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Whole genome sequencing of bovine breeds has allowed identifcation of genetic variants in milk protein genes. However, functional repercussion of such variants at a molecular level has seldom been investigated. Here, the results of a multistep Bioinformatic analysis for functional characterization of recently identifed genetic variants in Brazilian Gyr and Guzerat breeds is described, including predicted efects on the following: (i) evolutionary conserved nucleotide positions/regions; (ii) protein function, stability, and interactions; (iii) splicing, branching, and miRNA binding sites; (iv) promoters and transcription factor binding sites; and (v) collocation with QTL. Seventy-one genetic variants were identifed in the caseins (CSN1S1, CSN2, CSN1S2, and CSN3), LALBA, LGB, and LTF genes. Eleven potentially regulatory variants and two missense mutations were identifed. LALBA Ile60Val was predicted to afect protein stability and fexibility, by reducing the number the disulfde bonds established. LTF Thr546Asn is predicted to generate steric clashes, which could mildly afect iron coordination. In addition, LALBA Ile60Val and LTF Thr546Asn afect exonic splicing enhancers and silencers. Consequently, both mutations have the potential of afecting immune response at individual level, not only in the mammary gland. Although laborious, this multistep procedure for classifying variants allowed the identifcation of potentially functional variants for milk protein genes. |
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Palavras-Chave: |
In silico variant analysis. |
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Thesagro: |
Bovino; Caseína; Leite; Proteína. |
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Thesaurus Nal: |
Casein; Cattle; Lactoferrin; Milk proteins. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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Marc: |
LEADER 02787naa a2200433 a 4500
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005 2021-12-29
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520 $aWhole genome sequencing of bovine breeds has allowed identifcation of genetic variants in milk protein genes. However, functional repercussion of such variants at a molecular level has seldom been investigated. Here, the results of a multistep Bioinformatic analysis for functional characterization of recently identifed genetic variants in Brazilian Gyr and Guzerat breeds is described, including predicted efects on the following: (i) evolutionary conserved nucleotide positions/regions; (ii) protein function, stability, and interactions; (iii) splicing, branching, and miRNA binding sites; (iv) promoters and transcription factor binding sites; and (v) collocation with QTL. Seventy-one genetic variants were identifed in the caseins (CSN1S1, CSN2, CSN1S2, and CSN3), LALBA, LGB, and LTF genes. Eleven potentially regulatory variants and two missense mutations were identifed. LALBA Ile60Val was predicted to afect protein stability and fexibility, by reducing the number the disulfde bonds established. LTF Thr546Asn is predicted to generate steric clashes, which could mildly afect iron coordination. In addition, LALBA Ile60Val and LTF Thr546Asn afect exonic splicing enhancers and silencers. Consequently, both mutations have the potential of afecting immune response at individual level, not only in the mammary gland. Although laborious, this multistep procedure for classifying variants allowed the identifcation of potentially functional variants for milk protein genes.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 91 | |
| 6. |  | PEIXOTO, M. G. C. D.; MARTINEZ, M. L.; TEODORO, R. L.; CARVALHO, M. R. S.; MACHADO, M. A.; EUCLYDES, R. F.; GOMES, F. C.; VERNEQUE, R. da S. Avaliação e metodologias para validação de QTL utilizando a estrutura de família de um núcleo MOET. In: REUNIÓN ASOCIACÓN LATINOAMERICANA DE PRODUCCIÓN ANIMAL, 20., REUNIÓN ASOCIACIÓN PERUANA DE PRODUCCIÓN ANIMAL, 30., CONGRESO INTERNACIONAL DE GANADERIA DOBLE PROPOSITO, 5., 2007, Cuzco. Anais... Cuzco: ALPA/APPA, 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 7. | | PEIXOTO, M. G. C. D.; MARTINEZ, M. L.; TEODORO, R. L.; CARVALHO, M. R. S.; MACHADO, M. A.; EUCLYDES, R. F.; GOMES, F. C.; VERNEQUE, R. da S. Avaliação e metodologias para validação de QTL utilizando a estrutura de família de um núcleo MOET. In: REUNIÓN ASOCIACÓN LATINOAMERICANA DE PRODUCCIÓN ANIMAL, 20.; REUNIÓN ASOCIACIÓN PERUANA DE PRODUCCIÓN ANIMAL, 30.; CONGRESO INTERNACIONAL DE GANADERIA DOBLE PROPOSITO, 5., 2007, Cuzco. Resumenes... Cuzco: ALPA/APPA, 2007.