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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Semiárido; Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
13/09/2023 |
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Data da última atualização: |
17/01/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FERREIRA-NETO. J. R. C.; SILVA, M. D. da; BINNECK, E.; MELO, N. F. de; SILVA, R. G. da; MELO, A. L. T. M. de; PANDOLFI, V.; BUSTAMANTE, F. de O.; VIDAL, A. C. B.; BENKO-ISEPPON, A. M. |
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Afiliação: |
JOSÉ RIBAMAR COSTA FERREIRA-NETO, UFPE; MANASSÉS DANIEL DA SILVA, UFPE; ELISEU BINNECK, CNPSO; NATONIEL FRANKLIN DE MELO, CPATSA; RAHISA HELENA DA SILVA; ANA LUIZA TRAJANO MANGUEIRA DE MELO, UFPE; VALESCA PANDOLFI, UFPE; FERNANDA DE OLIVEIRA BUSTAMANTE, UFPE; ANA CHRISTINA BRASILEIRO-VIDAL, UFPE; ANA MARIA BENKO-ISEPPON, UFPE. |
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Título: |
Bridging the gap: combining genomics and transcriptomics approaches to understand Stylosanthes scabra, an orphan legume from the Brazilian Caatinga. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Plants, v. 12, 3246, 2023. |
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Páginas: |
23 p. |
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DOI: |
10.3390/plants12183246 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Stylosanthes scabra is a scientifically orphaned legume found in the Brazilian Caatinga biome (a semi-arid environment). This work utilized omics approaches to investigate some ecophysiological aspects of stress tolerance/resistance in S. scabra, study its genomic landscape, and predict potential metabolic pathways. Considering its high-confidence conceptual proteome, 1694 (~2.6%) proteins were associated with resistance proteins, some of which were found in soybean QTL regions that confer resistance to Asian soybean rust. S. scabra was also found to be a potential source of terpenes, as biosynthetic gene clusters associated with terpene biosynthesis were identified in its genome. The analysis revealed that mobile elements comprised approximately 59% of the sequenced genome. In the remaining 41% of the sections, some of the 22,681 protein-coding gene families were categorized into two informational groups: those that were specific to S. scabra and those that expanded significantly compared to their immediate ancestor. Biological process enrichment analyses indicated that hese gene families play fundamental roles in the adaptation of S. scabra to extreme environments. Additionally, phylogenomic analysis indicated a close evolutionary relationship between the genera Stylosanthes and Arachis. Finally, this study found a high number (57) of aquaporin-encoding loci in the S. scabra genome. RNA-Seq and qPCR data suggested that the PIP subfamily may play a key role in the species? adaptation to water deficit conditions. Overall, these results provide valuable insights into S. scabra biology and a wealth of gene/transcript information for future legume omics studies. MenosStylosanthes scabra is a scientifically orphaned legume found in the Brazilian Caatinga biome (a semi-arid environment). This work utilized omics approaches to investigate some ecophysiological aspects of stress tolerance/resistance in S. scabra, study its genomic landscape, and predict potential metabolic pathways. Considering its high-confidence conceptual proteome, 1694 (~2.6%) proteins were associated with resistance proteins, some of which were found in soybean QTL regions that confer resistance to Asian soybean rust. S. scabra was also found to be a potential source of terpenes, as biosynthetic gene clusters associated with terpene biosynthesis were identified in its genome. The analysis revealed that mobile elements comprised approximately 59% of the sequenced genome. In the remaining 41% of the sections, some of the 22,681 protein-coding gene families were categorized into two informational groups: those that were specific to S. scabra and those that expanded significantly compared to their immediate ancestor. Biological process enrichment analyses indicated that hese gene families play fundamental roles in the adaptation of S. scabra to extreme environments. Additionally, phylogenomic analysis indicated a close evolutionary relationship between the genera Stylosanthes and Arachis. Finally, this study found a high number (57) of aquaporin-encoding loci in the S. scabra genome. RNA-Seq and qPCR data suggested that the PIP subfamily may play a key role in the species? ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Aquaporinas; Bioma Caatinga; Elementos móveis; Genoma nuclear; PRR-genes; R-genes. |
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Thesagro: |
Leguminosa; Stylosanthes Scabra. |
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Thesaurus Nal: |
Aquaporins; Drought; Nuclear genome. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
LEADER 02798naa a2200385 a 4500
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005 2024-01-17
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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| Registros recuperados : 169 | |
| 101. |  | PEREIRA, S. D. S.; SENA, J. A. D.; FELIPES, J.; STOLF, R.; FUGANTI, R.; MARIN, S. R. R.; BINNECK, E.; ABDELNOOR, R. V.; NEPOMUCENO, A. L.; MARCELINO, F. C. Functional genomics of soybean tolerance to water deficit. In: WORLD SOYBEAN RESEARCH CONFERENCE, 8., 2009, Beijing. Developing a global soy blueprint for a safe secure and sustainable supply: abstracts. Beijing: Chinese Academy of Agricultural Sciences: Institute of Crop Science, 2009. p. 15, ref. O054. WSRC 2009. Editado por Lijuan Qiu, Rongxia Guan, Jian Jin, Qijan Song, Shuntang Guo, Wenbin Li, Yuanchao Wang, Tianfu Han, Xiaobing Liu, Deyue Yu, Lianzhou Jiang, Deliang Peng.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 102. | | NEPOMUCENO, A. L.; STOLT, R.; CARARETO-ALVES, L. M.; KISHI, L.; PEREIRA, R. M.; MARCONDES, J.; PAIVA, A. A. R.; BINNECK, E.; POLIZEL, A. M.; MARIN, S. R. R.; YAMANAKA, N.; FARIAS, J. R. B.; LEMOS, E. G. M. Caracterização fisiológica e expressão gênica por microarranjos de DNA em cultivares de soja durante déficit hídrico. In: CONGRESO DE SOJA DEL MERCOSUR, 3., 2006, Rosário. Mercosoja 2006: mesas científico-técnicas, resúmenes expandidos / comunicaciones. Rosário: Associación de la Cadena de Soja Argentina, 2006. p. 238-241.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 103. | | NASCIMENTO, L. C.; COSTA, G. G. L.; MEYER, L.; BINNECK, E.; RODRIGUES, F.; KULCHESKI, F. R.; MARGIS, R.; KIDO, E. A.; MARCELINO, F. C.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F. A brazilian soybean database. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts book... Ouro Preto: AB3C, 2010. p. 120. X-Meeting 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 104. | | FERREIRA-NETO. J. R. C.; SILVA, M. D. da; BINNECK, E.; MELO, N. F. de; SILVA, R. G. da; MELO, A. L. T. M. de; PANDOLFI, V.; BUSTAMANTE, F. de O.; VIDAL, A. C. B.; BENKO-ISEPPON, A. M. Bridging the gap: combining genomics and transcriptomics approaches to understand Stylosanthes scabra, an orphan legume from the Brazilian Caatinga. Plants, v. 12, 3246, 2023. 23 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido; Embrapa Soja. |
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| 105. | | NASCIMENTO, L. C.; COSTA, G. G. L.; VIDAL, R. O.; MEYER, L.; BINNECK, E.; KIDO, E. A.; RODRIGUES, F.; KULCHESKI, F. R.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F. Bioinformatics analysis applied to genosoja project. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book ... Rio de Janeiro: AB3C, 2009. p. 22. X-Meeting 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 106. | | RODRIGUES, F. A.; MARCOLINO, J.; AMARAL, L. C.; ENGELS, C.; PEREIRA, R. M.; CARAZZOLLE, M. F.; OLIVEIRA, M. C. N. de; MARCELINO, F. C.; FARIAS, J. R. B.; NEUMAIER, N.; BINNECK, E.; ABDELNOOR, R. V.; NEPOMUCENO, A. L. Comparison of gene expression profiles of contrasting soybean cultivars in response to drought. