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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão. |
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Data corrente: |
01/09/2014 |
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Data da última atualização: |
09/12/2014 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
MÜLLER, B. S. de F.; SAKAMOTO, T.; MENEZES, I. P. P. de; PRADO, G. S.; MARTINS, W. S.; BRONDANI, C.; BARROS, E. G. de; VIANELLO, R. P. |
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Afiliação: |
BÁRBARA SALOMÃO DE FARIA MÜLLER, UFV; TETSU SAKAMOTO, UFMG; IVANDILSON PESSOA PINTO DE MENEZES, INSTITUTO FEDERAL GOIANO, Urutaí-GO; GUILHERME SOUZA PRADO, bolsista CNPAF; WELLINGTON SANTOS MARTINS, UFG; CLAUDIO BRONDANI, CNPAF; EVERALDO GONÇALVES DE BARROS, UNIVERSIDADE CATÓLICA DE BRASÍLIA; ROSANA PEREIRA VIANELLO, CNPAF. |
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Título: |
Analysis of BAC-end sequences in common bean (Phaseolus vulgaris L.) towards the development and characterization of long motifs SSRs. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant Molecular Biology, Dordrecht, v. 86, n. 4/5, p. 455-470, Nov. 2014. |
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DOI: |
10.1007/s11103-014-0240-7 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The increasing volume of genomic data on the Phaseolus vulgaris species have contributed to its importance as a model genetic species and positively affected the investigation of other legumes of scientific and economic value. To expand and gain a more in-depth knowledge of the common bean genome, the ends of a number of bacterial artificial chromosome (BAC) were sequenced, annotated and the presence of repetitive sequences was determined. In total, 52,270 BESs (BAC-end sequences), equivalent to 32 Mbp (~6 %) of the genome, were processed. In total, 3,789 BES-SSRs were identified, with a distribution of one SSR (simple sequence repeat) per 8.36 kbp and 2,000 were suitable for the development of SSRs, of which 194 were evaluated in low-resolution screening. From 40 BES-SSRs based on long motifs SSRs (≥trinucleotides) analyzed in high-resolution genotyping, 34 showed an equally good amplification for the Andean and for the Mesoamerican genepools, exhibiting an average gene diversity (H E) of 0.490 and 5.59 alleles/locus, of which six classified as Class I showed a H E ≥ 0.7. The PCoA and structure analysis allowed to discriminate the gene pools (K = 2, FST = 0.733). From the 52,270 BESs, 2 % corresponded to transcription factors and 3 % to transposable elements. Putative functions for 24,321 BESs were identified and for 19,363 were assigned functional categories (gene ontology). This study identified highly polymorphic BES-SSRs containing tri- to hexanucleotides motifs and bringing together relevant genetic characteristics useful for breeding programs. Additionally, the BESs were incorporated into the international genome-sequencing project for the common bean. MenosThe increasing volume of genomic data on the Phaseolus vulgaris species have contributed to its importance as a model genetic species and positively affected the investigation of other legumes of scientific and economic value. To expand and gain a more in-depth knowledge of the common bean genome, the ends of a number of bacterial artificial chromosome (BAC) were sequenced, annotated and the presence of repetitive sequences was determined. In total, 52,270 BESs (BAC-end sequences), equivalent to 32 Mbp (~6 %) of the genome, were processed. In total, 3,789 BES-SSRs were identified, with a distribution of one SSR (simple sequence repeat) per 8.36 kbp and 2,000 were suitable for the development of SSRs, of which 194 were evaluated in low-resolution screening. From 40 BES-SSRs based on long motifs SSRs (≥trinucleotides) analyzed in high-resolution genotyping, 34 showed an equally good amplification for the Andean and for the Mesoamerican genepools, exhibiting an average gene diversity (H E) of 0.490 and 5.59 alleles/locus, of which six classified as Class I showed a H E ≥ 0.7. The PCoA and structure analysis allowed to discriminate the gene pools (K = 2, FST = 0.733). From the 52,270 BESs, 2 % corresponded to transcription factors and 3 % to transposable elements. Putative functions for 24,321 BESs were identified and for 19,363 were assigned functional categories (gene ontology). This study identified highly polymorphic BES-SSRs containing tri- to hexanucleotides mo... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Feijão; Genética molecular; Phaseolus vulgaris. |
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Thesaurus Nal: |
Beans; Fabaceae; Genomics; Microsatellite repeats; Molecular genetics; Transcription factors; Transposons. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
LEADER 02734naa a2200337 a 4500
001 1993888
005 2014-12-09
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260 $c2014
520 $aThe increasing volume of genomic data on the Phaseolus vulgaris species have contributed to its importance as a model genetic species and positively affected the investigation of other legumes of scientific and economic value. To expand and gain a more in-depth knowledge of the common bean genome, the ends of a number of bacterial artificial chromosome (BAC) were sequenced, annotated and the presence of repetitive sequences was determined. In total, 52,270 BESs (BAC-end sequences), equivalent to 32 Mbp (~6 %) of the genome, were processed. In total, 3,789 BES-SSRs were identified, with a distribution of one SSR (simple sequence repeat) per 8.36 kbp and 2,000 were suitable for the development of SSRs, of which 194 were evaluated in low-resolution screening. From 40 BES-SSRs based on long motifs SSRs (≥trinucleotides) analyzed in high-resolution genotyping, 34 showed an equally good amplification for the Andean and for the Mesoamerican genepools, exhibiting an average gene diversity (H E) of 0.490 and 5.59 alleles/locus, of which six classified as Class I showed a H E ≥ 0.7. The PCoA and structure analysis allowed to discriminate the gene pools (K = 2, FST = 0.733). From the 52,270 BESs, 2 % corresponded to transcription factors and 3 % to transposable elements. Putative functions for 24,321 BESs were identified and for 19,363 were assigned functional categories (gene ontology). This study identified highly polymorphic BES-SSRs containing tri- to hexanucleotides motifs and bringing together relevant genetic characteristics useful for breeding programs. Additionally, the BESs were incorporated into the international genome-sequencing project for the common bean.
