| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sul. |
|
Data corrente: |
15/02/2017 |
|
Data da última atualização: |
22/02/2017 |
|
Tipo da produção científica: |
Documentos |
|
Autoria: |
MUDADU, M. de A.; CARVALHO, H. G. de; YOKOO, M. J. I.; CARDOSO, F. F. |
|
Afiliação: |
MAURÍCIO DE ALVARENGA MUDADU, CNPTIA; HENRY GOMES DE CARVALHO, CPPSUL; MARCOS JUN ITI YOKOO, CPPSUL; FERNANDO FLORES CARDOSO, CPPSUL. |
|
Título: |
Imputação de genótipos em bovinos: um guia passo a passo. |
|
Ano de publicação: |
2016 |
|
Fonte/Imprenta: |
Campinas: Embrapa informática Agropecuária, 2016. |
|
Páginas: |
31 p. |
|
Descrição Física: |
il. |
|
Série: |
(Embrapa informática Agropecuária. Documentos, 143). |
|
ISSN: |
1677-9274 |
|
Idioma: |
Português |
|
Conteúdo: |
O programa de melhoramento genético no Brasil está implementando o uso de marcadores genéticos, um procedimento chamado seleção genômica (SG). SG consiste em genotipar uma população de referência com fenótipos conhecidos e na descoberta de marcadores genéticos associados. O efeito dos marcadores são estimados e validados de forma a tornar possível predizer os valores genéticos dos cadidatos à seleção baseado nos seus genótipos. A genotipagem de alta densidade tem custo elevado, de forma que usa-se genotipar a população de referência usando chips de alta densidade de marcadores e genotipar com menor custo os candidatos a seleção usando chips de baixa densidade de marcadores. A imputação de genótipos é então aplicada para expandir os dados de genotipagem dos candidatos, melhorando a intensidade de seleção e reduzindo custos. Nesse trabalho, três softwares de imputação, Beagle v4.1, Minimac v3 e Fimpute v2.2 foram usados para imputar genótipos de chips de baixa densidade para alta densidade, usando dados de genotipagem de 233 touros da raça Hereford e Bradford provindos da região sul do Brasil. Dados de alta densidade de genotipagem (777 mil marcadores) foram disponibilizados para todas as amostras, de forma que os dados de um chip de baixa densidade (50 mil marcadores) puderam ser obtidos e as acurácias dos softwares puderam ser medidas. Os resultados mostraram que os softwares permitiram imputar mais de 94% de todos os marcadores passíveis de imputação. A taxa de marcadores imputados corretamente variou de 86% a 94%. A performance dos softwares variou entre 26,9 a 378,1 marcadores imputados por segundo, usando uma amostra dos dados de genotipagem do cromossomo 1. De uma forma geral, todos os três softwares apresentaram boa performance e se mostraram como boas opções para a imputação de genótipos para se usar em SG MenosO programa de melhoramento genético no Brasil está implementando o uso de marcadores genéticos, um procedimento chamado seleção genômica (SG). SG consiste em genotipar uma população de referência com fenótipos conhecidos e na descoberta de marcadores genéticos associados. O efeito dos marcadores são estimados e validados de forma a tornar possível predizer os valores genéticos dos cadidatos à seleção baseado nos seus genótipos. A genotipagem de alta densidade tem custo elevado, de forma que usa-se genotipar a população de referência usando chips de alta densidade de marcadores e genotipar com menor custo os candidatos a seleção usando chips de baixa densidade de marcadores. A imputação de genótipos é então aplicada para expandir os dados de genotipagem dos candidatos, melhorando a intensidade de seleção e reduzindo custos. Nesse trabalho, três softwares de imputação, Beagle v4.1, Minimac v3 e Fimpute v2.2 foram usados para imputar genótipos de chips de baixa densidade para alta densidade, usando dados de genotipagem de 233 touros da raça Hereford e Bradford provindos da região sul do Brasil. Dados de alta densidade de genotipagem (777 mil marcadores) foram disponibilizados para todas as amostras, de forma que os dados de um chip de baixa densidade (50 mil marcadores) puderam ser obtidos e as acurácias dos softwares puderam ser medidas. Os resultados mostraram que os softwares permitiram imputar mais de 94% de todos os marcadores passíveis de imputação. A taxa de marcadores i... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Bioinformática; Genotipagem em alta densidade; Imputação de genótipos. |
|
Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Genotyping. |
|
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/155698/1/Doc143.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02629nam a2200241 a 4500
001 2064163
005 2017-02-22
008 2016 bl uuuu u0uu1 u #d
022 $a1677-9274
100 1 $aMUDADU, M. de A.
