| |
|
|
 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agroenergia. Para informações adicionais entre em contato com cnpae.biblioteca@embrapa.br. |
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Agroenergia. |
|
Data corrente: |
19/10/2023 |
|
Data da última atualização: |
26/02/2024 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
OLIVEIRA, J. C. de; SILVA, A. L. D. da; SILVA, L. M. da; FORMIGHIERI, E. F.; PETERS, L. P.; ASSIS, G. M. L. de; SILVA, C. C. da; SOUZA, A. P. DE; CAMPOS, T. de. |
|
Afiliação: |
JÔNATAS CHAGAS DE OLIVEIRA, UNIVERSIDADE FEDERAL DO ACRE; ANDRÉ LUCAS DOMINGOS DA SILVA, UNIVERSIDADE FEDERAL DO ACRE; LUCIELIO MANOEL DA SILVA, CPATC; EDUARDO FERNANDES FORMIGHIERI, CNPAE; LEILA PRISCILA PETERS, UNIVERSIDADE FEDERAL DO ACRE; GISELLE MARIANO LESSA DE ASSIS, CPAF-AC; CARLA CRISTINA DA SILVA, UNIVERSIDADE DE CAMPINAS; ANETE PEREIRA DE SOUZA, UNIVERSITY OF CAMPINAS; TATIANA DE CAMPOS, CPAF-AC. |
|
Título: |
Novel microsatellite markers derived from Arachis pintoi transcriptome sequencing for cross?species transferability and varietal identification. |
|
Ano de publicação: |
2023 |
|
Fonte/Imprenta: |
Plant Molecular Biology Reporter, v. 41, n. 4, 2023. |
|
DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11105-023-01402-9 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
Forage peanut (Arachis pintoi) is an important leguminous forage that has gained popularity due to increased livestock productivity. Furthermore, the species helps with soil fertility and the restoration of degraded areas. However, A. pintoi has a limited number of molecular markers. The objective of this study was to create and characterize gene-derived microsatellite markers as well as to test their transferability to the peanut (Arachis hypogaea) and other six wild Arachis species. A total of 4461 putative simple sequence repeats (SSR) were identified, and PCR primer pairs were designed for 999 SSR regions after filtering out primers with the same annealing site and searching for sequences related to open reading frames (ORFs). The dinucleotide motif was the most common (628; 62.86%). For validation, 186 primer pairs were chosen at random, of which 63 (33.87%) were polymorphic, with an average of 7.37 alleles per locus. Polymorphic information content (PIC = 0.70) and discriminatory power (D = 0.80) were both high on average. The functional annotation discovered 120 sequences that were assigned to 87 gene ontology functional groups divided into three main categories: molecular function (27 sub-categories), cellular components (21 sub-categories), and biological process (39 sub-categories). Thirty-three SSRs were tested for transferability to peanut and six other wild Arachis species, resulting in variable cross-species amplification (63.64 to 100%). Here, we present the first gene-derived SSR for A. pintoi. These new informative microsatellites may be linked to agronomically important genes to be used in genetic studies. MenosForage peanut (Arachis pintoi) is an important leguminous forage that has gained popularity due to increased livestock productivity. Furthermore, the species helps with soil fertility and the restoration of degraded areas. However, A. pintoi has a limited number of molecular markers. The objective of this study was to create and characterize gene-derived microsatellite markers as well as to test their transferability to the peanut (Arachis hypogaea) and other six wild Arachis species. A total of 4461 putative simple sequence repeats (SSR) were identified, and PCR primer pairs were designed