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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Suínos e Aves. |
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Data corrente: |
19/10/2018 |
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Data da última atualização: |
19/10/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LORENZETTI, W. R.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; MORES, M. A. Z.; SAVOLDI, I. R.; CARMO, K. B. do; OLIVEIRA, H. C. de; LEDUR, M. C. |
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Afiliação: |
WILLIAM RAPHAEL LORENZETTI, UDESC/Chapecó; ADRIANA MERCIA GUARATINI IBELLI, CNPSA; JANE DE OLIVEIRA PEIXOTO, CNPSA; MARCOS ANTONIO ZANELLA MORES, CNPSA; IGOR RICARDO SAVOLDI, UNC/Concórdia; KAMILLA BLEIL DO CARMO, UNC/Concórdia; HANIEL CEDRAZ DE OLIVEIRA, UFV; MONICA CORREA LEDUR, CNPSA. |
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Título: |
Identification of endogenous normalizing genes for expression studies in inguinal ring tissue for scrotal hernias in pigs. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Plos One, v. 13, n.9, e0204348, 2018. |
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DOI: |
10.1371/journal.pone.0204348 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract: The use of reference genes is required for relative quantification in gene expression analysis and since the stability of these genes could be variable depending on the experimental design, it has become indispensable to test the reliability of endogenous genes. Therefore, this study evaluated 10 reference candidate genes in two different experimental conditions in order to obtain stable genes to be used as reference in expression studies related to scrotal hernias in pigs. Two independent experiments were performed: one with 30 days-old MS115 pigs and the other with 60 days-old Landrace pigs. The inguinal ring/canal was collected, frozen and further submitted to real-time PCR analysis (qPCR). For the reference genes stability evaluation, four tools were used: GeNorm in the SLqPCR, BestKeeper, NormFinder and Comparative CT. A general ranking was generated using the BruteAggreg function of R environment. In this study, the RPL19 was one of the most reliable endogenous genes for both experiments. The breed/age effects influenced the expression stability of candidate reference genes evaluated in the inguinal ring of pigs. Therefore, this study reinforces the importance of evaluating the stability of several endogenous genes previous their use, since a consensual set of reference genes is not easily obtained. Here, two sets of genes are recommended: RPL19, RPL32 and H3F3A for 30-days MS115 and PPIA and RPL19 for the 60 days-old Landrace pigs. This is the first study using the inguinal ring tissue and the results can be useful as an indicative for other studies working with gene expression in this tissue. Resumo: O uso de genes de referência é necessário para a quantificação relativa na análise da expressão gênica e como a estabilidade desses genes pode ser variável dependendo do desenho experimental, tornou-se indispensável testar a confiabilidade dos genes endógenos. Portanto, este estudo avaliou 10 genes candidatos de referência em duas condições experimentais diferentes, a fim de obter genes estáveis para serem usados como referência em estudos de expressão relacionados a hérnias escrotais em suínos. Dois experimentos independentes foram realizados: um com porcos MS115 com 30 dias de idade e outro com porcos Landrace com 60 dias de idade. O anel / canal inguinal foi coletado, congelado e posteriormente submetido à análise de PCR em tempo real (qPCR). Para a avaliação da estabilidade dos genes de referência, foram utilizadas quatro ferramentas: GeNorm no SLqPCR, BestKeeper, NormFinder e Comparative CT. Uma classificação geral foi gerada usando a função BruteAggreg do ambiente R. Neste estudo, o RPL19 foi um dos genes endógenos mais confiáveis para ambos os experimentos. Os efeitos raça / idade influenciaram a estabilidade de expressão dos genes de referência candidatos avaliados no anel inguinal de suínos. Portanto, este estudo reforça a importância de avaliar a estabilidade de vários genes endógenos antes do seu uso, uma vez que um conjunto consensual de genes de referência não é facilmente obtido. Aqui, dois conjuntos de genes são recomendados: RPL19, RPL32 e H3F3A para MS115 de 30 dias e PPIA e RPL19 para os suínos Landrace com 60 dias de idade. Este é o primeiro estudo usando o tecido anelar inguinal e os resultados podem ser úteis como um indicativo para outros estudos que trabalham com expressão gênica neste tecido. MenosAbstract: The use of reference genes is required for relative quantification in gene expression analysis and since the stability of these genes could be variable depending on the experimental design, it has become indispensable to test the reliability of endogenous genes. Therefore, this study evaluated 10 reference candidate genes in two different experimental