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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Solos. |
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Data corrente: |
06/02/2015 |
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Data da última atualização: |
06/02/2015 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LEITE, D. C. A.; BALIEIRO, F. C.; C. A. PIRES; MADARI, B. E.; ROSADO, A. S.; COUTINHO, H. L. C.; PEIXOTO, R. S. |
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Afiliação: |
D. C. A. LEITE, UFRJ; FABIANO DE CARVALHO BALIEIRO, CNPS; C. A. PIRES; BEATA EMOKE MADARI, CNPAF; A. S. ROSADO, UFRJ; HEITOR LUIZ DA COSTA COUTINHO, CNPS; R. S. PEIXOTO, UFRJ. |
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Título: |
Comparison of DNA extraction protocols for microbial communities from soil treated with biochar. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
Brazilian Journal of Microbiology, São Paulo, v. 45, n. 1, p. 175-183, 2014. |
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DOI: |
10.1590/S1517-83822014000100023 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Many studies have evaluated the effects of biochar application on soil structure and plant growth. However, there are very few studies describing the effect of biochar on native soil microbial communities. Microbial analysis of environmental samples requires accurate and reproducible methods for the extraction of DNA from samples. Because of the variety among microbial species and the strong adsorption of the phosphate backbone of the DNA molecule to biochar, extracting and purifying high quality microbial DNA from biochar-amended soil is not a trivial process and can be considerably more difficult than the extraction of DNA from other environmental samples. The aim of this study was to compare the relative efficacies of three commercialDNAextraction kits, the FastDNA® SPIN Kit for Soil (FD kit), the PowerSoil® DNA Isolation Kit (PS kit) and the ZR Soil Microbe DNA Kit MiniprepTM (ZR kit), for extracting microbial genomicDNAfrom sand treated with different types of biochar. The methods were evaluated by comparing the DNA yields and purity and by analysing the bacterial and fungal community profiles generated by PCR-DGGE. Our results showed that the PCR-DGGE profiles for bacterial and fungal communities were highly affected by the purity and yield of the different DNA extracts. Among the tested kits, the PS kit was the most efficient with respect to the amount and purity of recovered DNA and considering the complexity of the generated DGGE microbial fingerprint from the sand-biochar samples. MenosMany studies have evaluated the effects of biochar application on soil structure and plant growth. However, there are very few studies describing the effect of biochar on native soil microbial communities. Microbial analysis of environmental samples requires accurate and reproducible methods for the extraction of DNA from samples. Because of the variety among microbial species and the strong adsorption of the phosphate backbone of the DNA molecule to biochar, extracting and purifying high quality microbial DNA from biochar-amended soil is not a trivial process and can be considerably more difficult than the extraction of DNA from other environmental samples. The aim of this study was to compare the relative efficacies of three commercialDNAextraction kits, the FastDNA® SPIN Kit for Soil (FD kit), the PowerSoil® DNA Isolation Kit (PS kit) and the ZR Soil Microbe DNA Kit MiniprepTM (ZR kit), for extracting microbial genomicDNAfrom sand treated with different types of biochar. The methods were evaluated by comparing the DNA yields and purity and by analysing the bacterial and fungal community profiles generated by PCR-DGGE. Our results showed that the PCR-DGGE profiles for bacterial and fungal communities were highly affected by the purity and yield of the different DNA extracts. Among the tested kits, the PS kit was the most efficient with respect to the amount and purity of recovered DNA and considering the complexity of the generated DGGE microbial fingerprint from the sand-... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Comunidades microbianas; Extração de DNA; Índice de pureza do DNA; PCR-DGGE. |
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Thesaurus Nal: |
biochar. |
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Categoria do assunto: |
P Recursos Naturais, Ciências Ambientais e da Terra |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/117433/1/BJMv45n1a23.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Solos (CNPS) |
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| 5. |  | RITTL, T. F.; NOVOTNY, E. H.; BALIEIRO, F. C.; HOFFLAND, E.; ALVES, B. J. R.; KUYPER, T. W. Negative priming of native soil organic carbon mineralization by oilseed biochars of contrasting quality. European Journal of Soil Science, v. 66, n. 4, p. 714-721, Jul. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia; Embrapa Solos. |
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| 6. | | FONSECA, E. M. da; BAPTISTA NETO, J. A.; MCALISTER, J.; SMITH, B.; FERNANDEZ, M. A.; BALIEIRO, F. C. The role of the humic substances in the fractioning of heavy metals in Rodrigo de Freitas Lagoon, Rio de Janeiro - Brazil. Anais da Academia Brasileira de Ciências, Rio de Janeiro, v. 85, n. 4, p. 1289-1301, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 8. | | SANTANA, I. K. S.; BALIEIRO, F. C.; FRANCO, A. A.; PEREIRA, M. G.; CAMPELLO, E. F. C.; FARIA, S. M. de; DIAS, L. E.; ALVES, B. J. R. Acúmulo e distribuição de nutrientes na parte aérea de Pseudosamanea guachapele Harm (Kunth) e Eucalyptus grandis W. Hill ex Maiden em condições de plantios puro e consorciado. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 28., REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 12., SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 10., REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 7., 2008, Londrina. FertBio 2008: desafios para o uso do solo com eficiência e qualidade ambiental: anais. Londrina: Embrapa Soja: SBCS: IAPAR, UEL, 2008. 4 p. 1 CD-ROM. Parceria: UFRRJ; UFV.
