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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão. |
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Data corrente: |
12/12/2011 |
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Data da última atualização: |
24/01/2013 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SOUZA, T. L. P. O.; BARROS, E. G. de; BELLATO, C. M.; HWANG, E.-Y.; CREGAN, P. B.; PASTOR-CORRALES, M. A. |
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Afiliação: |
THIAGO LIVIO PESSOA OLIV DE SOUZA, CNPAF; EVERALDO G. DE BARROS, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; CLAUDIA M. BELLATO, USDA; EUN-YOUNG HWANG, USDA; PERRY B. CREGAN, USDA; MARCIAL A. PASTOR-CORRALES, USDA. |
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Título: |
Single nucleotide polymorphism discovery in common bean. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
Molecular Breeding, Dordrecht, v. 30, p. 419-428, 2012. |
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DOI: |
DOI 10.1007/s11032-011-9632-4 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Single nucleotide polymorphisms (SNPs) were discovered in common bean (Phaseolus vulgaris L.) via resequencing of sequence-tagged sites (STSs) developed by PCR primers previously designed to soybean shotgun and bacterial artificial chromosome (BAC) end sequences, and by primers designed to common bean genes and microsatellite flanking regions. DNA fragments harboring SNPs were identified in single amplicons from six contrasting P. vulgaris genotypes of the Andean (Jalo EEP 558, G 19833, and AND 277) and Mesoamerican (BAT 93, DOR 364, and Ruda´) gene pools. These genotypes are the parents of three common bean recombinant inbred line mapping populations. From an initial set of 1,880 PCR primer pairs tested, 265 robust STSs were obtained, which could be sequenced in each one of the six common bean genotypes. In the resulting 131,120 bp of aligned sequence, a total of 677 SNPs were identified, including 555 single-base changes (295 transitions and 260 transversions) and 122 small nucleotide insertions/deletions (indels). The frequency of SNPs was 5.16 SNPs/kb and the mean nucleotide diversity, expressed as Halushka?s theta, was 0.00226. This work represents one of the first efforts aimed at detecting SNPs in P. vulgaris. The SNPs identified should be an important resource for common bean geneticists and breeders for quantitative trait locus discovery,marker-assisted selection, and map-based cloning. These SNPS will be also useful for diversity analysis and microsynteny studies among legume species. MenosSingle nucleotide polymorphisms (SNPs) were discovered in common bean (Phaseolus vulgaris L.) via resequencing of sequence-tagged sites (STSs) developed by PCR primers previously designed to soybean shotgun and bacterial artificial chromosome (BAC) end sequences, and by primers designed to common bean genes and microsatellite flanking regions. DNA fragments harboring SNPs were identified in single amplicons from six contrasting P. vulgaris genotypes of the Andean (Jalo EEP 558, G 19833, and AND 277) and Mesoamerican (BAT 93, DOR 364, and Ruda´) gene pools. These genotypes are the parents of three common bean recombinant inbred line mapping populations. From an initial set of 1,880 PCR primer pairs tested, 265 robust STSs were obtained, which could be sequenced in each one of the six common bean genotypes. In the resulting 131,120 bp of aligned sequence, a total of 677 SNPs were identified, including 555 single-base changes (295 transitions and 260 transversions) and 122 small nucleotide insertions/deletions (indels). The frequency of SNPs was 5.16 SNPs/kb and the mean nucleotide diversity, expressed as Halushka?s theta, was 0.00226. This work represents one of the first efforts aimed at detecting SNPs in P. vulgaris. The SNPs identified should be an important resource for common bean geneticists and breeders for quantitative trait locus discovery,marker-assisted selection, and map-based cloning. These SNPS will be also useful for diversity analysis and microsynteny studies a... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
DNA; Feijão; Phaseolus vulgaris; Polimorfismo genético. |
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Thesaurus Nal: |
Genome; Polymerase chain reaction; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
F Plantas e Produtos de Origem Vegetal |
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Marc: |
LEADER 02303naa a2200277 a 4500
001 1909254
005 2013-01-24
008 2012 bl uuuu u00u1 u #d
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100 1 $aSOUZA, T. L. P. O.
245 $aSingle nucleotide polymorphism discovery in common bean.