conditions in order to obtain stable genes to be used as reference in expression studies related to scrotal hernias in pigs. Two independent experiments were performed: one with 30 days-old MS115 pigs and the other with 60 days-old Landrace pigs. The inguinal ring/canal was collected, frozen and further submitted to real-time PCR analysis (qPCR). For the reference genes stability evaluation, four tools were used: GeNorm in the SLqPCR, BestKeeper, NormFinder and Comparative CT. A general ranking was generated using the BruteAggreg function of R environment. In this study, the RPL19 was one of the most reliable endogenous genes for both experiments. The breed/age effects influenced the expression stability of candidate reference genes evaluated in the inguinal ring of pigs. Therefore, this study reinforces the importance of evaluating the stability of several endogenous genes previous their use, since a consensual set of reference genes is not easily obtained. Here, two sets of genes are recommended: RPL19, RPL32 and H3F3A for 30-days MS115 and PPIA and RPL19 for the 60 days-old Landrace pigs. This is the first study us... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Hérnias escrotais; Scrotal hernias. |
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Thesagro: |
Genética Animal; Hérnia; Melhoramento Genético Animal; Suíno. |
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Thesaurus Nal: |
Breeding; Breeding and Genetic Improvement; Swine. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
LEADER 04455naa a2200325 a 4500
001 2097801
005 2018-10-19
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520 $aAbstract: The use of reference genes is required for relative quantification in gene expression analysis and since the stability of these genes could be variable depending on the experimental design, it has become indispensable to test the reliability of endogenous genes. Therefore, this study evaluated 10 reference candidate genes in two different experimental conditions in order to obtain stable genes to be used as reference in expression studies related to scrotal hernias in pigs. Two independent experiments were performed: one with 30 days-old MS115 pigs and the other with 60 days-old Landrace pigs. The inguinal ring/canal was collected, frozen and further submitted to real-time PCR analysis (qPCR). For the reference genes stability evaluation, four tools were used: GeNorm in the SLqPCR, BestKeeper, NormFinder and Comparative CT. A general ranking was generated using the BruteAggreg function of R environment. In this study, the RPL19 was one of the most reliable endogenous genes for both experiments. The breed/age effects influenced the expression stability of candidate reference genes evaluated in the inguinal ring of pigs. Therefore, this study reinforces the importance of evaluating the stability of several endogenous genes previous their use, since a consensual set of reference genes is not easily obtained. Here, two sets of genes are recommended: RPL19, RPL32 and H3F3A for 30-days MS115 and PPIA and RPL19 for the 60 days-old Landrace pigs. This is the first study using the inguinal ring tissue and the results can be useful as an indicative for other studies working with gene expression in this tissue. Resumo: O uso de genes de referência é necessário para a quantificação relativa na análise da expressão gênica e como a estabilidade desses genes pode ser variável dependendo do desenho experimental, tornou-se indispensável testar a confiabilidade dos genes endógenos. Portanto, este estudo avaliou 10 genes candidatos de referência em duas condições experimentais diferentes, a fim de obter genes estáveis para serem usados como referência em estudos de expressão relacionados a hérnias escrotais em suínos. Dois experimentos independentes foram realizados: um com porcos MS115 com 30 dias de idade e outro com porcos Landrace com 60 dias de idade. O anel / canal inguinal foi coletado, congelado e posteriormente submetido à análise de PCR em tempo real (qPCR). Para a avaliação da estabilidade dos genes de referência, foram utilizadas quatro ferramentas: GeNorm no SLqPCR, BestKeeper, NormFinder e Comparative CT. Uma classificação geral foi gerada usando a função BruteAggreg do ambiente R. Neste estudo, o RPL19 foi um dos genes endógenos mais confiáveis para ambos os experimentos. Os efeitos raça / idade influenciaram a estabilidade de expressão dos genes de referência candidatos avaliados no anel inguinal de suínos. Portanto, este estudo reforça a importância de avaliar a estabilidade de vários genes endógenos antes do seu uso, uma vez que um conjunto consensual de genes de referência não é facilmente obtido. Aqui, dois conjuntos de genes são recomendados: RPL19, RPL32 e H3F3A para MS115 de 30 dias e PPIA e RPL19 para os suínos Landrace com 60 dias de idade. Este é o primeiro estudo usando o tecido anelar inguinal e os resultados podem ser úteis como um indicativo para outros estudos que trabalham com expressão gênica neste tecido.
