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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
25/01/2022 |
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Data da última atualização: |
11/04/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
CINTRA, L. A.; SOUZA, T. B. de; PARTEKA, L. M.; BARRETO, L. M.; PEREIRA, L. F. P.; GAETA, M. L.; GUYOT, R.; VANZELA, A. L. L. |
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Afiliação: |
LEONARDO ADABO CINTRA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA; THAÍSSA BOLDIERI DE SOUZA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA; LETÍCIA MARIA PARTEKA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA; LUCAS MESQUITA BARRETO, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, CNPCa; MARCOS LETAIF GAETA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA; ROMAIN GUYOT, CIRAD; ANDRÉ LUÍS LAFORGA VANZELA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA. |
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Título: |
An 82 bp tandem repeat family typical of 3' non-coding end of Gypsy/TAT LTR retrotransposons is conserved in Coffea spp. pericentromeres. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Genome, v.65, n. 3, p. 137-181, 2021. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1139/gen-2021-0045 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Date of Electronic Publication: 2021 Nov 02. |
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Conteúdo: |
Coffea spp. chromosomes are very small and accumulate a variety of repetitive DNA families around the centromeres. However, the proximal regions of Coffea chromosomes remain poorly understood, especially regarding the nature and organisation of the sequences. Taking advantage of the genome sequences of C. arabica (2n = 44), C. canephora, and C. eugenioides (C. arabica progenitors with 2n = 22) and good coverage genome sequencing of dozens of other wild Coffea spp., repetitive DNA sequences were identified, and the genomes were compared to decipher particularities of pericentromeric structures. The searches revealed a short tandem repeat (82 bp length) typical of Gypsy/TAT LTR retrotransposons, named Coffea_sat11. This repeat organises clusters with fragments of other transposable elements, comprising regions of non-coding RNA production. Cytogenomic analyses showed that Coffea_sat11 extends from the pericentromeres towards the middle of the chromosomal arms. This arrangement was observed in the allotetraploid C. arabica chromosomes, as well as in its progenitors. This study improves our understanding of the role of the Gypsy/TAT LTR retrotransposon lineage in the organisation of Coffea pericentromeres, as well as the conservation of Coffea_sat11 within the genus. The relationships between fragments of other transposable elements and the functional aspects of these sequences on the pericentromere chromatin were also evaluated. Highlights: A scattered short tandem repeat, typical of Gypsy/TAT LTR retrotransposons, associated with several fragments of other transposable elements, accumulates in the pericentromeres of Coffea chromosomes. This arrangement is preserved in all clades of the genus and appears to have a strong regulatory role in the organisation of chromatin around centromeres. MenosCoffea spp. chromosomes are very small and accumulate a variety of repetitive DNA families around the centromeres. However, the proximal regions of Coffea chromosomes remain poorly understood, especially regarding the nature and organisation of the sequences. Taking advantage of the genome sequences of C. arabica (2n = 44), C. canephora, and C. eugenioides (C. arabica progenitors with 2n = 22) and good coverage genome sequencing of dozens of other wild Coffea spp., repetitive DNA sequences were identified, and the genomes were compared to decipher particularities of pericentromeric structures. The searches revealed a short tandem repeat (82 bp length) typical of Gypsy/TAT LTR retrotransposons, named Coffea_sat11. This repeat organises clusters with fragments of other transposable elements, comprising regions of non-coding RNA production. Cytogenomic analyses showed that Coffea_sat11 extends from the pericentromeres towards the middle of the chromosomal arms. This arrangement was observed in the allotetraploid C. arabica chromosomes, as well as in its progenitors. This study improves our understanding of the role of the Gypsy/TAT LTR retrotransposon lineage in the organisation of Coffea pericentromeres, as well as the conservation of Coffea_sat11 within the genus. The relationships between fragments of other transposable elements and the functional aspects of these sequences on the pericentromere chromatin were also evaluated. Highlights: A scattered short tandem repeat, typi... Mostrar Tudo |
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Thesaurus Nal: |
Chromosomes; Coffea; DNA probes; Genome. |
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Categoria do assunto: |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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| Registros recuperados : 223 | |