for 999 SSR regions after filtering out primers with the same annealing site and searching for sequences related to open reading frames (ORFs). The dinucleotide motif was the most common (628; 62.86%). For validation, 186 primer pairs were chosen at random, of which 63 (33.87%) were polymorphic, with an average of 7.37 alleles per locus. Polymorphic information content (PIC = 0.70) and discriminatory power (D = 0.80) were both high on average. The functional annotation discovered 120 sequences that were assigned to 87 gene ontology functional groups divided into three main categories: molecular function (27 sub-categories), cellular components (21 sub-categories), and biological process (39 sub-categories). Thirty-three SSRs were tested for transferability to peanut and six other wild Arachis species, resulting in variable cross-species amplification (63.64 to 100%). Here, we present the f... Mostrar Tudo |
|
Thesaurus Nal: |
Arachis; Forage; Peanuts. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
Marc: |
LEADER 02495naa a2200265 a 4500
001 2157375
005 2024-02-26
008 2023 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://doi.org/10.1007/s11105-023-01402-9$2DOI
100 1 $aOLIVEIRA, J. C. de
245 $aNovel microsatellite markers derived from Arachis pintoi transcriptome sequencing for cross?species transferability and varietal identification.$h[electronic resource]
260 $c2023
520 $aForage peanut (Arachis pintoi) is an important leguminous forage that has gained popularity due to increased livestock productivity. Furthermore, the species helps with soil fertility and the restoration of degraded areas. However, A. pintoi has a limited number of molecular markers. The objective of this study was to create and characterize gene-derived microsatellite markers as well as to test their transferability to the peanut (Arachis hypogaea) and other six wild Arachis species. A total of 4461 putative simple sequence repeats (SSR) were identified, and PCR primer pairs were designed for 999 SSR regions after filtering out primers with the same annealing site and searching for sequences related to open reading frames (ORFs). The dinucleotide motif was the most common (628; 62.86%). For validation, 186 primer pairs were chosen at random, of which 63 (33.87%) were polymorphic, with an average of 7.37 alleles per locus. Polymorphic information content (PIC = 0.70) and discriminatory power (D = 0.80) were both high on average. The functional annotation discovered 120 sequences that were assigned to 87 gene ontology functional groups divided into three main categories: molecular function (27 sub-categories), cellular components (21 sub-categories), and biological process (39 sub-categories). Thirty-three SSRs were tested for transferability to peanut and six other wild Arachis species, resulting in variable cross-species amplification (63.64 to 100%). Here, we present the first gene-derived SSR for A. pintoi. These new informative microsatellites may be linked to agronomically important genes to be used in genetic studies.
650 $aArachis
650 $aForage
650 $aPeanuts
700 1 $aSILVA, A. L. D. da
700 1 $aSILVA, L. M. da
700 1 $aFORMIGHIERI, E. F.
700 1 $aPETERS, L. P.
700 1 $aASSIS, G. M. L. de
700 1 $aSILVA, C. C. da
700 1 $aSOUZA, A. P. DE
700 1 $aCAMPOS, T. de
773 $tPlant Molecular Biology Reporter$gv. 41, n. 4, 2023.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Agroenergia (CNPAE) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 119 | |