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Registro original: |
Embrapa Suínos e Aves (CNPSA) |
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| Registros recuperados : 26 | |
| 3. |  | BERBER, G. C. M.; GARCIA, M. N.; CARMO, K. B. do; BOURSCHEIDT, M. L. B.; BONALDO, S. M; FERREIRA, A. Controle biológico de Rhizoctonia spp por fungos isolados de solos sob sistemas integrados de produção In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA AGROSSILVIPASTORIL, 2.,2013, Sinop. Anais... Sinop, MT: Embrapa Agrossilvipastoril, 2013. 1 CD.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril. |
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| 5. | | BOURSCHEIDT, M. L. B.; CARMO, K. B. do; BERBER, G. C. M.; GARCIA, M. N.; FERREIRA, A. Bioprospecção de bactérias com potencial no controle biológico de rhizoctonia solani em sistemas integrados no ecótono CERRADO/AMAZÔNIA In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA AGROSSILVIPASTORIL, 2.,2013, Sinop. Anais... Sinop, MT: Embrapa Agrossilvipastoril, 2013. 1 CD.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril. |
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| 6. | | SAVOLDI, I. R.; PETRY, B.; CARMO, K. B. do; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C. Expressão do gene PTHLH em frangos de corte normais e afetados pela necrose da cabeça do fêmur. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 10., 2016, Concórdia. Anais... Concórdia: Embrapa Suínos e Aves: UNC, 2017. p. 13-14. JINC.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 7. | | SAVOLDI, I. R.; PETRY, B.; CARMO, K. B. do; MARCIANO, C. M. M.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C. Seleção de genes constitutivos para estudos de expressão gênica em ossos de frangos de corte aos 35 dias de idade. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA (JINC), 10., 2016, Concórdia. Anais... Brasília: Embrapa, 2016. p. 28-29.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 8. | | CARMO, K. B. do; CERVANTES, V. N. M.; PANCHONI, L. C.; SANTOS, C. A. dos; ANDRADE FILHO, G.; NOGUEIRA, M. A. A adição de lodo de esgoto ao solo estimula comunidades microbianas que aumentam o risco de perdas de nitrogênio. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBILOGIA, 26.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE BACTÉRIAS LÁTICAS; ENCONTRO NACIONAL DE PROFESSORES DE MICROBIOLOGIA; SIMPÓSIO DE COLEÇÕES DE CULTURAS, 4., 2011, Foz do Iguaçu. Anais... São Paulo: SBM, 2011. Resumo, 519-1.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 9. | | CARMO, K. B. do; IBELLI, A. M. G.; SAVOLDI, I. R.; ONO, R. K.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C. Associação de um SNP no gene da calmodulina com características de integridade da tíbia em frangos de corte. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 10., 2016, Concórdia. Anais... Concórdia: Embrapa Suínos e Aves: UNC, 2017. p. 69-70. JINC.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 10. | | BOURSCHEIDT, M. L. B.; CARMO, K. B. do; KAVASAKI, K. F. L.; PEREIRA, T. C. D.; PEDREIRA, B. C. e; FERREIRA, A. Bioprospecção de bactérias com potencial antagônico a fusarium spp. associado à morte de brachiaria brizantha IN: Semana Acadêmica - Sinop/2014, 1., 2014,Sinop, MT. Resumos... I Semana Acadêmica ? Sinop/2014, III Jornada Científica da Embrapa Agrossilvipastoril, Seminário Integrador PIBID e Tutoria, Mostra de Ensino e Extensão. ? Brasília, DF : Embrapa, 2014. p. 127 1| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril. |
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| 11. | | GARCIA, M. N.; BERBER, G. C. M.; CARMO, K. B. do; BOURSCHEIDT, M. L. B.; SANTOS, V. A. H. F. dos. Bioprospecção de fungos em diferentes agroecossistemas com potencial no controle biológico de Fusarium sp. In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA AGROSSILVIPASTORIL, 2.,2013, Sinop. Anais... Sinop, MT: Embrapa Agrossilvipastoril, 2013. 1 CD.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril. |