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 8. | | SANTOS, D. J. DE A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; TONHATI, H.; CARVALHO, M. R. S.; SILVA, M. V. G. B. Análise de associação global para identificar locos relacionados às produções de leite, de gordura e de proteína na raça Guzerá. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 10., 2013, Uberaba. Anais... Viçosa: Sociedade Brasileira de Melhoramento Animal, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 9. | | CARVALHO, M. R. S.; STEINBERG, R. S.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; TEODORO, R. L.; SANDES, S. H. C.; PEIXOTO, M. G. C. D. Associação dos polimorfismos nos loci da capa-caseína e da beta-lactoglobulina com parâmetros da produção leiteira na raça Guzerá melhorada para leite. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 55., 2009, Aguas de Lindoia. Anais... Águas de Lindóia: SBG, 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 11. | | FONSECA, P. A. S.; STEINBERG, R. S.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MACHADO, M. A.; FONSECA, C. G.; CARVALHO, M. R. S. Associação de polimorfismos nos genes da kappa-caseina e beta-lactoglubulina com produção e composição do leite na raça Guzerá. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010, Guarujá. Resumos... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 12. | | FREITAS, A. C. DE; SOUZA, G. F.; CAMARGO, G. M. F. DE; PEIXOTO, M. G. C. D.; CARVALHO, M. R. S.; TONHATI, H. Caracterização do gene Stearoil-CoA desaturase nas raças gir e guzerá. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 10., 2013, Uberaba. Anais... Viçosa: Sociedade Brasileira de Melhoramento Animal, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 13. | | LACORTE, G. A.; MACHADO, M. A.; CAMPOS, A. L.; SILVA, R. S. da; CARVALHO, M. R. S.; FONSECA, C. G da. Caracterização do poliformismo DGAT1 VNTR em raças bovinas brasileiras. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 53., 2007, Águas de Lindóia. Resumos... Ribeirão Preto: SBG, 2007. p. 123.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 15. | | PEIXOTO, M. G. C. D.; FONSECA, C. G.; STEINBERG, R. S.; SOUSA, G. E.; VERNEQUE, R. S.; TEODORO, R. L.; MACHADO, M. A.; CARVALHO, M. R. S. Caracterização das variantes genéticas do gene DGAT1 na raça Guzerá (Bos indicus ) In: CONGRESSO INTERNACIONAL DO LEITE, 6., 2007, Resende. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2007. 1 CD.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
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| 18. | | FONSECA, P. A. S.; ROSSE, I. C.; LAMOUNIER, P. F.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MACHADO, M. A.; CARVALHO, M. R. S. Desenvolvimento de marcadores moleculares no gene regulador do metabolismo de lipídeos na glândula mamaria bovina - PPAR gamma. In: International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-Meeting, 7., 2011, Florianópolis. Resumos... Florianópolis: AB3C, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 19. | | SANTOS, D. J. DE A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; CARVALHO, M. R. S.; SILVA, M. V. G. B.; BORQUIS, R. R. A.; TONHATI, H. Distribuição dos SNPs de painel de alta densidade em bovinos da raça Guzerá por gene descrito. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 10., 2013, Uberaba. Anais... Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Melhoramento Animal, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 20. | | PEREIRA, L.; STEINBERG, R. S.; PEIXOTO, M. G. C. D.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. S.; TEODORO, R. L.; FONSECA, C. G.; CARVALHO, M. R. S. Detecção do polimorfismo K232A do gene DGAT1 através de tetra-primer ARMS-PCR. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 53., 2007, Águas de Lindóia. Resumos... Ribeirão Preto: SBG, 2007. p. 171.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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