260 $c2012
520 $aSingle nucleotide polymorphisms (SNPs) were discovered in common bean (Phaseolus vulgaris L.) via resequencing of sequence-tagged sites (STSs) developed by PCR primers previously designed to soybean shotgun and bacterial artificial chromosome (BAC) end sequences, and by primers designed to common bean genes and microsatellite flanking regions. DNA fragments harboring SNPs were identified in single amplicons from six contrasting P. vulgaris genotypes of the Andean (Jalo EEP 558, G 19833, and AND 277) and Mesoamerican (BAT 93, DOR 364, and Ruda´) gene pools. These genotypes are the parents of three common bean recombinant inbred line mapping populations. From an initial set of 1,880 PCR primer pairs tested, 265 robust STSs were obtained, which could be sequenced in each one of the six common bean genotypes. In the resulting 131,120 bp of aligned sequence, a total of 677 SNPs were identified, including 555 single-base changes (295 transitions and 260 transversions) and 122 small nucleotide insertions/deletions (indels). The frequency of SNPs was 5.16 SNPs/kb and the mean nucleotide diversity, expressed as Halushka?s theta, was 0.00226. This work represents one of the first efforts aimed at detecting SNPs in P. vulgaris. The SNPs identified should be an important resource for common bean geneticists and breeders for quantitative trait locus discovery,marker-assisted selection, and map-based cloning. These SNPS will be also useful for diversity analysis and microsynteny studies among legume species.
650 $aGenome
650 $aPolymerase chain reaction
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650 $aFeijão
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700 1 $aHWANG, E.-Y.
700 1 $aCREGAN, P. B.
700 1 $aPASTOR-CORRALES, M. A.
773 $tMolecular Breeding, Dordrecht$gv. 30, p. 419-428, 2012.
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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| Registros recuperados : 87 | |
| 61. |  | RODRIGUES, J. I. da S.; MIRANDA, F. D. de; FERREIRA, A.; BORGES, L. L.; FERREIRA, M. F. da S.; GOOD-GOD, P. I. V.; PIOVESAN, N. D.; BARROS, E. G. de; CRUZ, C. D.; MOREIRA, M. A. Mapeamento de QTL para conteúdos de proteína e óleo em soja. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 45, n. 5, p. 472-480, maio. 2010 Título em inglês: Mapping QTL for protein and oil content in soybean.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 62. | | ALZATE-MARIN, A. L.; ARRUDA, M. C. de; CORREA, R. X.; NIETSCHE, S.; CARVALHO, G. A. de; FALEIRO, F. G.; SARTORATO, A.; FERREIRA, C.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A. Marcadores moleculares ligados a genes de resistência identificados no programa de melhoramento do feijoeiro do BIOAGRO/UFV. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 1., 2001, Goiânia. Anais... Goiânia: Embrapa Arroz e Feijão, 2001.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 63. | | ARAÚJO, I. S.; SOUZA FILHO, G. A. de; PEREIRA, M. G.; FALEIRO, F. G.; QUEIROZ, V. T. de; GUIMARAES, C. T.; MOREIRA, M. A.; BARROS, E. G. de; MACHADO, R. C. R.; PIRES, J. L.; SCHENELL, R.; LOPES, U. V. Mapping of quantitative trait loci for butter content and hardness in cocoa beans (Theobroma cacao L.) Plant Molecular Biology Reporter, v. 27, n. 2, jun. 2009. p. 177-183| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 64. | | SILVA, L. C. da; MOURA, L. M.; BARILI, L. D.; VALE, N. M. do; SOUZA, T. L. P. O.; CARNEIRO, P. C. S.; BARROS, E. G. de; CARNEIRO, J. E. de S. Phenotypic characterization of the rudá x and 277 common bean ril population. Annual Report of the Bean Improvement Cooperative, Prosser, v. 57, p. 289-290, Mar. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 65. | | MELO, C. L.; CARNEIRO, J. E. de S.; PEREIRA, A. C.; CINTRA, J. E. V.; SILVA, L. C. da; CARNEIRO, P. C. S.; CRUZ, C. D.; BARROS, E. G. de. Predição do potencial genético de populações segregantes de feijão do tipo carioca. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 4., 2007, São Lourenço. Melhoramento de plantas e agronegócio: anais. São Lourenço: Sociedade Brasileira de Melhoramento de Plantas, 2007. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
