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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Cerrados. |
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Data corrente: |
05/05/2021 |
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Data da última atualização: |
14/05/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LOPES, F. B.; MAGNABOSCO, C. de U.; PASSAFARO, T. L.; BRUNES, L. C.; COSTA, M. F. O. e; EIFERT, E. da C.; NARCISO, M. G.; ROSA, G. J. M.; LOBO, R. B.; BALDI, F. |
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Afiliação: |
CLAUDIO DE ULHOA MAGNABOSCO, CPAC; MARCOS FERNANDO OLIVEIRA E COSTA, CNPAF; EDUARDO DA COSTA EIFERT, CPAC; MARCELO GONCALVES NARCISO, CNPAF. |
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Título: |
Improving genomic prediction accuracy for meat tenderness in Nellore cattle using artificial neural networks. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal of Animal Breeding and Genetics, v. 137, n. 5, 2020. |
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Páginas: |
p. 438-448 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The goal of this study was to compare the predictive performance of artificial neural networks (ANNs) with Bayesian ridge regression, Bayesian Lasso, Bayes A, Bayes B and Bayes Cπ in estimating genomic breeding values for meat tenderness in Nellore cattle. The animals were genotyped with the Illumina Bovine HD Bead Chip (HD, 777K from 90 samples) and the GeneSeek Genomic Profiler (GGP Indicus HD, 77K from 485 samples). The quality control for the genotypes was applied on each Chip and comprised removal of SNPs located on non‐autosomal chromosomes, with minor allele frequency <5%, deviation from HWE (p < 10?6), and with linkage disequilibrium >0.8. The FImpute program was used for genotype imputation. Pedigree‐based analyses indicated that meat tenderness is moderately heritable (0.35), indicating that it can be improved by direct selection. Prediction accuracies were very similar across the Bayesian regression models, ranging from 0.20 (Bayes A) to 0.22 (Bayes B) and 0.14 (Bayes Cπ) to 0.19 (Bayes A) for the additive and dominance effects, respectively. ANN achieved the highest accuracy (0.33) of genomic prediction of genetic merit. Even though deep neural networks are recognized to deliver more accurate predictions, in our study ANN with one single hidden layer, 105 neurons and rectified linear unit (ReLU) activation function was sufficient to increase the prediction of genetic merit for meat tenderness. These results indicate that an ANN with relatively simple architecture can provide superior genomic predictions for meat tenderness in Nellore cattle MenosThe goal of this study was to compare the predictive performance of artificial neural networks (ANNs) with Bayesian ridge regression, Bayesian Lasso, Bayes A, Bayes B and Bayes Cπ in estimating genomic breeding values for meat tenderness in Nellore cattle. The animals were genotyped with the Illumina Bovine HD Bead Chip (HD, 777K from 90 samples) and the GeneSeek Genomic Profiler (GGP Indicus HD, 77K from 485 samples). The quality control for the genotypes was applied on each Chip and comprised removal of SNPs located on non‐autosomal chromosomes, with minor allele frequency <5%, deviation from HWE (p < 10?6), and with linkage disequilibrium >0.8. The FImpute program was used for genotype imputation. Pedigree‐based analyses indicated that meat tenderness is moderately heritable (0.35), indicating that it can be improved by direct selection. Prediction accuracies were very similar across the Bayesian regression models, ranging from 0.20 (Bayes A) to 0.22 (Bayes B) and 0.14 (Bayes Cπ) to 0.19 (Bayes A) for the additive and dominance effects, respectively. ANN achieved the highest accuracy (0.33) of genomic prediction of genetic merit. Even though deep neural networks are recognized to deliver more accurate predictions, in our study ANN with one single hidden layer, 105 neurons and rectified linear unit (ReLU) activation function was sufficient to increase the prediction of genetic merit for meat tenderness. These results indicate that an ANN with relative... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bayesian regression models; Carne macia; Deep learning; Genomic selection; Maciez da carne. |
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Thesagro: |
Carne; Gado de Corte; Genética Animal; Seleção Genética. |
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Thesaurus Nal: |
Animal breeding; Zebu. |
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Categoria do assunto: |
--
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/223045/1/Magnabosco-Improving-genomic-prediction-accuracy-for-meat-tenderness-in.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Cerrados (CPAC) |
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| Registros recuperados : 78 | |
