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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Acre. |
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Data corrente: |
09/10/2020 |
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Data da última atualização: |
16/11/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
OLIVEIRA, J. C. de; SILVA, A. L. D. da; SILVA, C. C. da; SOUZA, A. P. de; FORMIGHIERI, E. F.; CAMPOS, T. de. |
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Afiliação: |
Jônatas Chagas de Oliveira, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Recursos Genéticos da Rede Bionorte, Universidade Federal do Acre; André Lucas Domingos da Silva, Programa de Pós-Graduação em Ciência, Inovação e Tecnologia para a Amazônia, Universidade Federal do Acre; Carla Cristina da Silva, Universidade Estadual de Campinas; Anete Pereira de Souza, Universidade Estadual de Campinas; EDUARDO FERNANDES FORMIGHIERI, CNPAE; TATIANA DE CAMPOS, CPAF-AC. |
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Título: |
Caracterização de bibliotecas de RNA-Seq de amendoim forrageiro para o desenvolvimento de novos microssatélites. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SEMINÁRIO DA EMBRAPA ACRE DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO, 2., 2019, Rio Branco, AC. A Contribuição da ciência para a agropecuária no Acre: anais. Rio Branco, AC: Embrapa Acre, 2020. |
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Páginas: |
p. 83-88. |
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Descrição Física: |
Banner. |
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Série: |
(Embrapa Acre. Eventos técnicos & científicos, 2). |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Editores técnicos: Virgínia de Souza Álvares; Fabiano Marçal Estanislau. |
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Conteúdo: |
O uso do amendoim forrageiro (Arachis pintoi) em pastagens consorciadas com gramíneas tem importância econômica e ambiental. Avanços no programa de melhoramento da espécie podem ser obtidos com a ampla informação gerada pelo sequenciamento de segunda geração. A tecnologia de RNA-Seq permite obter extensa cobertura dos genes existentes no genoma com custo consideravelmente baixo. Os dados gerados possibilitam identificar novos marcadores, validar genes e rotas metabólicas. Atualmente existem poucos microssatélites disponíveis para o amendoim forrageiro. Assim, o objetivo deste trabalho foi desenvolver novos marcadores microssatélites a partir de bibliotecas de RNA-Seq de amendoim forrageiro. O RNA de duas cultivares (Belomonte e Amarillo MG-100) foi extraído e utilizado para montagem das bibliotecas, as quais foram sequenciadas e tiveram seu genoma funcional montado com o software Trinity® e metodologia de novo. Um total de 336 milhões de reads foi obtido, dos quais 84.229 foram utilizados na identificação de microssatélites. Dos 4.461 marcadores encontrados, 186 foram selecionados para validação e 80 (43%) apresentaram perfil ideal de amplificação. Desses 80, 29 foram genotipados e apresentaram-se polimórficos. Foi possível acessar a diversidade genética em 20 genótipos. Esses dados indicam a informatividade dos novos marcadores, os quais poderão contribuir para acelerar o melhoramento do amendoim forrageiro. |
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Palavras-Chave: |
Acre; Amarillo MG-100; Amazonia Occidental; Amazônia Ocidental; Amendoim forrageiro; Análisis de secuencia; Belomonte; Cacahuetes forrajeros; Cultivo mixto; Embrapa Acre; Forage peanut; Genoma funcional; Leguminosas forrajeras; Pastos forrajeros; Repeticiones de microsatélite; Rio Branco (AC); RNA sequencing; RNA-Seq; Western Amazon. |
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Thesagro: |
Banco de Germoplasma; Gramínea Forrageira; Leguminosa Forrageira; Marcador Genético; Pastagem Consorciada. |
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Thesaurus Nal: |
Arachis pintoi; Forage grasses; Forage legumes; Germplasm conservation; Microsatellite repeats; Mixed cropping; Sequence analysis. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/216570/1/27049.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Acre (CPAF-AC) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Soja. Para informações adicionais entre em contato com valeria.cardoso@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
23/10/2013 |
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Data da última atualização: |
08/02/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 2 |
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Autoria: |
ZANARDO, L. G.; SILVA, F. N.; BICALHO, A. A. C.; URQUIZA, G. P. C.; LIMA, A. T. M.; ALMEIDA, A. M. R.; ZERBINI, F. M.; CARVALHO, C. M. |
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Afiliação: |
UFV; UFV; UFV; UFV; UFV; ALVARO MANUEL RODRIGUES ALMEIDA, CNPSO; UFV; UFV. |
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Título: |
Molecular and biological characterization of Cowpea mild mottle virus isolates infecting soybean in Brazil and evidence of recombination. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant Pathology, v. 63, p. 456-465, 2014. |
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ISSN: |
1365-3059 |
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DOI: |
10.1111/ppa.12092 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The biological and molecular characterization of six isolates of a new Cowpea mild mottle virus strain (CPMMV; Carlavirus, Betaflexiviridae) are reported. Soybean plants with mosaic and stem necrosis were collected in Bahia, Goias, Mato Grosso and Minas Gerais states, Brazil. Complete genomes of the CPMMV isolates are 8180?8198 nucleotides (nt) long, excluding the 3′-polyadenylated tail, and have 67?68% nt sequence identity with a Ghana isolate of CPMMV, the only CPMMV isolate for which the genome has previously been sequenced. The replicase has only 60?61% nt sequence identity with the Ghana CPMMV isolate, and the coat protein (CP) is highly conserved (79% nt sequence identity and 95?96% amino acid sequence identity). The high CP identity and the phylogenetic analyses supported the classification of the Brazilian isolates as CPMMV. Biological and molecular differences with the Ghana CPMMV isolate were found and indicated that the six isolates represent a distinct CPMMV strain denominated as CPMMV-BR. Furthermore, it is shown that recombination occurred mainly in the polymerase gene, and may occur less frequently in other regions of the CPMMV genome. |
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Thesagro: |
Soja. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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