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773 $tPlant Molecular Biology, Dordrecht$gv. 86, n. 4/5, p. 455-470, Nov. 2014.
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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| Registros recuperados : 87 | |
| 41. |  | RODRIGUES, J. I. da S.; ARRUDA, K. M. A.; CRUZ, C. D.; PIOVESAN, N. D.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A. Biometric analysis of protein and oil contents of soybean genotypes in different environments. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 49, n. 6, p. 475-482, jun. 2014. Título em português: Análise biométrica do conteúdo de proteína e óleo de genótipos de soja em diferentes ambientes.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 42. | | FALEIRO, F. G.; SCHUSTER, I.; RAGAGNIN, V. A.; CRUZ, C. D.; CORRÊA, R. X.; MOREIRA, M. A.; BARROS, E. G. de. Caracterização de linhagens endogâmicas recombinantes e mapeamento de locos de características quantitativas associados a ciclo e produtividade do feijoeiro-comum. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 38, n. 12, p. 1387-1397, dez. 2003 Título em inglês: Characterization of recombinant inbred lines and QTL mapping associated to the cycle and yield of common bean.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 43. | | RODRIGUES, J. I. da S.; ARRUDA, K. M. A.; CRUZ, C. D.; PIOVESAN, N. D.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A. Divergência em QTLs e variância genética para teores de proteína e óleo em soja. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 50, n. 11, p. 1042-1053, nov. 2015. Título em inglês: Divergence on QTLs and genetic variance for protein and oil contents in soybean.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 44. | | VASCONCELOS, M. J. V. de; MACHADO, M. A.; ALMEIDA, A. M. R.; HENNING, A. A.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A. Differentiation of colletrotrichum truncatum isolates by random amplified polymorphic DNA. Fitopatologia Brasileira, Brasília, v. 19, n. 4, p. 520-523, 1994.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 45. | | ROCHA, R. B.; BARROS, W. S.; MURO-ABAD, J. I.; TOMAZ, R. S.; CRUZ, C. D.; BARROS, E. G. de; ARAÚJO, E. F. de. Método para mapeamento de locos controladores de características oligogênicas. Ciência Rural, v. 40, n. 2, 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Rondônia. |
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| 46. | | ABDELNOOR, R. V.; VASCONCELOS, M. J. V.; ALMEIDA, A. M. R.; SILVA, J. F. V.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A. Uso da técnica de RAPD para avaliar a diversidade genética entre isolados do nematóide do cisto da soja. Revista Brasileira de Genética, Ribeirão Preto, v. 18. n. 3, p. 161, set. 1995. Suplemento. Edição dos resumos do 41º Congresso Nacional de Genética, Caxambu, MG, 1995.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Soja. |
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| 47. | | SILVA, A. P. M.; PINTO, M. de O.; CRUZ, M. F. A.; SOARES, C. Q. G.; PINHEIRO, J. B.; MOREIRA, M. A.; BARROS, E. G. de. Expressão de genes de referência para uso em reações de qPCR em genótipos de soja contrastantes para o conteúdo de ácido oléico cultivados sob diferentes temperaturas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 319-322.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 48. | | SCHUSTER, I.; ABDELNOOR, R. V.; CARVALHO, V. P.; MARIM, S. R. R.; SILVA, J. F. V.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, E. M. A. Mapeamento de um QTL maior para a resistencia ao nematoide de cisto da soja, em uma populacao F3 de soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 1999. Londrina. Anais... Londrina: Embrapa Soja, 1999. p.315. (Embrapa Soja. Documentos, 124).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 49. | | SILVA, M. F. da; SCHUSTER, I.; CERVIGNI, G. D. L.; SILVA, J. F. V.; DIAS, W. F.; FERREIRA, A.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A. Inheritance of resistance to soybean cyst nematode races 3 and 14 in soybean RIL and F2 populations. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 42, n. 12, p. 1735-1740, dez. 2007 Título em portugês: Herança da resistência ao nematóide de cisto da soja, raças 3 e 14, em populações de linhagem endogâmica recombinante e F2 de soja.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 50. | | SILVA, M. F. da; SCHUSTER, I.; CERVIGNI, G. D. L.; SILVA, J. F. V. da; DIAS, W. P.; FERREIRA, A.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A. Inheritance of resistance to soybean cyst nematode races 3 and 14 in soybean RIL and F2 populations. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 42, n. 12, p. 1735-1740, Dec. 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Soja. |