| 101. |  | PERSEGUINI, J. M. C. K.; CHIORATTO, A. F.; ZUCCHI, M. I.; COLOMBO, C. A.; CARBONELL, S. A. M.; MONDEGO, J. M. C.; GAZAFFI, R.; GARCIA, A. A. F.; CAMPOS, T. de; SOUZA, A. P. de; RUBIANO, L. B. Genetic diversity in cultivated carioca common beans based on molecular marker analysis. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 34, n. 1, p. 88-102, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
|    |
| 102. | | AZÊVEDO, H. S. F. S.; SOUSA, A. C. B.; MARTINS, K.; OLIVEIRA, J. C.; TEIXEIRA, R. B.; SILVA, L. M. da; VALLS, J. F. M.; ASSIS, G. M. L. de; CAMPOS, T. de. Genetic diversity of the forage peanut in the Jequitinhonha, São Francisco, and Paranã River valleys of Brazil. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 15, n. 3, Sept. 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 103. | | CAMPOS, T. de; AZÊVEDO, H. S. F. da S.; AZEVEDO, J. M. A. de; RUFINO, P. B.; SILVA, S. M. M.; OLIVEIRA, J. C. de; SILVA, L. M. da. Rendimento de polpa de frutos de açaizeiro em áreas de baixio e terra firme em Feijó, AC. In: CONGRESSO REGIONAL DE PESQUISA DO ESTADO DO ACRE, 2.; SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFAC, 25., 2016, Rio Branco/Cruzeiro do Sul. Inovação: sustentabilidade e desenvolvimento regional: anais. Rio Branco, AC: Edufac, 2016. p. 181.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
| |
| 104. | | OLIVEIRA, J. C. de; SILVA, A. L. D. da; SILVA, L. M. da; FORMIGHIERI, E. F.; PETERS, L. P.; ASSIS, G. M. L. de; SILVA, C. C. da; SOUZA, A. P. DE; CAMPOS, T. de. Novel microsatellite markers derived from Arachis pintoi transcriptome sequencing for cross?species transferability and varietal identification. Plant Molecular Biology Reporter, v. 41, n. 4, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
|  |
| 105. | | OLIVEIRA, J. C. de; SILVA, A. L. D. da; SILVA, L. M. da; FORMIGHIERI, E. F.; PETERS, L. P.; ASSIS, G. M. L. de; SILVA, C. C. da; SOUZA, A. P. de; CAMPOS, T. de. Novel microsatellite markers derived from Arachis pintoi transcriptome sequencing for cross-species transferability and varietal identification. Plant Molecular Biology Reporter, v. 42, p. 183-192, Mar. 2024.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
| |
| 106. | | CARDOSO, J. M. K.; OBLESSUC, P. R.; CAMPOS, T. de; SFORÇA, D. A.; CARBONELL, S. A. M.; CHIORATTO, A. F.; FORMIGHIERI, E. F.; SOUZA, A. P. de; BENCHIMOL, L. L. New microsatellite markers developed from an enriched microsatellite common bean library. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 43, n. 7, p. 929-936, jul. 2008. Notas Cientíticas.
Título em português: Novos marcadores microssatélites desenvolvidos a partir de uma biblioteca genômica enriquecida em feijão-comum.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 107. | | WADT, L. H. de O.; BALDONI, A. B.; SILVA, V. S.; CAMPOS, T. de; MARTINS, K.; AZEVEDO, V. C. R.; MATA, L. R. da; BOTIN, A. A.; HOOGERHEIDE, E. S. S.; TONINI, H.; SEBBENN, A. M. Mating system variation among populations, individuals and within and among fruits in Bertholletia excelsa. Silvae Genetica, Deutschland, v. 64, p. 5-6, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 108. | | WADT, L. H. de O.; BALDONI, A. B.; SILVA, V. S.; CAMPOS, T. de; MARTINS, K.; AZEVEDO, V. C. R.; MATA, L. R. da; BOTIN, A. A.; HOOGERHEIDE, E. S. S.; TONINI, H.; SEBBENN, A. M. Mating system variation among populations, individuals and within and among fruits in Bertholletia excelsa. Silvae Genetica, Deutschland, v. 64, p. 5-6, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril; Embrapa Rondônia. |
| |
