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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Cerrados. |
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Data corrente: |
12/12/2018 |
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Data da última atualização: |
12/12/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
PERIPOLLI, E.; METZGER, J.; LEMOS, M. V. A. de; STAFUZZA, N. B.; KLUSKA, S.; OLIVIERI, B. F.; FEITOSA, F. L. B.; BERTON, M. P.; LOPES, F. B.; MUNARI, D. P.; LOBO, R. B.; MAGNABOSCO, C. de U.; DI CROCE, F.; OSTERSTOCK, J.; DENISE, S.; PEREIRA, A. S. C.; BALDI, F. |
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Afiliação: |
ELISA PERIPOLLI, UNESP; JULIA METZGER, University of Veterinary Medicine Hannover; MARCOS VINICIUS ANTUNES DE LEMOS, UNESP; NEDENIA BONVINOSTAFUZZA, UNESP; SABRINA KLUSKA, UNESP; BIANCA FERREIRA OLIVIERI, UNESP; FABIELI LOUISE BRAGA FEITOSA, UNESP; MARIANA PIATTO BERTON, UNESP; FERNANDO BRITO LOPES, UNESP; DANISIO PRADO MUNARI, UNESP; RAYSILDO BARBOSA LOBO, Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores; CLAUDIO DE ULHOA MAGNABOSCO, CPAC; FERNANDO DI CROCE, Zoetis; JASON OSTERSTOCK, Zoetis; SUE DENISE, Zoetis; ANGELICA SIMONE CRAVO PEREIRA, USP; FERNANDO BALDI, UNESP. |
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Título: |
Autozygosity islands and ROH patterns in Nellore lineages: evidence of selection for functionally important traits. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 19, 680, 2018. |
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DOI: |
https://dx.doi.org/10.1186%2Fs12864-018-5060-8 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract Background The aim of this study was to assess genome-wide autozygosity in a Nellore cattle population and to characterize ROH patterns and autozygosity islands that may have occurred due to selection within its lineages. It attempts also to compare estimates of inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix (FGRM), and pedigree-based coefficient (FPED). Results The average number of ROH per animal was 55.15 ± 13.01 with an average size of 3.24 Mb. The Nellore genome is composed mostly by a high number of shorter segments accounting for 78% of all ROH, although the proportion of the genome covered by them was relatively small. The genome autozygosity proportion indicates moderate to high inbreeding levels for classical standards, with an average value of 7.15% (178.70 Mb). The average of FPED and FROH, and their correlations (− 0.05 to 0.26) were low. Estimates of correlation between FGRM-FPED was zero, while the correlation (− 0.01 to − 0.07) between FGRM-FROH decreased as a function of ROH length, except for FROH > 8Mb (− 0.03). Overall, inbreeding coefficients were not high for the genotyped animals. Autozygosity islands were evident across the genome (n = 62) and their genomic location did not largely differ within lineages. Enriched terms (p < 0.01) associated with defense response to bacteria (GO:0042742), immune complex reaction (GO:0045647), pregnancy-associated glycoproteins genes (GO:0030163), and organism growth (GO:0040014) were described within the autozygotic islands. Conclusions Low FPED-FROH correlation estimates indicate that FPED is not the most suitable method for capturing ancient inbreeding when the pedigree does not extend back many generations and FROH should be used instead. Enriched terms (p < 0.01) suggest a strong selection for immune response. Non-overlapping islands within the lineages greatly explain the mechanism underlying selection for functionally important traits in Nellore cattle. MenosAbstract Background The aim of this study was to assess genome-wide autozygosity in a Nellore cattle population and to characterize ROH patterns and autozygosity islands that may have occurred due to selection within its lineages. It attempts also to compare estimates of inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix (FGRM), and pedigree-based coefficient (FPED). Results The average number of ROH per animal was 55.15 ± 13.01 with an average size of 3.24 Mb. The Nellore genome is composed mostly by a high number of shorter segments accounting for 78% of all ROH, although the proportion of the genome covered by them was relatively small. The genome autozygosity proportion indicates moderate to high inbreeding levels for classical standards, with an average value of 7.15% (178.70 Mb). The average of FPED and FROH, and their correlations (− 0.05 to 0.26) were low. Estimates of correlation between FGRM-FPED was zero, while the correlation (− 0.01 to − 0.07) between FGRM-FROH decreased as a function of ROH length, except for FROH > 8Mb (− 0.03). Overall, inbreeding coefficients were not high for the genotyped animals. Autozygosity islands were evident across the genome (n = 62) and their genomic location did not largely differ within lineages. Enriched terms (p < 0.01) associated with defense response to bacteria (GO:0042742), immune complex reaction (GO:0045647), pr... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Padroes ROH. |
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Thesagro: |
Endogamia; Gado Nelore; Genética Animal; Genoma. |
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Thesaurus Nal: |
Homozygosity. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/188276/1/12864-2018-Article-5060-APAGAR.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Cerrados (CPAC) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Semiárido. |
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Data corrente: |
30/03/2011 |
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Data da última atualização: |
14/04/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
KIILL, L. H. P.; DIAS, C. T. de V. |
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Afiliação: |
LUCIA HELENA PIEDADE KIILL, CPATSA; CARLA TATIANA DE VASCONCELOS DIAS, FACEPE. |
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Título: |
Caracterização e aspectos fenológicos da vegetação ripária de municípios do Submédio São Francisco. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