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| 51. | | MELO, C. L. P. de; CARNEIRO, J. E. de S.; CARNEIRO, P. C. S.; CRUZ, C. D.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A. Linhagens de feijão do cruzamento 'Ouro Negro' x 'Pérola' com características agronômicas favoráveis. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 41, n. 11, p. 1593-1598, nov. 2006.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 52. | | ALZATE-MARIN, A. L.; NIETSCHE, S.; COSTA, M. R.; ALMEIDA, K. S. de; SARTORATO, A.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A. Molecular analyses of Colletotrichum lindemuthianum and Phaeoisariopsis griseola for pathotypes characterization. Annual Report of the Bean Improvement Cooperative, v. 44, p. 125-126, Mar. 2001.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 53. | | SANTANA, F. A.; SILVA, M. F. da; GUIMARÃES, J. K. F.; FERREIRA, M. F. da S.; PEREIRA, W. D.; PIOVESAN, N. D.; BARROS, E. G. de. Marker-assisted selection strategies for developing resistant soybean plants to cyst nematode. Crop Breeding and Applied Biotechnology, Londrina, v. 14, n. 3, p. 180-186, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 54. | | SCHUSTER, I.; ABDELNOOR, R. V.; CARVALHO, V. P.; MARIM, S. S. R.; SILVA, J. F. V.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, E. M. A. Identificacao de marcadores moleculares ligados a um QTL de efeito maior para a resistencia ao nematoide de cisto da soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 1999. Londrina. Anais... Londrina: Embrapa Soja, 1999. p.315. (Embrapa Soja. Documentos, 124).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 55. | | SCHUSTER, I.; ABDELNOOR, R. V.; CARVALHO, V. P.; MARIM, S. S. R.; SILVA, J. F. V.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A. Identificacao de marcador microssatelite ligado a resistencia ao nematoide de cisto da soja. Genetics and Molecular Biology, Ribeirao Preto, v.21, n.3, p.233, Sept. 1998. Supplement.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 56. | | SOUZA, T. L. P. O.; BARROS, E. G. de; BELLATO, C. M.; HWANG, E.-Y.; CREGAN, P. B.; PASTOR-CORRALES, M. A. Single nucleotide polymorphism discovery in common bean. Molecular Breeding, Dordrecht, v. 30, p. 419-428, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 57. | | FERREIRA, M. F. da; CERVIGNI, G. D. L; FERREIRA, A.; SCHUSTER, I.; SANTANA, F. A.; PEREIRA, W. D.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A. QTLs for resistance to soybean cyst nematode, races 3, 9, and 14 in cultivar Hartwig. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 46, n. 4, p. 420-428, abril 2011 Título em português: QTLs de resistência ao nematoide do cisto da soja, raças 3, 9 e 14 na cultivar Hartwig.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 59. | | MELO, C. L. P. de; RAGAGNIN, V. A.; ARRUDA, K. M. A.; BARROS, E. G. de; CARNEIRO, P. C. S.; PAULA JÚNIOR, T. J. de; MOREIRA, M. A.; CARNEIRO, J. E. de S. Caracterização fenótípica e molecular de genitores de feijão em tipo carioca quanto à resistência a patógenos. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 43, n. 4, p. 495-504, abr. 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 60. | | RIBEIRO, C. A. G.; SOUSA, S. M. de; SOUZA, V. F. de; NEGRI, B. F.; GAULT, C. M.; PASTINA, M. M.; MAGALHAES, J. V. de; GUIMARAES, L. J. M.; BARROS, E. G. de; BUCKLER. E. S.; GUIMARÃES, C. T. Genome-wide association study for root morphology and phosphorus acquisition efficiency in diverse maize panels. International Journal of Molecular Sciences, v. 24, n. 7, 6233, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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