| 109. | | SILVA, L. L. de M.; COSTA, P. da; WADT, L. H. de O.; PAPPAS, M. de C. R.; CAMPOS, T. de; GUEDES, M. C.; SILVA, K. E. da; HOOGERHEIDE, E. S. S.; BALDONI, A. B.; CANO, R. S.; MARTORANO, L. G.; THOMAS, E.; KIMURA, R. K.; MARTINS, K. Caracterização da diversidade e estrutura genética de populações de Bertholletia excelsa na Amazônia brasileira. In: CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 26.; CONGRESSO DE INICIAÇÃO EM DESENVOLVIMENTO TECNOLÓGICO E INOVAÇÃO, 11., 2019, Sorocaba, SP. Resumos... São Carlos, SP: UFSCar, 2019. não paginado. 26 CIC e 11 CIDTI.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 110. | | SILVA, L. L. de M.; COSTA, P. da; WADT, L. H. de O.; PAPPAS, M. de C. R.; CAMPOS, T. de; GUEDES, M. C.; SILVA, K. E. da; HOOGERHEIDE, E. S. S.; BALDONI, A. B.; CANO, R. S.; MARTORANO, L. G.; THOMAS, E.; KIMURA, R. K.; MARTINS, K. Caracterização da diversidade e estrutura genética de populações de Bertholletia excelsa na Amazônia brasileira. In: CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 26.; CONGRESSO DE INICIAÇÃO EM DESENVOLVIMENTO TECNOLÓGICO E INOVAÇÃO, 11., 2019, Sorocaba, SP. Resumos... São Carlos, SP: UFSCar, 2019. não paginado. 26 CIC e 11 CIDTI.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amapá; Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Rondônia. |
| |
| 111. | | SILVA, L. L. de M.; COSTA, P. da; WADT, L. H. de O.; PAPPAS, M. de C. R.; CAMPOS, T. de; GUEDES, M. C.; SILVA, K. E. da; HOOGERHEIDE, E. S. S.; BALDONI, A. B.; CANO, R. S.; MARTORANO, L. G.; THOMAS, E.; KIMURA, R. K.; MARTINS, K. Caracterização da diversidade e estrutura genética de populações de Bertholletia excelsa na Amazônia brasileira. In: CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 26.; CONGRESSO DE INICIAÇÃO EM DESENVOLVIMENTO TECNOLÓGICO E INOVAÇÃO, 11., 2019, Sorocaba, SP. Resumos... São Carlos, SP: UFSCar, 2019. não paginado. 26 CIC e 11 CIDTI.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre; Embrapa Agrossilvipastoril; Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 112. | | SILVA, L. L. de M. M.; COSTA, P. da; WADT, L. H. de O.; PAPPAS, M. de C. R.; CAMPOS, T. de; GUEDES, M. C.; SILVA, K. E. da; HOOGERHEIDE, E. S. S.; BALDONI, A. B.; SCOLES, R.; MARTORANO, L. G.; THOMAS, E.; KIMURA, R. K.; MARTINS, K. Estrutura genética de Bertholletia excelsa ao longo da Amazônia brasileira. Pesquisa Florestal Brasileira, v. 39, e201902043, p. 506, 2019. Special issue. Abstracts of the XXV IUFRO World Congress, 2019.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 113. | | SILVA, L. L. de M. M.; COSTA, P. da; WADT, L. H. de O.; PAPPAS, M. de C. R.; CAMPOS, T. de; GUEDES, M. C.; SILVA, K. E. da; HOOGERHEIDE, E. S. S.; BALDONI, A. B.; SCOLES, R.; MARTORANO, L. G.; THOMAS, E.; KIMURA, R. K.; MARTINS, K. Estrutura genética de Bertholletia excelsa ao longo da Amazônia brasileira. Pesquisa Florestal Brasileira, v. 39, e201902043, 2019. Special issue. Abstracts of the XXV IUFRO World Congress, 2019.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 114. | | SILVA, L. L. de M. M.; COSTA, P. da; WADT, L. H. de O.; PAPPAS, M. de C. R.; CAMPOS, T. de; GUEDES, M. C.; SILVA, K. E. da; HOOGERHEIDE, E. S. S.; BALDONI, A. B.; SCOLES, R.; MARTORANO, L. G.; THOMAS, E.; KIMURA, R. K.; MARTINS, K. Estrutura genética de Bertholletia excelsa ao longo da Amazônia brasileira. Pesquisa Florestal Brasileira, v. 39, e201902043, 2019. Special issue. Abstracts of the XXV IUFRO World Congress, 2019.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amapá; Embrapa Amazônia Ocidental. |
| |