| 66. |  | SILVA, T. S. de C.; BORGHESI, R.; INOUE, L. A. K. A. Piscicultura familiar. In: PADOVAN, M. P.; PEZARICO, C. R.; OTSUBO, A. A. (Ed.). Tecnologias para a agricultura familiar. 2. ed. rev. amp. Dourados: Embrapa Agropecuária Oeste, 2015. p. 100-104 (Embrapa Agropecuária Oeste. Documentos, 122).| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
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| 67. | | SILVA, T. S. de C.; BORGHESI, R.; INOUE, L. A. K. A. Piscicultura familiar. In: PEZARICO, C. R.; RETORE, M. (Ed.). Tecnologias para a agricultura familiar. 3. ed. rev. e atual. Dourados: Embrapa Agropecuária Oeste, 2018. il. color. (Embrapa Agropecuária Oeste. Documentos, 122). p. 139-142| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
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| 70. | | COELHO FILHO, M. A.; FANCELLI, M.; SILVA, T. S. M. da; SILVA, O. S. M. da; COELHO, E. F. Aquecimento global e aptidão da bananeira no Estado da Bahia. In:CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 21., 2010, Natal. Frutas: saúde, inovação e responsabilidade: anais. Natal: Sociedade Brasileira de Fruticultura, 2010. pdf 2390| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 71. | | SILVA, M. A. M.; GUIMARÃES, M. J. M.; COELHO FILHO, M. A.; SILVA, T. S. M. da. Área foliar de Bananeira Cv. D'Angola cultivada em diferentes densidades no Recôncavo Baiano. In: REUNIÃO ANUAL DE CIÊNCIA, TECNOLOGIA, INOVAÇÃO E CULTURA NO RECÔNCAVO DA BAHIA - RECONCITEC, 3., Cruz das Almas. Anais.... Cruz das Almas, Universidade Federal do Recôncavo da Bahia, 2014. E-Book.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 72. | | ARANTES, A. de M.; DONATO, S. L. R.; SILVA, T. S.; RODRIGUES FILHO, V. A.; AMORIM, E. P. Agronomic evaluation of banana plants in three production cycles in Southwestern State of Bahia. Revista Brasileira de Fruticultura, Jaboticabal, SP, v. 39, n. 1, Mar, 2017. (e-990), Epub,| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 73. | | SILVA, T. S.; VASCONCELOS, E. A. R.; MAGALHÃES, M. T. Q.; ROCHA, T. L.; GROSSI-de-SÁ, M. F. Análise proteômica de cepas de Bacillus thuringiensis durante o crescimento e o processo de esporulação. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 10., 2005, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2005. p. 57.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 74. | | FREITAS, S. C.; CONTE, C.; SIMAS, E. S.; SILVA, T. S.; SANTOS, J. O.; RAMOS, G. D. M. Comparação estatística de métodos de quantificação de fósforo visando otimizar a determinação de fitato em sorgo. In: ENCONTRO NACIONAL DE ANALISTAS DE ALIMENTOS, 17.; CONGRESSO LATINO AMERICANO DE ANALISTAS DE ALIMENTOS, 3., 2011, Cuiabá. Segurança alimentar, desenvolvimento e sustentabilidade: trabalhos apresentados. São Paulo: Sociedade Brasileira de Analistas de Alimentos, 2011. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 75. | | SANTOS, J. O.; FREITAS, S. C.; SILVA, T. S.; SIMAS, E. S.; CONTE, C.; PEREIRA, G. E. Comparação do teor de minerais em vinhos do Vale do Submédio São Francisco, Brasil. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA DE ALIMENTOS, 23., 2012, Campinas. Anais... Campinas: SBCTA, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos; Embrapa Semiárido. |
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| 76. | | VASCONCELOS, E. A. R.; SILVA, T. S.; MAGALHAES, J. C. C.; ROCHA, T. L.; SA, M. F. G. de. Caracterização proteômica da cepa S811 de Bacillus thuringiensis e avaliação da toxicidade de suas proteínas para Anthonomus grandis. In: WORKSHOP INTERAÇÃO MOLECULAR PLANTA-PRAGAS, 2., 2007, Brasília, DF. II Workshop Interação Molecular Planta-Praga. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. p. 60-65 (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 229).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 77. | | SILVA, T. S.; VASCONCELOS, E. A. R.; MAGALHÃES, J. C. C.; ROCHA, T. L.; GROSSI-DE-SÁ, M. F. Caracterização proteômica da cepa S811 DE Bacillus thuringiensis e sua relação com a toxicidade para Anthonomus grandis e Spodoptera frugiperda em diferentes estágios do ciclo de vida. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 11., 2006, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2006. p. 68.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 78. | | SILVA, T. S; SANTOS, V. M.; ARAÚJO, R. C. L.; SILVA, V. B.; SIMOES, W. L.; MELO, A. M. Y. Bioestimulantes vegetais influenciam a produção de proteínas do solo relacionadas à glomalina em solo cultivado com cebola. In: CONGRESSO NACIONAL DE BOTÂNICA, 70.; REUNIÃO NORDESTINA DE BOTÃNICA, 36., 2019, Maceió. Valorizando a diversidade vegetal, protegendo Biomas nordestino: anais. Maceió: Sociedade Botânica do Brasil: Universidade Federal de Alagoas, 2019.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 79. | | SILVA, T. S.; DONATO, S. L. R.; RODRIGUES FILHO, V. A.; AMORIM, E. P.; FERREIRA, J. S. Características vegetativas de 24 genótipos de bananeira, tipo `Prata´, `Cavendish´ e Maçã`, em três ciclos. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE BANANICULTURA, 8., 2015, Montes Claros. Palestras e resumos... Belo Horizonte: Epamig, 2015. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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