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Biblioteca(s):  Embrapa Agricultura Digital.
Data corrente:  20/02/2009
Data da última atualização:  15/01/2020
Tipo da produção científica:  Resumo em Anais de Congresso
Autoria:  JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; CECÍLIO, P. L.; PELLIGRINELLI, T. V.; NESHICH, G.
Afiliação:  JOSE GILBERTO JARDINE, CNPTIA; IVAN MAZONI, CNPTIA; ADAUTO LUIZ MANCINI, CNPTIA; LUIZ CÉSAR BORRO; DANIEL ALVARENGA; PABLO LIRA CECÍLIO; THAÍS VITAL PELLIGRINELLI; GORAN NESHICH, CNPTIA.
Título:  How did the structure function descriptors of proteins change with introduction of 'remediated' PDB files.
Ano de publicação:  2008
Fonte/Imprenta:  In: RED IBEROAMERICANA DE BIOINFORMÁTICA CONGRESS, 5., 2008, Santiago. Program and abstracts... Santiago. Pontificia Universidade Católica de Chile, 2008.
Páginas:  p. 15.
Idioma:  Inglês
Conteúdo:  Due to reasons related mainly to modernization of structure annotation data, the RCSB/PDB implemented in August of 2007, a "remediated" PDB files. The major difference introduced by this format is related to the number of chains present in the PDB file. Namely, files such as the 1cho.pdb, suffered a change in number of chains present in the enzyme structure: from previous 1 to current 3. The reason for such change is based on the fact that the enzyme structure contains two gaps, which are treated with certain degree of difficulty by the software producers. We have invested a significant amount of time and CPU resources in order to curate and analyze what are the consequences for in-silicon analysis of the active site 3D environment after implementing remediated PDB files to STING_DB. For this purpose, we analyzed a number of proteins, chosen to represent both files which suffered a change in total numb er of chains as well as those which did not.
Palavras-Chave:  Bioinformática; PDB files; Proteínas.
Thesaurus Nal:  Bioinformatics; Proteins.
Categoria do assunto:  X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status URL
CNPTIA12559 - 2UPCRA - DD
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Registros recuperados : 26
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1.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L. C.; NESHICH, G. Ranking optimization in virtual screening using physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. In: SÃO PAULO SCHOOL OF ADVANCED SCIENCES ON NEGLECTED DISEASES DRUG DISCOVERY - FOCUS ON KINETOPLASTIDS, 2015, Campinas. Book of abstracts. [Campinas]: CNPEM, [2015]. p. 115. SPSAS-ND3.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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2.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; NESHICH, G.; YANO, I. H.; BORRO, L. C. PS3A. Versão 1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.
Tipo: Software
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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3.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; YANO, I. H.; NESHICH, G.; BORRO, L. C. PS3DV. Versão 1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.
Tipo: Software
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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4.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; BORRO, L. C. PSAS. Versão 1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.
Tipo: Software
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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5.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Java Secondary Structure Dossier. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2007. 1 folder.
Tipo: Folder/Folheto/Cartilha
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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6.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L. C.; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; YANO, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving binding affinity prediction by using a rule-based model with physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. In: CONGRESS OF THE INTERNATIONAL UNION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 23.; ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 44., 2015, Foz do Iguaçu. Biochemistry for a better world: abstracts book. [Foz do Iguaçu]: SBBq, 2015. p. 153. C.047.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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7.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; JARDINE, J. G.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G. Electrostatic potential at the alpha carbon atoms along the alpha helices and beta strands. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia, Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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8.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G. Signature contact coordination patterns for secondary structure elements in protein structures. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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9.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Studying structure function relationship of proteins using "remediated" PDB files. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia, Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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10.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; YANO, I. H.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Study of specific nanoenvironments containing [alfa]-helices in all-[alfa] and ([alfa]+[beta])+([alfa]/[beta]) proteins. Plos One, v. 13, n. 7, p. 1-25, 2018. Artigo e0200018.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Territorial.
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11.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; SALIM, J. A; BORRO, L. C. STING_MSSP: Multiple structure single parameter. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.
Tipo: Software
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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12.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L. C.; MAZONI, I.; ALVARENGA, D.; PELLIGRINELLI, T. V.; CARVALHO, M.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Chameleon sequences seen under a prism of structure descriptors. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2007. 1 folder.
Tipo: Folder/Folheto/Cartilha
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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13.Imagem marcado/desmarcadoKUSER, P.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; BORRO, L. C.; NESHICH, G. BlueStar STING - a multiplatform environment for protein structure analysis. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-22. Na publicação: Paula Kuser, Stanley R. M. Oliveira, Edgard H. Santos.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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14.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. P.; NESHICH, G. Computational analysis of the secondary structure elements based on the physical chemical and geometrical descriptors and statistics data. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado X-Meeting 2009.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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15.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; CECÍLIO, P. L.; PELLIGRINELLI, T. V.; NESHICH, G. How did the structure function descriptors of proteins change with introduction of 'remediated' PDB files. In: RED IBEROAMERICANA DE BIOINFORMÁTICA CONGRESS, 5., 2008, Santiago. Program and abstracts... Santiago. Pontificia Universidade Católica de Chile, 2008. p. 15.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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16.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; NESHICH, G. Comparison between physical chemical and geometrical characteristics of the amino acids present in alpha-helices and beta-sheets. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não pagiando. X-Meeting 2009.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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17.Imagem marcado/desmarcadoFULAZ, S. F.; CABRINI, F. M.; CARVALHO, D. J. P.; BORRO, L. C.; SANTOS, C. A. dos; BELOTI, L. L.; NESHICH, G.; SOUZA, A. P. de; TASIC, L. Design of inhibitors for the PilT protein from Xylella fastidiosa using in silico and in vitro approaches. In: ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 45., 2016, Natal. Livro de resumos... [Natal]: Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2016. Não paginado.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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18.Imagem marcado/desmarcadoFALCÃO, P. R. K.; MAZONI, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; SANTOS, E. H. dos; OLIVEIRA, S. R. de M.; NESHICH, G. Protein ligand contacts analyzed in an integrated environment with the other sequence and structure related parameters. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. Na publicação: Paula Kuser, Stanley R. M. Oliveira. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-49.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.
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19.Imagem marcado/desmarcadoMANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; CECILIO, P. L.; PELLIGRINELLI, T. V.; NESHICH, G. Structure descriptors of chameleon sequences. In: RED IBEROAMERICANA DE BIOINFORMÁTICA CONGRESS, 5., 2008, Chile. Program and abstracts... Santiago: Pontificia Universidad Católica de Chile, 2008. Não paginado. RIB 2008.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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20.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; BORRO, L. C.; OLIVEIRA, S. R. de M.; SANTOS, E. H. dos; JARDINE, J. G.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; NARCISO, M. G.; NESHICH, G. Analysing protein-protein interface using JPIV. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-14. Na publicação: Paula R. Kuser-Falcão, Stanley R. M. Oliveira, Edgard H. Santos.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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