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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sul; Embrapa Unidades Centrais. |
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Data corrente: |
02/08/2023 |
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Data da última atualização: |
08/09/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
VIDAL, E. L.; CAMARGO, S. da S.; CARDOSO, F. F. |
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Afiliação: |
EZEQUIEL LUÍS VIDAL, UNIVERSIDADE FEDERAL DO PAMPA; SANDRO DA SILVA CAMARGO, UNIVERSIDADE FEDERAL DO PAMPA; FERNANDO FLORES CARDOSO, CPPSUL. |
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Título: |
Stopping criteria for genetic improvement software for beef-cattle mating selection. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 58, e02863, 2023. |
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DOI: |
https://doi. org/10.1590/S1678-3921.pab2023.v58.02863 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Título em português: Critérios de parada para programa de melhoramento genético para seleção de acasalamentos em gado de corte. |
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Conteúdo: |
ABSTRACT - The objective of this work was to propose a new stopping criterion to shorten the computing time of the PampaPlus genetic improvement
software, while maximizing the genetic qualification index (GQI) of the progeny, controlling inbreeding, and avoiding unintended culling. Data from two beef-cattle herds integrating PampaPlus were used. Five mating scenarios were built using different numbers of sires (9 to 37) and dams (142 to 568).
The analyzed algorithm inputs were: expected progeny differences, pedigree information, maximum inbreeding, maximum and minimum number of
matches for each sire, and penalty weights for poor performance. The analyzed response variables were computing time and the GQI of the progenies.
Three stopping criteria were used: original stopping criterion fixed at 1,000 iterations; saturation stopping criterion (SSC), based on GQI variance; and
Bhandari?s stopping criterion (BSC), which includes the generation interval parameter. SSC and BSC reduced processing time in 24.43?53.64% and in
14.32?50.87%, respectively. BSC reaches solution in less time, without losses in GQI quality. BSC is generalizable and effective to reduce the processing
time of mating recommendations.
RESUMO - O objetivo deste trabalho foi propor um novo critério de parada para diminuir o tempo de processamento do programa de melhoramento
genético PampaPlus, além de maximizar o índice de qualificação genética (GQI) da progênie, controlar a endogamia e evitar o descarte não intencional.
Foram utilizados dados de dois rebanhos integrantes do PampaPlus. Cinco cenários de acasalamento foram elaborados com diferentes números de touros
(9 a 37) e vacas (142 a 568). Os dados analisados foram: diferenças esperadas na progênie, informações de pedigree, máxima endogamia, número máximo e mínimo de acasalamentos por touro, e penalidades para desempenho inferior. As variáveis analisadas foram tempo de processamento e o GQI
das progênies. Foram utilizados três critérios de parada: critério de parada original, fixado em 1.000 iterações; critério de parada por saturação (SSC),
baseado na variância do GQI; e critério de parada de Bhandari (BSC), que inclui o parâmetro de intervalo de gerações. O SSC e o BSC reduziram o tempo de processamento em 24,43?53,64% e em 14,32?50,87%, respectivamente. O BSC atinge solução em menos tempo, sem perda da qualidade do GQI. O BSC é generalizável e efetivo em reduzir o tempo de processamento das recomendações de acasalamento. MenosABSTRACT - The objective of this work was to propose a new stopping criterion to shorten the computing time of the PampaPlus genetic improvement
software, while maximizing the genetic qualification index (GQI) of the progeny, controlling inbreeding, and avoiding unintended culling. Data from two beef-cattle herds integrating PampaPlus were used. Five mating scenarios were built using different numbers of sires (9 to 37) and dams (142 to 568).
The analyzed algorithm inputs were: expected progeny differences, pedigree information, maximum inbreeding, maximum and minimum number of
matches for each sire, and penalty weights for poor performance. The analyzed response variables were computing time and the GQI of the progenies.
Three stopping criteria were used: original stopping criterion fixed at 1,000 iterations; saturation stopping criterion (SSC), based on GQI variance; and
Bhandari?s stopping criterion (BSC), which includes the generation interval parameter. SSC and BSC reduced processing time in 24.43?53.64% and in
14.32?50.87%, respectively. BSC reaches solution in less time, without losses in GQI quality. BSC is generalizable and effective to reduce the processing
time of mating recommendations.