In: WORKSHOP SOBRE RECUPERAÇÃO DE ÁREAS DEGRADADAS DE MATA CILIAR NO SEMIÁRIDO, 1., 2010, Petrolina. Anais... Petrolina: Embrapa Semiárido, 2010. |
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Páginas: |
p. 34-45. |
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Série: |
(Embrapa Semiárido. Documentos, 234). |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
As denominações floresta ripária, mata ciliar, de galeria, de várzea, ribeirinha são as mais utilizadas para designar a vegetação que se localiza ao longo dos rios e córregos, independentes do bioma onde ocorrem (SPERA, 1995). De acordo com Berg (1995), o termo floresta ripária seria o mais adequado, pois pode ser aplicado às florestas associadas a cursos d?água dentro de quaisquer formações vegetais brasileiras. Catharino (1989), em estudos florísticos de matas ciliares, alertou para a grande abrangência do termo ?mata ciliar?, principalmente considerando a grande variação dos ecossistemas ribeirinhos do Brasil. O autor esclarece que não são encontradas apenas florestas nas beiras de cursos d?água, mas, também, outras associações vegetais. O mesmo autor também salientou, que quando se observam os diversos estágios secundários de regeneração vegetal, não se pode apenas falar de matas ciliares, mas de ecossistemas ribeirinhos. Kuhlmann (1951) considerou que as matas ciliares do Rio São Francisco, também chamadas matas de anteparo, constituem verdadeiros cordões de floresta que avançam para o interior das caatingas, favorecidos pela maior umidade do solo nas margens dos rios, ocorrendo nas baixadas ribeirinhas sujeitas às inundações periódicas. Ab?Saber (1990) chamou as floresta ciliares e as galerias de matas da beira dos rios regionais do Semiárido do Nordeste de florestas beiradeiras. Estas podem ser ainda designadas por ?matas de caraíba? em função da craibeira (Tabebuia caraíba (Mart.) Bur.) ser a principal espécie arbórea dominante nesse sistema ecológico. Tais formações possuem características bastante distintas das formações análogas existentes em outras partes do País. MenosAs denominações floresta ripária, mata ciliar, de galeria, de várzea, ribeirinha são as mais utilizadas para designar a vegetação que se localiza ao longo dos rios e córregos, independentes do bioma onde ocorrem (SPERA, 1995). De acordo com Berg (1995), o termo floresta ripária seria o mais adequado, pois pode ser aplicado às florestas associadas a cursos d?água dentro de quaisquer formações vegetais brasileiras. Catharino (1989), em estudos florísticos de matas ciliares, alertou para a grande abrangência do termo ?mata ciliar?, principalmente considerando a grande variação dos ecossistemas ribeirinhos do Brasil. O autor esclarece que não são encontradas apenas florestas nas beiras de cursos d?água, mas, também, outras associações vegetais. O mesmo autor também salientou, que quando se observam os diversos estágios secundários de regeneração vegetal, não se pode apenas falar de matas ciliares, mas de ecossistemas ribeirinhos. Kuhlmann (1951) considerou que as matas ciliares do Rio São Francisco, também chamadas matas de anteparo, constituem verdadeiros cordões de floresta que avançam para o interior das caatingas, favorecidos pela maior umidade do solo nas margens dos rios, ocorrendo nas baixadas ribeirinhas sujeitas às inundações periódicas. Ab?Saber (1990) chamou as floresta ciliares e as galerias de matas da beira dos rios regionais do Semiárido do Nordeste de florestas beiradeiras. Estas podem ser ainda designadas por ?matas de caraíba? em função da craibeira (Tabebuia c... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Código florestal; Composição florística; Fitossociológica; Floresta ripária; Planta nativa; Vale do São Francisco; Vegetation ecology. |
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Thesagro: |
Caatinga; Mata Ciliar; Vegetação. |
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Thesaurus NAL: |
Vegetation. |
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Categoria do assunto: |
P Recursos Naturais, Ciências Ambientais e da Terra |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/34924/1/Kiill-2010.pdf
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Marc: |
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490 $a(Embrapa Semiárido. Documentos, 234).
520 $aAs denominações floresta ripária, mata ciliar, de galeria, de várzea, ribeirinha são as mais utilizadas para designar a vegetação que se localiza ao longo dos rios e córregos, independentes do bioma onde ocorrem (SPERA, 1995). De acordo com Berg (1995), o termo floresta ripária seria o mais adequado, pois pode ser aplicado às florestas associadas a cursos d?água dentro de quaisquer formações vegetais brasileiras. Catharino (1989), em estudos florísticos de matas ciliares, alertou para a grande abrangência do termo ?mata ciliar?, principalmente considerando a grande variação dos ecossistemas ribeirinhos do Brasil. O autor esclarece que não são encontradas apenas florestas nas beiras de cursos d?água, mas, também, outras associações vegetais. O mesmo autor também salientou, que quando se observam os diversos estágios secundários de regeneração vegetal, não se pode apenas falar de matas ciliares, mas de ecossistemas ribeirinhos. Kuhlmann (1951) considerou que as matas ciliares do Rio São Francisco, também chamadas matas de anteparo, constituem verdadeiros cordões de floresta que avançam para o interior das caatingas, favorecidos pela maior umidade do solo nas margens dos rios, ocorrendo nas baixadas ribeirinhas sujeitas às inundações periódicas. Ab?Saber (1990) chamou as floresta ciliares e as galerias de matas da beira dos rios regionais do Semiárido do Nordeste de florestas beiradeiras. Estas podem ser ainda designadas por ?matas de caraíba? em função da craibeira (Tabebuia caraíba (Mart.) Bur.) ser a principal espécie arbórea dominante nesse sistema ecológico. Tais formações possuem características bastante distintas das formações análogas existentes em outras partes do País.
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Registro original: |
Embrapa Semiárido (CPATSA) |
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