Data/hora: 14/06/2024 15:59:32

Biblioteca(s): | Embrapa Acre.
Data corrente: | 09/10/2020
Data da última atualização: | 16/11/2023
Autoria: | OLIVEIRA, J. C. de; SILVA, A. L. D. da; SILVA, C. C. da; SOUZA, A. P. de; FORMIGHIERI, E. F.; CAMPOS, T. de.
Afiliação: | Jônatas Chagas de Oliveira, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Recursos Genéticos da Rede Bionorte, Universidade Federal do Acre; André Lucas Domingos da Silva, Programa de Pós-Graduação em Ciência, Inovação e Tecnologia para a Amazônia, Universidade Federal do Acre; Carla Cristina da Silva, Universidade Estadual de Campinas; Anete Pereira de Souza, Universidade Estadual de Campinas; EDUARDO FERNANDES FORMIGHIERI, CNPAE; TATIANA DE CAMPOS, CPAF-AC.
Título: | Caracterização de bibliotecas de RNA-Seq de amendoim forrageiro para o desenvolvimento de novos microssatélites.
Ano de publicação: | 2020
Fonte/Imprenta: | In: SEMINÁRIO DA EMBRAPA ACRE DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO, 2., 2019, Rio Branco, AC. A Contribuição da ciência para a agropecuária no Acre: anais. Rio Branco, AC: Embrapa Acre, 2020.
Páginas: | p. 83-88.
Descrição Física: | Banner.
Série: | (Embrapa Acre. Eventos técnicos & científicos, 2).
Idioma: | Português
Notas: | Editores técnicos: Virgínia de Souza Álvares; Fabiano Marçal Estanislau.
Conteúdo: | O uso do amendoim forrageiro (Arachis pintoi) em pastagens consorciadas com gramíneas tem importância econômica e ambiental. Avanços no programa de melhoramento da espécie podem ser obtidos com a ampla informação gerada pelo sequenciamento de segunda geração. A tecnologia de RNA-Seq permite obter extensa cobertura dos genes existentes no genoma com custo consideravelmente baixo. Os dados gerados possibilitam identificar novos marcadores, validar genes e rotas metabólicas. Atualmente existem poucos microssatélites disponíveis para o amendoim forrageiro. Assim, o objetivo deste trabalho foi desenvolver novos marcadores microssatélites a partir de bibliotecas de RNA-Seq de amendoim forrageiro. O RNA de duas cultivares (Belomonte e Amarillo MG-100) foi extraído e utilizado para montagem das bibliotecas, as quais foram sequenciadas e tiveram seu genoma funcional montado com o software Trinity® e metodologia de novo. Um total de 336 milhões de reads foi obtido, dos quais 84.229 foram utilizados na identificação de microssatélites. Dos 4.461 marcadores encontrados, 186 foram selecionados para validação e 80 (43%) apresentaram perfil ideal de amplificação. Desses 80, 29 foram genotipados e apresentaram-se polimórficos. Foi possível acessar a diversidade genética em 20 genótipos. Esses dados indicam a informatividade dos novos marcadores, os quais poderão contribuir para acelerar o melhoramento do amendoim forrageiro.
Palavras-Chave: | Acre; Amarillo MG-100; Amazonia Occidental; Amazônia Ocidental; Amendoim forrageiro; Análisis de secuencia; Belomonte; Cacahuetes forrajeros; Cultivo mixto; Embrapa Acre; Forage peanut; Genoma funcional; Leguminosas forrajeras; Pastos forrajeros; Repeticiones de microsatélite; Rio Branco (AC); RNA sequencing; RNA-Seq; Western Amazon.
Thesagro: | Banco de Germoplasma; Gramínea Forrageira; Leguminosa Forrageira; Marcador Genético; Pastagem Consorciada.
Thesaurus Nal: | Arachis pintoi; Forage grasses; Forage legumes; Germplasm conservation; Microsatellite repeats; Mixed cropping; Sequence analysis.
Categoria do assunto: | G Melhoramento Genético
URL: | http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/216570/1/27049.pdf
Registro original: | Embrapa Acre (CPAF-AC)
Exemplares: | CPAF-AC - (27049-1) - UPC - AA - DD -  -  -  - DIS