| 115. | | SILVA, L. L. de M. M.; COSTA, P. da; WADT, L. H. de O.; PAPPAS, M. de C. R.; CAMPOS, T. de; GUEDES, M. C.; SILVA, K. E. da; HOOGERHEIDE, E. S. S.; BALDONI, A. B.; SCOLES, R.; MARTORANO, L. G.; THOMAS, E.; KIMURA, R. K.; MARTINS, K. Estrutura genética de Bertholletia excelsa ao longo da Amazônia brasileira. Pesquisa Florestal Brasileira, v. 39, e201902043, 2019. Special issue. Abstracts of the XXV IUFRO World Congress, 2019.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre; Embrapa Agrossilvipastoril; Embrapa Roraima. |
| |
| 116. | | SILVA, L. L. de M. M.; COSTA, P. da; WADT, L. H. de O.; PAPPAS, M. de C. R.; CAMPOS, T. de; CARNEIRO, M. G.; SILVA, K. E. da; HOOGERHEIDE, E. S. S.; BALDONI, A. B.; SCOLES, R.; MARTORANO, L. G.; THOMAS, E.; KIMURA, R. K.; MARTINS, D. Genetic structure of Bertholletia excelsa throughout the Brazilian Amazon region. Pesquisa Florestal Brasileira, Colombo, v. 39, (nesp), e201902043, 2019. p. 506. Edição especial dos resumos do IUFRO World Congress, 25., 2019, Curitiba.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril. |
| |
| 117. | | SILVA, L. L. de M. M.; COSTA, P. da; WADT, L. H. de O.; PAPPAS, M. de C. R.; CAMPOS, T. de; CARNEIRO, M. G.; SILVA, K. E. da; HOOGERHEIDE, E. S. S.; BALDONI, A. B.; SCOLES, R.; MARTORANO, L. G.; THOMAS, E.; KIMURA, R. K.; MARTINS, D. Genetic structure of Bertholletia excelsa throughout the Brazilian Amazon region. Pesquisa Florestal Brasileira, Colombo, v. 39, (nesp), e201902043, 2019. p. 506. Edição especial dos resumos do IUFRO World Congress, 25., 2019, Curitiba.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 118. | | SILVA, L. L. de M. M.; COSTA, P. da; WADT, L. H. de O.; PAPPAS, M. de C. R.; CAMPOS, T. de; CARNEIRO, M. G.; SILVA, K. E. da; HOOGERHEIDE, E. S. S.; BALDONI, A. B.; SCOLES, R.; MARTORANO, L. G.; THOMAS, E.; KIMURA, R. K.; MARTINS, D. Genetic structure of Bertholletia excelsa throughout the Brazilian Amazon region. Pesquisa Florestal Brasileira, Colombo, v. 39, (nesp), e201902043, 2019. p. 506. Edição especial dos resumos do IUFRO World Congress, 25., 2019, Curitiba.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 119. | | AGATA, K.; ALASAAD, S.; ALMEIDA-VAL, V. M. F.; ÁLVAREZ-DIOS, J. A.; BARBISAN, F.; BEADELL, J. S.; BELTRÁN, J. F.; BENÍTEZ, M.; BINO, G.; BLEAY, C.; BLOOR, P.; BOHLMANN, J.; BOOTH, W.; BOSCARI, E.; CACCONE, A.; CAMPOS, T. de; CARVALHO, B. M.; CLIMACO, G. T.; CLOBERT, J.; CONGIU, L.; COWGER, C.; DIAS, G.; DOADRIO, I.; FARIAS, I. P.; FERRAND, N.; FREITAS, P. D.; FUSCO, G.; GALETTI, P. M.; GALLARDO-ESCÁRATE, C.; GAUNT, M. W.; OCAMPO, Z. G.; GONÇALVES, H.; GONZALEZ, E. G.; HAYE, P.; HONNAY, O.; HYSENI, C.; JACQUEMYN, H.; JOWERS, M. J.; KAKEZAWA, A.; KAWAGUCHI, E.; KEELING, C. I.; YE-SEUL, K.; LA SPINA, M.; WAN-OK, L.; LESNIEWSKA, M.; YANG, L.; HAIXIA, L.; XIAOLIN, L.; LOPES, S.; MARTÍNEZ, P.; MEEUS, S.; MURRAY, B. W.; NUNES, A. G.; OKEDI, L. M.; OUMA, J. O.; PARDO, B. G.; PARKS, R.; PAULA-SILVA, M. N.; PEDRAZA-LARA, C.; PERERA, O. P.; PINO-QUERIDO, A.; RICHARD, M.; ROSSINI, B. C.; SAMARASEKERA, N. G.; SÁNCHEZ, A.; SANCHEZ, J. A.; SANTOS C. H. dos A.; SHINOHARA, W.; SORIGUER, R. C.; SOUSA, A. C. B.; SOUSA, C. F. da S.; STEVENS, V. M.; TEJEDO, M.; VALENZUELA-BUSTAMANTE, M.; VLIET, M. S. V. de; VANDEPITTE, K.; VERA, M.; WANDELER, P.; WEIMIN, W.; YONG-JIN, W.; YAMASHIRO, A.; YAMASHIRO, T.; CHANGCHENG, Z. Permanent genetic resources added to molecular ecology. Resources database 1 December 2010-31 January 2011. Molecular Ecology Resources, Oxford, v. 11, n. 3, p. 935-936, May 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
| |
| Registros recuperados : 119 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