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| 66. | | SOUZA, T. L. P. O. de; SILVA, L. C. da; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A.; CARNEIRO, J. E. de S.; MOTA, A. P. S.; VIANELLO, R. P. Reação a patógenos e diversidade genética dos genitores da população de RILs rudá x AND 277, uma opção como população de mapeamento consenso para o feijoeiro comum. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 123-126.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 67. | | SOARES, T. C. B.; GOOD-GOD, P.I.V.; MIRANDA, F. D. de; SOARES, Y. J. B.; SCHUSTER, I.; PIOVESAN, N. D.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A. QTL mapping for protein content in soybean cultivated in two tropical environments. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 43, n. 11, p. 1533-1541, nov. 2008. Título em português: Mapeamento de QTL quanto ao conteúdo de proteína em soja cultivada em dois ambientes tropicais.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 68. | | ALMEIDA, H. O.; PEREIRA, T. H. A.; BARBOSA, M. O.; GAMES, P. D.; MARTINS, M. L. B.; TESSAROLLO, N. G.; MARCELINO, F. C.; ABDELNOOR, R. V.; BARROS, E. G. de; BARACAT-PEREIRA, M. C. Proteomics and peptidomics of soybean leaves from plants subjected to injury by two-dimensional electrophoresis gel. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA, 3., 2010, Fortaleza. Programa e resumos. Brasília, DF: SBBiotec, 2010. p. 270-271.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 69. | | MELO, C. L.; CARNEIRO, J. E. de S.; PEREIRA, A. C.; CARNEIRO, P. C. S.; CINTRA, J. E. V.; SILVA, L. C. da; ROCHA, G. S. da; BARROS, E. G. de. Seleçao assistida por meio de marcadores específicos de alelos de resistência a patógenos em populaçoes segregantes de feijoeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 4., 2007, São Lourenço. Melhoramento de plantas e agronegócio: anais. São Lourenço: Sociedade Brasileira de Melhoramento de Plantas, 2007. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
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| 70. | | SANGLARD, D. A.; MAFRA, V. S.; RIBEIRO, C. A. G.; SILVA, L. C. da; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A.; CARNEIRO, J. E. de S.; MOTA, A. P. S.; VIANELLO, R. P.; SOUZA, T. L. P. O. Rudá x AND 277 RILS: a potential new core mapping population for common bean. Annual Report of the Bean Improvement Cooperative, Prosser, v. 56, p. 23-24, Mar. 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 71. | | FARIA, B. M. S. de; MENEZES, I. P. P. de; PAPPAS JÚNIOR, G. J.; VALDISSER, P. A. M. R.; COELHO, G. R. C.; BORBA, T. C. de O.; ABREU, A. G. de; BRONDANI, C.; BARROS, E. G. de; VIANELLO, R. P. Análise da diversidade genética e estruturação populacional entre marcadores SSRs e SNPs em germoplasma de feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 57-60.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 72. | | ABREU, A. de F. B.; RAMALHO, M. A. P.; CARNEIRO, J. E. de S.; DEL PELOSO, M. J.; PAULA JÚNIOR, T. J. de; FARIA, L. C. de; MELO, L. C.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A.; PEREIRA FILHO, I. A.; MARTINS, M.; SANTOS, J. B. dos; RAVA, C. A.; COSTA, J. G. C. da; SARTORATO, A. BRSMG Majestoso: another carioca grain type bean cultivar for the State of Minas Gerais. Annual Report of the Bean Improvement Cooperative, v. 50, p. 207-208, Mar. 2007.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 73. | | ABREU, Â. de F. A.; RAMALHO, M. A. P.; CARNEIRO, J. E. de S.; DEL PELOSO, M. J.; PAULA JÚNIOR, T. J. de; FARIA, L. C. de; MELO, L. C.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A.; PEREIRA FILHO, I. A.; MARTINS, M.; SANTOS, J. B. dos; RAVA, C. A.; COSTA, J. G. C. da; SARTORATO, A. BRSMG Majestoso: another carioca grain type bean cultivar for the State of Minas Gerais. Annual Report of the Bean Improvement Cooperative, East Lansing, v. 50, p. 207-208, Mar. 