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA, 3., 2010, Fortaleza. Programa e resumos. Brasília, DF: SBBiotec, 2010. p. 189.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 107. | | ROLLA, A. A. P.; BENEVENTI, M. A.; FUGANTI, R.; PEREIRA, S. S.; MARIN, S. R. R.; FARIAS, J. R. B.; LOPES, V. S.; YAMAGUCHI -SHINOZAKI, K.; BINNECK, E.; ABDELNOOR, R. V.; MARCELINO, F. C.; NEPOMUCENO, A. L. Quantification of transgene copies in soybean genome using quantitative real time PCR through absolute and relative methodologies. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS, 2., 2009, Búzios. Programa e resumos. [S.l.]: SBG, 2009. p. 167.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 108. | | FUGANTI, R.; MACHADO, M. F. P. S.; LOPES, V. S.; SILVA, J. F. V.; ARIAS, C. A. A.; MARIN, S. R. R.; BINNECK, E.; ABDELNOOR, R. V.; MARCELINO, F. C.; NEPOMUCENO, A. L. Promoter region analysis of a Glycine max small Heat-Shock protein gene (Gmhsp17.6-L) in soybean plants resistant and susceptible to Meloidogyne javanica. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS, 2., 2009, Búzios. Programa e resumos. [S.l.]: SBG, 2009. p. 95.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 109. | | RODRIGUES, F. A.; MARCOLINO, J.; ENGELS, C.; NAKAYAMA, T. J.; FUGANTI, R.; MARIN, S. R.; FARIAS, J. R. B.; NEUMAIER, N.; MARCELINO, F. C.; BINNECK, E.; ABDELNOOR, R. V.; NEPOMUCENO, A. L. Prospecting soybean (Glycine max L. Merrill) genes expressed under drought conditions. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 55., 2009, Águas de Lindóia. Charles Darwin: a origem das espécies: o livro que transformou a humanidade. Resumos... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2009. p. 92.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 110. | | RODRIGUES, F. A.; MARCOLINO, J.; NAKAYAMA, T. J.; FUGANTI, R.; ENGELS, C.; MARIN, S. R. R.; FARIAS, J. R. B.; NEUMAIER, N.; MARCELINO, F. C.; BINNECK, E.; ABDELNOOR, R. V.; NEPOMUCENO, A. L. Prospecting soybean (Glycine Max L. Merrill) genes expressed under drought conditions. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTEGRATED APPROACHES TO IMPROVE CROP PRODUCTION UNDER DROUGHT-PRONE ENVIRONMENTS, 3., 2009, Shangai. Abstracts... Shangai: Shangai Academy of Agricultural Sciences: Shangai Agrobiological Gene Center, 2009. p. 178, ref. P 5.35. INTERDROUGHT 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 111. | | SOLDERA, M. C. A.; LAURINDO, D. G.; BALESTRI, M. R. D.; MORAES, A. M.; MARIN, S. R. R.; BINNECK, E.; COSTAMILAN, L. M.; JACCOUD FILHO, D.; ÁLMEIDA, A. M. R. Diversidade genética do complexo Diaphorte/Phomopsis em soja, no Brasil. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 32, p. S197, ago. 2007. Suplemento, resumo 0436. Edição dos Resumos do XL Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Maringá, PR, ago. 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - A |
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| 112. | | KAJIWARA, T. H.; OLIVEIRA, R. R.; VIDA, J. B.; PEREIRA, R. M.; BINNECK, E.; MARIN, S. R. R.; VIEIRA, N. D.; SEIXAS, C. D. S.; ALMEIDA, A. M. R. Estudo da diversidade genética de isolados de Corynespora cassiicola (Berk. e M.A. Curtis) C. T. Wei. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 5., 2010, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 146-149. (Embrapa Soja. Documentos, 323). Editado por Odilon Ferreira Saraiva, Paula Geron Saiz Melo.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 113. | | STOLF, R.; MEDRI, M. E.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; MARIN, S. R. R.; SILVEIRA, C. A.; BROGIN, R. L.; BINNECK, E.; YAMANAKA, N.; TOBITA, S.; OLIVEIRA, M. C. N. de; NEPOMUCENO, A. L. Estudos morfo-fisiológicos e moleculares comparativos em duas cultivares de soja, Glycine max (L.) Merrill, durante períodos de déficit hídrico. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 27., 2005. Cornélio Procópio. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2005. p. 112-113. (Embrapa Soja. Documentos, 257). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Janete Lasso Ortiz, Simone Ery Grosskopf.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 114. | | SILVA, J. F. V.; NEPOMUCENO, A. L.; ARIAS, C. A.; BINNECK, E.; WENDLAND, A.; FUGANTI, R.; PEDROSO, J.; MARIN, S. R.; SILVEIRA, C. A.; MORALES, A.; ALVES, L. C.; LEMOS, E. G. M. Expressão gênica diferencial em raízes de soja [Glycine max (L.) Merrill] submetidas a infecção com o nematóide Meloidogyne javanica. IN: SARAIVA, O. F. (Org.). Resultados de pesquisa da Embrapa Soja - 2003: ecofisiologia, biologia molecular e nematóides. Londrina: Embrapa Soja, 2004. p. 23-27. (Embrapa Soja. Documentos, 246).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 115. | | PEREIRA, S. S.; SENA, J. A. D.; RODRIGUES, F. A.; CARVALHO, M. C. C. G.; PEREIRA, R. M.; MARIN, S. R. R.; BINNECK, E.; ABDELNOOR, R. V.; NEPOMUCENO, A. L.; MARCELINO, F. C. Expression profile of soybean MYB family genes under drought conditions. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA, 3., 2010, Fortaleza. Programa e resumos. Brasília, DF: SBBiotec, 2010. p. 221.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 116. | | CABRAL, G. A. de L.; BINNECK, E.; SOUZA, M. C. P. de; SILVA, M. D. da; FERREIRA NETO, J. R. C.; POMPELLI, M. F.; ENDRES, L.; KIDO, E. A. First expressed tfome of physic nut ( Jatropha curcas L.) after salt stimulus. Plant Molecular Biology Reporter, v. 38, p. 189-208, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 117. | | NEPOMUCENO, A. L.; VELOSO, J. F.; CARNEIRO, N.; BINNECK, E.; PEDROSO, J.; MARIN, S. R.; BRETON, M.; MARTINS, P. K.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; ARIAS, C. A.; BEVITORI, R.; STRALIOTTO, R.; BOITEAUX, L.; FONSECA, M. E. N. Genoma funcional de raízes de soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 2.; MERCOSOJA 2002, 2002, Foz do Iguaçu. Perspectivas do agronegócio da soja: resumos. Londrina: Embrapa Soja, 2002. p. 15. (Embrapa Soja. Documentos, 181). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Clara Beatriz Hoffmann-Campo.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 118. | | NEPOMUCENO, A. L.; VELOSO, J. F.; CARNEIRO, N.; BINNECK, E.; PEDROSO, J.; MARIN, S. R.; BRETON, M.; MARTINS, P. K.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; ARIAS, C. A.; BEVITORI, R.; STRALIOTTO, R.; BOITEAUX, L.; FONSECA, M. E. N. Genoma funcional de raízes de soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 2.; MERCOSOJA 2002, 2002, Foz do Iguaçu. Perspectivas do agronegócio da soja: resumos. Londrina: Embrapa Soja, 2002. p. 15. (Embrapa Soja. Documentos, 181). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Clara Beatriz Hoffmann-Campo.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 119. | | LINO, E. J.; STOLF-MOREIRA, R.; PEREIRA, R. M.; ROMERO, C. C. T.; SILLA, P. R.; NASCIMENTO, L. S. do; NASCIMENTO, L. C. do; CARAZZOLLE, M. F.; BINNECK, E.; MARCELINO, F. C.; ABDELNOOR, R. V. Genome-wide expression profiling of a incompatible interaction between Glycine max and Phakopsora pachyrizi revealed by next-generation sequencing. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA, 3., 2010, Fortaleza. Programa e resumos. Brasília, DF: SBBiotec, 2010. p. 246-247.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 120. | | NEPOMUCENO, A. L.; BINNECK, E.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; SILVA, J. F. V.; ARIAS, C. A. A.; OYA, T.; MARIN, S. R. R.; GIACOMINI, N.; STOLF, R.; MOLINA, J.; FUGANTI, R.; WENDLAND, A.; MORALES, A.; SILVEIRA, C. A. Identificação, clonagem e sequenciamento de genes diferencialmente expressos em respostas às variações climáticas em soja (04.2000.33103). In: HOFFMANN-CAMPO, C. B.; SARAIVA, O. F. (Org.). Resultados de pesquisa da Embrapa Soja - 2002: ecofisiologia e biologia molecular. Londrina: Embrapa Soja, 2003. p. 75-79. (Embrapa Soja. Documentos, 217).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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