| 3. |  | SOARES, B. B.; BRUNES, L. C.; BALDI, F.; NARCISO, M. G.; CARMO, A. S. do; MAGNABOSCO, C. U. Associação genética entre escores visuais e características reprodutivas em bovinos Nelore. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 16., 2022, Santo Antônio de Goiás. Resumos... Brasília, DF: Embrapa; Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2022. p. 74.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 4. | | SOARES, B. B.; BRUNES, L. C.; BALDI, F.; NARCISO, M. G.; CARMO, A. S. do; MAGNABOSCO, C. U. Associação genética entre escores visuais e características reprodutivas em bovinos Nelore. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 16., 2022, Santo Antônio de Goiás. Resumos... Brasília, DF: Embrapa; Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2022. p. 74.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 5. | | SANTOS, M. F. dos; CASTRO, L. M. de; MAGNABOSCO, C. de U.; LOPES, F. B.; BRUNES, L. C. Análise multivariada relacionando as características de maciez da carne, crescimento e carcaça de bovinos da raça Nelore, variedade Mocho. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 10., 2016, Santo Antônio de Goiás. Coletânea dos resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2016. p. 25 (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 311).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 8. | | BRUNES, L. C.; MAGNABOSCO, C. U.; LOPES, F. B.; COSTA, M. F. O. e; MAMEDE, M. M. S. Variabilidade genética nos testes de desempenho de touros jovens conduzidos na Embrapa Arroz e Feijão. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 8., 2014, Santo Antônio de Goiás. Coletânea dos resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2014. p. 85. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 306).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 9. | | BRUNES, L. C.; BALDI, F.; NARCISO, M. G.; LOBO, R. B.; ESPIGOLAN, R.; COSTA, M. F. O.; MAGNABOSCO, C. U. Genomic prediction ability for feed efficiency traits using different models and pseudo-phenotypes under several validation strategies in Nelore cattle. Animal. The International Journal of Animal Biosciences, v. 15, 100085, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Cerrados. |
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| 12. | | BRUNES, L. C.; BALDI, F.; COSTA, M. F. O. e; LOBO, R. B.; LOPES, F. B.; MAGNABOSCO, C. U. Genetic-quantitative analysis for reproductive traits in Nellor cattle selected for sexual precocity. Animal Production Science, v. 60, n. 7, p. 896-902, Mar. 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Cerrados. |
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| 14. | | JACOVETTI, R.; FRANÇA, A. F. de S.; MONTEIRO, R. A. C.; MIYAGI, E. S.; BRUNES, L. C.; CORRÊA, D. S. Milheto como silagem comparado a gramíneas tradicionais: aspectos quantitativos, qualitativos e econômicos. Ciência Animal Brasileira, v. 19, e-26539, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril. |
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| 15. | | PEREIRA, L. S.; BRUNES, L. C.; SOARES, B. B.; ASSUNÇÃO, R. C.; MAGNABOSCO, C. U.; REY, F. S. B. Parâmetros genéticos para características de carcaça e eficiência alimentar em bovinos da raça Guzerá. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 15., 2021, Santo Antônio de Goiás. Resumos... Brasília, DF: Embrapa; Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2021. p. 73. Evento online.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 16. | | MAGNABOSCO, C. de U.; MIGUEL JUNIOR, J. C.; LOBO, R. B.; BRUNES, L. C.; QUEIROZ, L. C. R.; LOPES, F. B. AVALIAÇÃO DA TAXA DE PRENHEZ EM PROGRAMA DE IATF USANDO SÊMENS DE DIFERENTES TOUROS DA RAÇA NELORE. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 29., 2019, Uberaba. Tecnologias que alimentam o mundo: anais... Uberaba: ABZ: Fazu: ABCZ, 2019. Zootec. 5 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 17. | | PEREIRA, L. S.; COSTA, M. F. O. e; EIFERT, E. da C.; BRUNES, L. C.; CARVALHO, R. A.; MAGNABOSCO, C. U. Avaliação de crescimento, reprodução e carcaça de raças zebuínas em teste de desempenho. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 13., 2019, Santo Antônio de Goiás. Resumos... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2019. p. 90.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 18. | | MAGNABOSCO, C. de U.; BRUNES, L. C.; BALDI, F.; LOBO, R. B.; COSTA, M. F. O. e; QUEIROZ, L. C. R. ANÁLISE GENÉTICA DE CARACTERÍSTICAS DE CARCAÇA E HABILIDADE MATERNA EM BOVINOS NELORE. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ZOOTECNIA, 29., 2019, Uberaba. Tecnologias que alimentam o mundo: anais... Uberaba: ABZ: Fazu: ABCZ, 2019. Zootec. 5 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 19. | | SOARES, B. B.; BRUNES, L. C.; BALDI, F.; LOPES, F. B.; LOBO, R. B.; PEREIRA, L. S.; CARVALHO, R. A. de; MAGNABOSCO, C. U. Análise genética de características de carcaça e habilidade materna em bovinos Nelore. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 14., 2020, Santo Antônio de Goiás. Resumos... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2021. p. 55.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 20. | | SOARES, B. B.; BRUNES, L. C.; BALDI, F.; LOPES, F. B.; LOBO, R. B.; PEREIRA, L. S.; CARVALHO, R. A. de; MAGNABOSCO, C. U. Análise genética de características de carcaça e habilidade materna em bovinos Nelore. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 14., 2020, Santo Antônio de Goiás. Resumos... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2021. p. 55.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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