245 $aImputação de genótipos em bovinos$bum guia passo a passo.$h[electronic resource]
260 $aCampinas: Embrapa informática Agropecuária$c2016
300 $a31 p.$cil.
490 $a(Embrapa informática Agropecuária. Documentos, 143).
520 $aO programa de melhoramento genético no Brasil está implementando o uso de marcadores genéticos, um procedimento chamado seleção genômica (SG). SG consiste em genotipar uma população de referência com fenótipos conhecidos e na descoberta de marcadores genéticos associados. O efeito dos marcadores são estimados e validados de forma a tornar possível predizer os valores genéticos dos cadidatos à seleção baseado nos seus genótipos. A genotipagem de alta densidade tem custo elevado, de forma que usa-se genotipar a população de referência usando chips de alta densidade de marcadores e genotipar com menor custo os candidatos a seleção usando chips de baixa densidade de marcadores. A imputação de genótipos é então aplicada para expandir os dados de genotipagem dos candidatos, melhorando a intensidade de seleção e reduzindo custos. Nesse trabalho, três softwares de imputação, Beagle v4.1, Minimac v3 e Fimpute v2.2 foram usados para imputar genótipos de chips de baixa densidade para alta densidade, usando dados de genotipagem de 233 touros da raça Hereford e Bradford provindos da região sul do Brasil. Dados de alta densidade de genotipagem (777 mil marcadores) foram disponibilizados para todas as amostras, de forma que os dados de um chip de baixa densidade (50 mil marcadores) puderam ser obtidos e as acurácias dos softwares puderam ser medidas. Os resultados mostraram que os softwares permitiram imputar mais de 94% de todos os marcadores passíveis de imputação. A taxa de marcadores imputados corretamente variou de 86% a 94%. A performance dos softwares variou entre 26,9 a 378,1 marcadores imputados por segundo, usando uma amostra dos dados de genotipagem do cromossomo 1. De uma forma geral, todos os três softwares apresentaram boa performance e se mostraram como boas opções para a imputação de genótipos para se usar em SG
650 $aBioinformatics
650 $aGenotyping
653 $aBioinformática
653 $aGenotipagem em alta densidade
653 $aImputação de genótipos
700 1 $aCARVALHO, H. G. de
700 1 $aYOKOO, M. J. I.
700 1 $aCARDOSO, F. F.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
Registro Completo
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
|
Data corrente: |
26/03/2009 |
|
Data da última atualização: |
15/05/2024 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo de Divulgação na Mídia |
|
Autoria: |
COSTA, C. N.; FREITAS, A. F. |
|
Afiliação: |
Cláudio Nápolis Costa, Embrapa Gado de Leite; Ary Ferreira de Freitas, Embrapa Gado de Leite. |
|
Título: |
A evolução da produção de leite no estado de Minas Gerais e a participação do rebanho da raça Holandesa no período de 1990 a 2005. |
|
Ano de publicação: |
2008 |
|
Fonte/Imprenta: |
Jornal Gado Holandês, Juiz de Fora, n. 61, p. 26, 2008. |
|
Idioma: |
Português |
|
Palavras-Chave: |
Produção de leite; Rebanho Holandês. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/596543/1/A-evolucao-da-producao-de-leite.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 00502nam a2200133 a 4500
001 1596543
005 2024-05-15
008 2008 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aCOSTA, C. N.
245 $aA evolução da produção de leite no estado de Minas Gerais e a participação do rebanho da raça Holandesa no período de 1990 a 2005.$h[electronic resource]
260 $aJornal Gado Holandês, Juiz de Fora, n. 61, p. 26$c2008
653 $aProdução de leite
653 $aRebanho Holandês
700 1 $aFREITAS, A. F.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
Fechar
|
| Expressão de busca inválida. Verifique!!! |
|
|
