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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
03/06/2023 |
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Data da última atualização: |
07/06/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BRAGA, L. G.; CHUD, T. C. S.; WATANABE, R. N.; SAVEGNAGO, R. P.; SENA, T. M.; CARMO, A. S. do; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; SILVA, M. V. G. B.; MUNARI, D. P. |
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Afiliação: |
LARISSA G. BRAGA, Universidade Estadual Paulista; TATIANE C. S. CHUD, University of Guelph; RAFAEL N. WATANABE, Universidade Estadual Paulista; RODRIGO P. SAVEGNAGO, Michigan State University; THOMAZ M. SENA, Universidade Estadual Paulista; ADRIANA S. DO CARMO, Universidade Federal de Goiás; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; JOAO CLAUDIO DO CARMO PANETTO, CNPGL; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; DANISIO P. MUNARI, Universidade Estadual Paulista. |
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Título: |
Identification of copy number variations in the genome of Dairy Gir cattle. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
PLoS ONE, v. 18, n. 4, e0284085, 2023. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0284085 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Studying structural variants that can control complex traits is relevant for dairy cattle production, especially for animals that are tolerant to breeding conditions in the tropics, such as the Dairy Gir cattle. This study identified and characterized high confidence copy number variation regions (CNVR) in the Gir breed genome. A total of 38 animals were whole-genome sequenced, and 566 individuals were genotyped with a high-density SNP panel, among which 36 animals had both sequencing and SNP genotyping data available. Two sets of high confidence CNVR were established: one based on common CNV identified in the studied population (CNVR_POP), and another with CNV identified in sires with both sequence and SNP genotyping data available (CNVR_ANI). We found 10 CNVR_POP and 45 CNVR_ANI, which covered 1.05 Mb and 4.4 Mb of the bovine genome, respectively. Merging these CNV sets for functional analysis resulted in 48 unique high confidence CNVR. The overlapping genes were previously related to embryonic mortality, environmental adaptation, evolutionary process, immune response, longevity, mammary gland, resistance to gastrointestinal parasites, and stimuli recognition, among others. Our results contribute to a better understanding of the Gir breed genome. Moreover, the CNV identified in this study can potentially affect genes related to complex traits, such as production, health, and reproduction. |
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Thesagro: |
Gado Leiteiro; Genoma. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1154204/1/Identification-of-copy-number-variations-in-the-genome.pdf
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Marc: |
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005 2023-06-07
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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| Registros recuperados : 71 | |
| 7. |  | BRAGA, L. G. T.; OLIVEIRA, M. G. de A.; LIMA, W. C.; EUCLYDES, R. F. Atividade da amilase em rã-touro durante a fase pós-metamórfica. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 40, n. 10, p. 947-951, out. 2005 Título em inglês: Amylase activity in the bullfrog during the post-metamorphic phase.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 11. | | ARAÚJO, L. M.; BRAGA, L. M.; BUSTAMANTE, P. G.; CORREIA, J. R. Procedimentos metodológicos para realização de mapeamento participativo em áreas de comunidade de agricultores familiares no Cerrado do Norte de Minas. In: ENCONTRO DE JOVENS TALENTOS DA EMBRAPA CERRADOS, 4., 2009, Planaltina, DF. Resumos apresentados... Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2009. p. 122-123 (Embrapa Cerrados. Documentos, 243).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 12. | | BRAGA, L. P. P.; BORGES, C. D.; YOSHIURA, C. A.; BROWN, G. G.; TSAI, S. M. Metagenomics approach towards the understanding of earthworm-microbe interaction in sugarcane rhizosphere. In: ENCONTRO LATINO-AMERICANO DE ECOLOGIA E TAXONOMIA DE OLIGOQUETAS, 5; SIMPÓSIO ENGENHEIROS EDÁFICOS, FERTILIDADE DO SOLO E TERRA PRETA DE ÍNDIO (TPI), 2015, Curitiba. Anais. [S.l.]: Federação Brasileira de plantio direto de irrigação, 2015. p. 30. Disponível online. Resumo. 5° ELAETAO.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 15. | | BRAGA, L. G. T.; BORGHESI, R.; DAIRIKI, J. K.; CYRINO, J. E. P. Trânsito gastrintestinal de dieta seca em Salminus brasiliensis. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 42, n. 1, p. 131-134, jan. 2007 Notas Científicas.
Título em inglês: Gastrointestinal transit of dry diet in Salminus brasiliensis.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 16. | | BICUDO, A. J. A.; ARAUJO, T. A. T.; BRAGA, L. G. T.; TONINI, W. C. T.; HISANO, H. Apparent digestibility of conventional and alternative feedstuffs by hybrid tambacu juveniles. Anais da Academia Brasileira de Ciências, Rio de Janeiro, v. 90, n. 1, p. 471-478, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 17. | | BRAGA, L. I. G.; ANDRIOLI, A.; PINHEIRO, R. R.; SILVA, M. V. G. B.; FACO, O.; SIDER, L. H. Caracterização fenotípica de animais de propriedades com incidência de artrite encefalite caprina para a condução de um estudo de associação genômica ampla. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA CAPRINOS E OVINOS, 10., 2021, Sobral. Anais... Sobral: Embrapa Caprinos e Ovinos, 2022. p. 23-24.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 18. | | BRAGA, L. I. G.; PINHEIRO, R. R.; SILVA, M. V. G. B.; FACO, O.; ANDRIOLI, A.; SIDER, L. H. Caracterização fenotípica de animais de propriedades com incidência de artrite encefalite caprina para a condução de um estudo de associação genômica ampla. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA CAPRINOS E OVINOS, 11., 2022, Sobral. Anais... Sobral: Embrapa Caprinos e Ovinos, 2023. p. 18-19. (Embrapa Caprinos e Ovinos. Eventos técnicos & científicos).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 20. | | FONTES, A. O.; BRAGA, L. M.; SA, M. A. C. de; SANTOS JÚNIOR, J. de D. G. dos. Compactação crítica do solo para o crescimento de raízes de brachiaria brizantha cv. Marandu. In: ENCONTRO DE JOVENS TALENTOS DA EMBRAPA CERRADOS, 4., 2009, Planaltina, DF. Resumos apresentados... Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2009. p. 29-30 (Embrapa Cerrados. Documentos, 243).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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