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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
06/03/2017 |
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Data da última atualização: |
29/03/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
ANDRADE, A. C.; SILVA JUNIOR, O. B. da; CARNEIRO, F.; MARRACCINI, P.; GRATTAPAGLIA, D. |
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Afiliação: |
ALAN CARVALHO ANDRADE, SAPC; ORZENIL BONFIM DA SILVA JUNIOR, Cenargen; UFLA; CIRAD; DARIO GRATTAPAGLIA, Cenargen. |
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Título: |
Towards GWAS and Genomic Prediction in Coffee: Development and Validation of a 26K SNP Chip for Coffea Canephora. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
In: PLANT & ANIMAL GENOME, 25., 2017, San Diego. Final program & exhibite guide... San Diego: USDA, 2017. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genome-wide SNP genotyping platforms aiming at high-throughput and high-precision genotyping constitute an essential tool to advance breeding by genomic prediction and gene discovery by GWAS. Recent advances in coffee genomics with the sequencing of the Coffea canephora reference genome, has provided the coffee scientific community the necessary resource to develop a SNPs toolbox for genome-wide genotyping. C. canephora, an allogamous diploid species, and one of the parents of the allotetraploid C. arabica, has been an important source of genetic variability for breeding programs of both cultivated species. Highly heterozygous genomes such as C. canephora require a much higher sequence depth to reach acceptable marker call rates and genotype accuracy, when using sequence-based genotyping methods such that their cost effectiveness may not be realized. Here we describe the development and validation of a 26K Axiom SNP array (Affymetrix) whose genome- wide distributed SNP content was discovered from pooled whole-genome resequencing of C. canephora accessions covering most of its known genetic diversity. Besides facilitating low cost, high marker density, polymorphism and speed of data generation, the platform displays high genotype call accuracy and reproducibility. Genotyping validation resulted in 24,073 SNPs (94.6%) successfully converted out of the 25,456 SNPs on the array. 20,982 markers(87.1%) were scored as providing high-resolution genotypic data in a set of 800 individuals of a breeding population in which 19,586 (81.4%) were polymorphic and 1,396 (5.8%) were monomorphic. The remaining set of 3,091 (12.8%) successfully converted markers were of lower accuracy in the studied sample and may require additional cluster analysis to proper biological interpretation, i.e. targeting CNVs. This large validated SNP collection provides a powerful tool for molecular breeding and population genetics investigation within coffee species. Some preliminary results of a GWAS using this genotyping platform will be presented. MenosGenome-wide SNP genotyping platforms aiming at high-throughput and high-precision genotyping constitute an essential tool to advance breeding by genomic prediction and gene discovery by GWAS. Recent advances in coffee genomics with the sequencing of the Coffea canephora reference genome, has provided the coffee scientific community the necessary resource to develop a SNPs toolbox for genome-wide genotyping. C. canephora, an allogamous diploid species, and one of the parents of the allotetraploid C. arabica, has been an important source of genetic variability for breeding programs of both cultivated species. Highly heterozygous genomes such as C. canephora require a much higher sequence depth to reach acceptable marker call rates and genotype accuracy, when using sequence-based genotyping methods such that their cost effectiveness may not be realized. Here we describe the development and validation of a 26K Axiom SNP array (Affymetrix) whose genome- wide distributed SNP content was discovered from pooled whole-genome resequencing of C. canephora accessions covering most of its known genetic diversity. Besides facilitating low cost, high marker density, polymorphism and speed of data generation, the platform displays high genotype call accuracy and reproducibility. Genotyping validation resulted in 24,073 SNPs (94.6%) successfully converted out of the 25,456 SNPs on the array. 20,982 markers(87.1%) were scored as providing high-resolution genotypic data in a set of 800 individ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Coffee Berry Borer; Coffee canephora. |