RESUMO - O objetivo deste trabalho foi propor um novo critério de parada para diminuir o tempo de processamento do programa de melhoramento
genético PampaPlus, além de maximizar o índice de qualificação genética (GQI) da progênie, controlar a endogamia e evitar o descarte não int... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Acasalamento Controlado; Endogamia; Gado de Corte; Melhoramento Genético Animal; Progênie; Touro. |
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Thesaurus Nal: |
Algorithms; Animal breeding; Beef cattle; Decision support systems; Genetic improvement; Mating systems. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1155582/1/Stopping-criteria-genetic-2023.pdf
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Marc: |
LEADER 03585naa a2200313 a 4500
001 2155589
005 2023-09-08
008 2023 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://doi. org/10.1590/S1678-3921.pab2023.v58.02863$2DOI
100 1 $aVIDAL, E. L.
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500 $aTítulo em português: Critérios de parada para programa de melhoramento genético para seleção de acasalamentos em gado de corte.
520 $aABSTRACT - The objective of this work was to propose a new stopping criterion to shorten the computing time of the PampaPlus genetic improvement software, while maximizing the genetic qualification index (GQI) of the progeny, controlling inbreeding, and avoiding unintended culling. Data from two beef-cattle herds integrating PampaPlus were used. Five mating scenarios were built using different numbers of sires (9 to 37) and dams (142 to 568). The analyzed algorithm inputs were: expected progeny differences, pedigree information, maximum inbreeding, maximum and minimum number of matches for each sire, and penalty weights for poor performance. The analyzed response variables were computing time and the GQI of the progenies. Three stopping criteria were used: original stopping criterion fixed at 1,000 iterations; saturation stopping criterion (SSC), based on GQI variance; and Bhandari?s stopping criterion (BSC), which includes the generation interval parameter. SSC and BSC reduced processing time in 24.43?53.64% and in 14.32?50.87%, respectively. BSC reaches solution in less time, without losses in GQI quality. BSC is generalizable and effective to reduce the processing time of mating recommendations. RESUMO - O objetivo deste trabalho foi propor um novo critério de parada para diminuir o tempo de processamento do programa de melhoramento genético PampaPlus, além de maximizar o índice de qualificação genética (GQI) da progênie, controlar a endogamia e evitar o descarte não intencional. Foram utilizados dados de dois rebanhos integrantes do PampaPlus. Cinco cenários de acasalamento foram elaborados com diferentes números de touros (9 a 37) e vacas (142 a 568). Os dados analisados foram: diferenças esperadas na progênie, informações de pedigree, máxima endogamia, número máximo e mínimo de acasalamentos por touro, e penalidades para desempenho inferior. As variáveis analisadas foram tempo de processamento e o GQI das progênies. Foram utilizados três critérios de parada: critério de parada original, fixado em 1.000 iterações; critério de parada por saturação (SSC), baseado na variância do GQI; e critério de parada de Bhandari (BSC), que inclui o parâmetro de intervalo de gerações. O SSC e o BSC reduziram o tempo de processamento em 24,43?53,64% e em 14,32?50,87%, respectivamente. O BSC atinge solução em menos tempo, sem perda da qualidade do GQI. O BSC é generalizável e efetivo em reduzir o tempo de processamento das recomendações de acasalamento.
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700 1 $aCARDOSO, F. F.