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| 12. | | SAVOLDI, I. R.; PALUDO, E.; CARMO, K. B. do; PETRY, B.; IBELLI, A. M. G.; ONO, R. K.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C. Fatores que influenciam características de integridade óssea e expressão dos genes COL 1A2 e RAMKL em frangos de corte. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 10., 2016, Concórdia. Anais... Concórdia: Embrapa Suínos e Aves: UNC, 2017. p. 67-68. JINC.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 14. | | OLIVEIRA, L. J.; CATTELAN, A. J.; SANTOS, A. A. dos; BORTOTI, G.; ABRÃO, M. Z.; CARMO, K. B. do; SILVA, S. H. da; BETTI, A. F. F. Interação entre bactérias rizosféricas promotoras de crescimento, inoculadas em soja (BRS 133), e larvas de Phyllophaga cuyabana (Coleoptera: Melolonthidae), em casa-de-vegetação. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 21, 2006, Recife. Entomologia: da academia à transferência de tecnologia: resumos. Recife: SEB: UFRPE, 2006. 1 CD-ROM. Resumo n.377-2 - Área Manejo Integrado de Pragas.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 15. | | CARMO, K. B. do; IBELLI, A. M. G.; SAVOLDI, I. R.; PEIXOTO, J. de O.; MARCIANO, C. M. M.; LEDUR, M. C. Expressão do gene CHST-1 em frangos de corte normais e afetados pela necrose da cabeça do fêmur. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA (JINC), 10., 2016, Concórdia. Anais... Brasília: Embrapa, 2016. p. 32-33.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 16. | | MARCIANO, C. M. M.; SAVOLDI, I.; CARMO, K. B. do; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C. Expressão do gene Plin1 aos 35 dias em frangos de corte normais e afetados pela necrose da cabeça do fêmur. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA (JINC), 10., 2016, Concórdia. Anais... Brasília: Embrapa, 2016. p. 111-112.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 17. | | ALMEIDA, A. M. R.; VIEIRA, N. D.; CATTELAN, A. J.; BETTI, A. F. F.; CARMO, K. B. do; GALERANI, P.; TORRES, E. Quantificação de Fusarium solani e Pseudomonas do grupo fluorescente produtoras de 2,4-diacetilfloroglucinol (2,4-DAPG) em amostras de solo onde se utiliza rotação/sucessão com soja. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 27., 2005. Cornélio Procópio. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2005. p. 312-313. (Embrapa Soja. Documentos, 257). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Janete Lasso Ortiz, Simone Ery Grosskopf. Nome correto do sexto autor GALERANI, P. R.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 18. | | CARMO, K. B. do; DIAS, R.; QUADROS, P. D. de; BERBER, G. C. M.; BOURSCHEIDT, M. L. B.; FARIAS NETO, A. L. de; WEBER, O. L. dos S.; TRIPLETT, E. W.; FERREIRA, A. Assessment of soil bacterial communities in integrated crop production systems within the Amazon Biome, Brazil: a comparative study. Brazilian Journal of Microbiology, 2024. Published: 02 May 2024.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 19. | | MARCIANO, C. M. M.; IBELLI, A. M. G.; MARCHESI, J. A. P.; PEIXOTO, J. de O.; FERNANDES, L. T.; SAVOLDI, I. R.; CARMO, K. B. do; LEDUR, M. C. Differential expression of myogenic and calcium signaling-related genes in broilers affected with white striping. Frontiers in Physiology, v. 12, n. 712464, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 20. | | FERREIRA, A.; CARMO, K. B. do; SILVA, J. J. N. da; WEBER, O. L. dos S.; RODRIGUES, R. de A. R.; TRIPLETT, E. W.; BEHLING, M.; FARIAS NETO, A. L. de. Microbiologia de solos em sistemas de integrados de produção no ecótono Cerrado Amazônia. In: FARIAS NETO, A. L. de; NASCIMENTO, A. F. do; ROSSONI, A. L.; MAGALHÃES, C. A. de S.; ITUASSU, D. R.; HOOGERHEIDE, E. S. S.; IKEDA, F. S.; FERNANDES JUNIOR, F.; FARIA, G. R.; ISERNHAGEN, I.; VENDRUSCULO, L. G.; MORALES, M. M.; CARNEVALLI, R. A. (Ed.). Embrapa Agrossilvipastoril: primeiras contribuições para o desenvolvimento de uma agropecuária sustentável. Brasília, DF: Embrapa, 2019. pt. 4, cap. 16, p. 264-268.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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