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Thesagro: |
Coffea Canephora. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/157203/1/Coffe-genomics.pdf
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Marc: |
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520 $aGenome-wide SNP genotyping platforms aiming at high-throughput and high-precision genotyping constitute an essential tool to advance breeding by genomic prediction and gene discovery by GWAS. Recent advances in coffee genomics with the sequencing of the Coffea canephora reference genome, has provided the coffee scientific community the necessary resource to develop a SNPs toolbox for genome-wide genotyping. C. canephora, an allogamous diploid species, and one of the parents of the allotetraploid C. arabica, has been an important source of genetic variability for breeding programs of both cultivated species. Highly heterozygous genomes such as C. canephora require a much higher sequence depth to reach acceptable marker call rates and genotype accuracy, when using sequence-based genotyping methods such that their cost effectiveness may not be realized. Here we describe the development and validation of a 26K Axiom SNP array (Affymetrix) whose genome- wide distributed SNP content was discovered from pooled whole-genome resequencing of C. canephora accessions covering most of its known genetic diversity. Besides facilitating low cost, high marker density, polymorphism and speed of data generation, the platform displays high genotype call accuracy and reproducibility. Genotyping validation resulted in 24,073 SNPs (94.6%) successfully converted out of the 25,456 SNPs on the array. 20,982 markers(87.1%) were scored as providing high-resolution genotypic data in a set of 800 individuals of a breeding population in which 19,586 (81.4%) were polymorphic and 1,396 (5.8%) were monomorphic. The remaining set of 3,091 (12.8%) successfully converted markers were of lower accuracy in the studied sample and may require additional cluster analysis to proper biological interpretation, i.e. targeting CNVs. This large validated SNP collection provides a powerful tool for molecular breeding and population genetics investigation within coffee species. Some preliminary results of a GWAS using this genotyping platform will be presented.
650 $aCoffea Canephora
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653 $aCoffee canephora
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700 1 $aMARRACCINI, P.
700 1 $aGRATTAPAGLIA, D.
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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| Registros recuperados : 108 | |
| 22. |  | LAGO, R. C. A.; CARNEIRO, F. P.; TORQUILHO, D. F.; FREITAS, S. P. Natural antibiotics - a by-product in aqueous enzymatic extraction of avocado oil from the fresh pulp. Inform, v.11, n.5, p.126, 2000. Edicao de Abstracts da 91th AOCS ANNUAL MEETING & EXPO, San Diego, California, 2000.| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 26. | | OLIVEIRA, V. M. de; TORRES, R. de A.; CARVALHO, D. M. F.; ROCHA, B. B.; CARNEIRO, F. M. Atividades relacionadas à ordenha que podem alterar a saúde do úbere, a qualidade e a composição do leite. In: TORRES, R. de A.; OLIVEIRA, V. M.; RODRIGUES, C. A. F. (Ed.). Políticas e tecnologias para o desenvolvimento da pecuária de leite familiar da Zona da Mata Mineira. Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2009. p. 113-128.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 27. | | SILVA, M. M. de A.; CARNEIRO, F. W. de O.; OLIVEIRA, A. F. M. de; CAMARA, T. Ação de fitorreguladores na organogênese in vitro de mamoneira e atividade de enzimas do sistema antioxidante. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. p. 15| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 28. | | MORAES, L. B. de; RUSCHEL, A. R.; PINTO, M. V. P.; BAHIA, P. T. F.; CARNEIRO, F. da S. Aspectos florísticos e fitossociológicos de palmeiras (Arecaceae) em florestas adjacentes aos rios Pará e Amazonas. In: SEMINÁRIO ANUAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRA, 13., 2015, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Universidade Federal Rural da Amazônia, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 29. | | AQUINO, S. O. de; CARNEIRO, F. de A.; RÊGO, E. C. S.; DUARTE, K. E.; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P. Análise de promotores do gene CcDREBID de Coffea canephora via transformação genética de Nicotiana tabacum. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 9., 2015, Curitiba. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 30. | | CARNEIRO, F. F.; DELGADO, G.; AUGUSTO, L. G. da S.; ALMEIDA, V. E. S. de; PESSOA, V. M. Os impactos dos agrotóxicos no contexto do agronegócio. In: ARAÚJO, M. M. de; MARTINS, J. A.; LACERDA, M. B.; TRAMARIM, E. (Ed.). A agricultura familiar e o direito humano à alimentação: conquistas e desafios. Brasília, DF: Câmara dos Deputados, 2015. p. 129-136. (Comissões em ação, 43).| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 31. | | COTTA, M. G.; MARRACCINI, P.; REGO, E. C. S.; SIDIBE-BOCS, S.; CARNEIRO, F. A.; THIS, D.; ANDRADE, A. C. First step of ABA-mediated response to drought in Coffea. In: In: INTERNATIONAL CONGRESS OF PLANT MOLECULAR BIOLOGY, 11., 2015, Iguassu Falls, Brazil. Book of Abstracts... Rockville, USA: American Society of Plant Biologists, 2015. p. 0881.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 32. | | FREITAS, A. F. de; COSTA, C. N.; VIANELLO, R. L.; FREITAS, M. S. de; CAMILO, B. S.; CARNEIRO, F. M. Estimativas de componentes de variância e parâmetros genéticos para a tolerância ao calor de animais da raça Holandês em Minas Gerais. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DO LEITE, 6., 2007, Resende. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2007. 1 CD.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 33. | | TORQUILHO, D. F.; QUEIROZ, A. P. de A.; CARNEIRO, F. P.; LIMA, M. F.; LAGO, R. C. A. Mono- e sesquiterpenos do hidrodestilado de folhas, caroco e casca de abacate. In: CONGRESSO LATINOAMERICANO DE CROMATOGRAFIA, 7., 1998, Aguas de Sao Pedro. Livro de Resumos... Aguas de Sao Pedro, 1998 . p.123.| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 34. | | CARNEIRO, F. S.; LACERDA, A. E. B. de; LEMES, M. R.; GRIBEL, R.; KANASHIRO, M.; SEBBENN, A. M. Mendelian inheritance, linkage and genotypic disequilibrium in microsatellite loci isolated from Hymenaea courbaril (Leguminosae). Genetics and Molecular Research, v. 11, n. 3, p. 1942-1948, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Florestas. |
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| 36. | | CHAVES, A. A.; CARNEIRO, F.; NOHAMA, F. R.; MENDES, I.; PEREIRA, C.; OLIVEIRA, A. A. de; ANDRADE, L. R. M; MARTINS, E. de S. Atividade enzimatica em solos de cerrado em funcao da aplicacao de po de rocha carbonatada e calcario. In: ENCONTRO DE JOVENS TALENTOS DA EMBRAPA CERRADOS: CONSTRUINDO O CONHECIMENTO DO FUTURO, 1., 2000, Planaltina, DF. Resumos. Planaltina: Embrapa Cerrados, 2000. p.13. (Embrapa Cerrados. Documentos, 14).| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 37. | | NOGUEIRA NETO, P. P.; COELHO, F. de A.; PINTO, M. V. P.; CARNEIRO, F. da S.; RUSCHEL, A. R.; KANASHIRO, M. Avaliação da estrutura diamétrica como critério para definição do estádio sucessional em lotes de assentamento rural no município de Anapu. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 20.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 4., 2016, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2016. p. 172-175.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 38. | | CARNEIRO, F. F. D.; BRITO, R. L. L. de; GOMES, T. C. L.; ANDRIOLI, A.; LOBO, R. N. B.; PINHEIRO, R. R. Análises econômicas em sanidade animal. In: DAMACENO, M. N.; GOMES, T. C. L.; MESQUITA, T. C.; SOUSA, A. M. de. (Org.). Análises econômicas de experimentos em produção animal. Recife: Imprima, 2016. p. 99-105. Trabalho apresentado no VIII Congresso Nordestino de Produção Animal, Fortaleza, CE, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 39. | | COSTA, A. C.; GALVAO, M. A. A.; SILVA, E. G. da; CARNEIRO, F. F. D.; AGUIAR, A. L. de; LOBO, R. N. B. Análise multivariada de características morfométricas de cabras da raça Anglonubiana. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA CAPRINOS E OVINOS, 3., 2014, Sobral. Anais... Sobral: Embrapa Caprinos e Ovinos, 2014. p. 13.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 40. | | COSTA, T. S.; CARNEIRO, F. A.; COTTA, M. G.; LIMA, E. A.; RÊGO, E. C. S.; MARRACCINI, P.; ANDRADE, A. C. Analysis of the expression of mannose-6-phosphate reductase gene in roots of different clones of C. canephora subbmited to water deficit. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFE SCIENCE, 26., 2016, China. The programm & abstrcets... China: Asic, 2016. p. 186.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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