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sul (CPPSUL) |
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| Registros recuperados : 13 | |
| 6. |  | COSTA, M. B. W.; TREPTOW, W.; ARAÚJO, A. F. P.; PAPPAS JUNIOR, G. J. Predição de enterramentos atômicos de proteínas globulares utilizando-se estatística Bayesiana e linguagem Perl de bioinformática. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 14., 2009, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2009. Resumo 028. p. 64| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 7. | | PADOVANI, C. R.; ESQUERDO, J. C. D. M.; ARAÚJO, A. F.; ISHII, R. P.; MATSUBARA, E. T.; MINGOTI, R. Sistema de suporte à decisão frente às inundações do Pantanal. In: SEMINÁRIO DA REDE AGROHIDRO, 4., 2016, Brasília, DF. Água e agricultura: incertezas e desafios para a sustentabilidade frente às mudanças do clima e do uso da terra: anais. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2016. 228-234| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Territorial. |
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| 8. | | PADOVANI, C. R.; ESQUERDO, J. C. D. M.; ARAUJO, A. F. de; ISHII, R. P.; MATSUBARA, E. T.; MINGOTI, R. Sistema de suporte à decisão frente às inundações do Pantanal. In: SEMINÁRIO DA REDE AGROHIDRO, 4., 2016, Brasília, DF. Água e agricultura: incertezas e desafios para a sustentabilidade frente às mudanças do clima e do uso da terra: anais. Brasília, DF: Embrapa, 2016. p. 228-234.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 9. | | PADOVANI, C. R.; ARAÚJO, A. F. de; ISHII, R. P.; CARVALHO, G.; ALMEIDA, H.; MATSUBARA, E. T.; ESQUERDO, J. C. D. M.; ANTONIASSI, R. A. dos S. Adoption of a decision support system for coexistence of extensive livestock to the Pantanal flood dynamics: related factors. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON AGRICULTURAL TECHNOLOGY ADOPTION, 1., 2020, Campo Grande, MS. Studies, methods and experiences. Campo Grande: MS, Embrapa Gado de Corte, 2020. p. 149-150. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 279). Editores: Mariana de Aragão Pereira, João Augusto Rossi Borges, Carla Heloisa Faria Domingues. ISATA 2020.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 10. | | PADOVANI, C. R.; ARAÚJO, A. F. de; ISHII, R. P.; CARVALHO, G.; ALMEIDA, H.; MATSUBARA, E. T.; ESQUERDO, J. C. D. M.; ANTONIASSI, R. A. dos S. Adoption of a decision support system for coexistence of extensive livestock to the Pantanal flood dynamics: related factors. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON AGRICULTURAL TECHNOLOGY ADOPTION, 1., 2020, Campo Grande, MS. Studies, methods and experiences. Campo Grande: MS, Embrapa Gado de Corte, 2020. p. 149-150. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 279). Editores: Mariana de Aragão Pereira, João Augusto Rossi Borges, Carla Heloisa Faria Domingues. ISATA 2020.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 11. | | ARAÚJO, A. F.; COSTA, N. D.; LIMA, M. A. C. de; PEDREIRA, C. M.; SANTOS, C. dos; LEITE, W. de M. Avaliação de genótipos de cebola em cultivo orgânico. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROECOLOGIA, 2.; SEMINÁRIO INTERNACIONAL SOBRE AGROECOLOGIA, 5.; SEMINÁRIO ESTADUAL SOBRE AGROECOLOGIA, 6., 2004, Porto Alegre. Anais... Porto Alegre: EMATER-RS: Embrapa, 2004. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 12. | | PADOVANI, C. R.; ARAÚJO, A. F. de; ISHII, R. P.; MATSUBARA, E. T.; ESQUERDO, J. C. D. M.; ANTONIASSI, R. A. dos S. Decision making support system for the adaptation and coexistence of extensive livestock farming in the dynamics of pantanal floods and droughts in face of climate change. In: SOTTA, E. D.; SAMPAIO, F. G.; MARZALL, K.; SILVA, W . G. da (ed.). Adapting to climate change: strategies for Brazilian agricultural and livestock systems. Brasília, DF: MAPA, 2021. p. 92-93.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pantanal. |
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| 13. | | PADOVANI, C. R.; ARAÚJO, A. F. de; ISHII, R. P.; MATSUBARA, E. T.; ESQUERDO, J. C. D. M.; ANTONIASSI, R. A. dos S. Sistema de suporte à decisão para a adaptação e convivência da pecuária extensiva à dinâmica das inundações e estiagens do Pantanal frente às mudanças climáticas. In: SOTTA, E. D.; SAMPAIO, F. G.; MARZALL, K.; SILVA, W. G. da (org.). Estratégias de adaptação às mudanças do clima dos sistemas agropecuários brasileiros. Brasília, DF: MAPA, 2021. p. 92-93.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pantanal. |
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