Organizado por: Adilson de Oliveira Júnior, Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, César de Castro, Fábio Álvares de Oliveira; Odilon Ferreira Saraiva.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 9. | | BALIEIRO, F. C.; FONTES, R. L. F.; DIAS, L. E.; FRANCO, A. A.; CAMPELLO, E. F. C.; FARIA, S. M. de. Accumulation and distribution of aboveground biomass and nutrients in pure and mixed stands of guachapele and eucalyptus. Journal of Plant Nutrition, Tokyo, v. 25, n. 12, p. 2639-2654, 2002.| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 10. | | BALIEIRO, F. C.; FRANCO, A. A.; PEREIRA, M. G.; CAMPELLO, E. F. C.; FARIA, S. M.; DIAS, L. E.; ALVES, B. J. R. Deposição e decomposição de serapilheira sob plantios de eucalipto e guachapele aos sete anos de idade. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROECOLOGIA, 1., SEMINÁRIO INTERNACIONAL SOBRE AGROECOLOGIA, 4., SEMINÁRIO ESTADUAL SOBRE AGROECOLOGIA, 5., 2003, Porto Alegre. Resumos... Porto Alegre: PUCRS, 2003. 4 p.| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 11. | | LEITE, D. C. A.; BALIEIRO, F. C.; C. A. PIRES; MADARI, B. E.; ROSADO, A. S.; COUTINHO, H. L. C.; PEIXOTO, R. S. Comparison of DNA extraction protocols for microbial communities from soil treated with biochar. Brazilian Journal of Microbiology, São Paulo, v. 45, n. 1, p. 175-183, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Solos. |
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| 12. | | RACHID, C. T. C. C.; BALIEIRO, F. C.; FONSECA, E. S.; PEIXOTO, R. S.; CHAER, G. M.; TIEDJE, J. M.; ROSADO, A. S. Intercropped silviculture systems, a key to achieving soil fungal community management in eucalyptus plantations. Plos One, v. 10, n. 2, Feb. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 13. | | GIANERINI, Y. X.; MIRANDA, J. P. L. de; DONAGEMMA, G. K.; BALIEIRO, F. C.; LIMA, R. L.; COUTINHO, H. L. da C. Estabilidade de agregados influenciada por diferentes manejos em Cambissolos de Bom Jardim. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE MANEJO E CONSERVAÇÃO DO SOLO E DA ÁGUA, 17., 2008, Rio de Janeiro. Manejo e conservação do solo e da água no contexto das mudanças ambientais. Rio de Janeiro: Embrapa Solos, 2008. 1 CD-ROM. (Embrapa Solos. Documentos, 101).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 14. | | RACHID, C. T. C. C.; SANTOS, A. L.; PICCOLO, M. C.; BALIEIRO, F. C.; COUTINHO, H. L. C.; PEIXOTO, R. S.; TIEDJE, J. M.; ROSADO, A. S. Effect of sugarcane burning or green harvest methods on the brazilian cerrado soil bacterial community structure. Plos One, v. 8, n. 3, e59342, Mar. 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 15. | | TURETTA, A. P.; BALIEIRO, F. C.; TONUCCI, R.; PRADO, R. B.; OLIVEIRA, A. P.; DONAGEMMA, G.; ANDRADE, A. G. de; MATTOS, L. M. de. A proposal to enhance ecosystem services in rural landscapes in Brazil. In: LATIN AMERICAN ECOSYSTEM SERVICES PARTNERSHIP CONFERENCE, 1., 2016, Cali. Healthy ecosystems for resilient societies: book of abstracts. Wageningen: Ecosystem Services Partnership, 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 17. | | LIMA, E. S. A.; BETTA, M.; JÚNIOR, C. S.; MATOS, T. S.; MENEZES, C. C. E.; BALIEIRO, F. C.; DONAGEMMA, G. K.; BENITES, V. de M.; POLIDORO, J. C. Avaliação da viabilidade do óxido de magnésio como fonte de Mg 2+ para cultura da soja em sistema de plantio direto. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 28., 2008; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 12., 2008; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 10., 2008; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 7., 2008, Londrina. FertBio 2008: desafios para o uso do solo com eficiência e qualidade ambiental: anais. Londrina: Embrapa Soja: SBCS: IAPAR: UEL, 2008. 4 p. Organizado por Adilson de Oliveira Junior, Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, César de Castro, Fábio Álvares de Oliveira, Odilon Ferreira Saraiva. Indicador de Meta também como Metodologia Científica| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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