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - B |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 74. | | ABREU, A. de F. B.; RAMALHO, M. A. P.; CARNEIRO, J. E. de S.; DEL PELOSO, M. J.; PAULA JÚNIOR, T. J. de; FARIA, L. C. de; MELO, L. C.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A.; PEREIRA FILHO, I. A.; MARTINS, M.; SANTOS, J. B. dos; RAVA, C. A.; COSTA, J. G. C. da; SARTORATO, A. BRSMG Majestoso: another common bean cultivar of carioca grain type for the state of Minas Gerais. Crop Breeding and Applied Biotechnology, v. 7, n. 4, p. 403-405, Dec. 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 75. | | ABREU, A. de F. B.; RAMALHO, M. A. P.; CARNEIRO, J. E. de S.; DEL PELOSO, M. J.; PAULA JÚNIOR, T. J. de; FARIA, L. C. de; MELO, L. C.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A.; PEREIRA FILHO, I. A.; MARTINS, M.; SANTOS, J. B. dos; RAVA, C. A.; COSTA, J. G. C. da; SARTORATO, A. BRSMG Majestoso: mais uma opção de cultivar de feijoeiro de grãos carioca para o Estado de Minas Gerais. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 4., 2007, São Lourenço. Anais... São Lourenço: Sociedade Brasileira de Melhoramento de Plantas, 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 76. | | ABREU, A. de F. B.; RAMALHO, M. A. P.; SANTOS, J. B. dos; CARNEIRO, J. E. de S.; DEL PELOSO, M. J.; PAULA JÚNIOR, T. J. de; FARIA, L. C. de; MELO, L. C.; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A.; PEREIRA FILHO, I. A.; MARTINS, M.; RAVA, C. A.; COSTA, J. G. C. da. BRSMG Majestoso: mais uma opção de cultivar de grão carioca para o Estado de Minas Gerais. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2006. 2 p. (Embrapa Arroz e Feijão. Comunicado técnico, 134).| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 77. | | MOREIRA, M. A.; BARROS, E. G. de; CARNEIRO, J. E. de S.; PAULA JÚNIOR, T. J. de; FARIA, L. C. de; CARNEIRO, G. E. de S.; DEL PELOSO, M. J.; MELO, L. C.; NASCENTE, A. S.; ABREU, A. de F. B.; RAMALHO, M. A. P.; RAVA, C. A.; COSTA, J. G. C. da. BRSMG Pioneiro: cultivar de feijoeiro comum de grãos tipo carioca com alelos de resistência à antracnose e ferrugem, indicada para o Sul do Brasil. In: REUNIÃO SUL-BRASILEIRA DE FEIJÃO, 8., 2006, Londrina. Anais... Londrina: IAPAR, 2006. p. 33-35.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 78. | | MOREIRA, M. A.; BARROS, E. G. de; CARNEIRO, J. E. de S.; FALEIRO, F. G.; FARIA, L. C. de; CARNEIRO, G. E. de S.; DEL PELOSO, M. J.; PAULA JÚNIOR, T. J. de; ABREU, A. de F. B.; RAMALHO, M. A. P.; MELO, L. C.; SANTOS, J. B. dos; RAVA, C. A.; COSTA, J. G. C. da; SARTORATO, A.; FARIA, J. C. de. BRSMG Pioneiro: new carioca common bean cultivar resistant to anthracnose and rust, for the Southern of Brazil. Annual Report of the Bean Improvement Cooperative, v. 49, p. 279-280, Mar. 2006.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 79. | | MOREIRA, M. A.; BARROS, E. G. de; CARNEIRO, J. E. de S.; FALEIRO, F. G.; FARIA, L. C. de; CARNEIRO, G. E. de S.; DEL PELOSO, M. J.; PAULA JÚNIOR, T. J. de; ABREU, A. de F. B.; RAMALHO, M. A. P.; MELO, L. C.; SANTOS, J. B. dos; RAVA, C. A.; COSTA, J. G. C. da; SARTORATO, A.; FARIA, J. C. de. BRSMG Pioneiro: nova cultivar de feijoeiro comum de grãos tipo carioca com alelos de resistência à antracnose e ferrugem, indicada para o Sul do Brasil. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2005. 3 p. (Embrapa Arroz e Feijão. Comunicado técnico, 113).| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Cerrados. |
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| 80. | | RAMALHO, M. A. P.; ABREU, A. de F. B.; SANTOS, J. B. dos; DEL PELOSO, M. J.; CARNEIRO, J. E. de S.; PAULA JÚNIOR, T. J. de; PEREIRA FILHO, I. A.; MARTINS, M.; FARIA, L. C. de; MELO, L. C.; PEREIRA, H. S.; COSTA, J. G. C. da; FARIA, J. C. de; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A. BRSMG União: a common bean cultivar with grain type "jalo" for the State of Minas Gerais, Brazil. Annual Report of the Bean Improvement Cooperative, Prosser, v. 54, p. 208-209, Mar. 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
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