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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agrobiologia. Para informações adicionais entre em contato com cnpab.biblioteca@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agrobiologia. |
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Data corrente: |
27/12/2017 |
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Data da última atualização: |
03/01/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
POLESE, V.; SOARES, C. de P.; SILVA, P. R. A. da; ARAUJO, J. L. S. de; BALDANI, J. I.; VIDAL, M. S. |
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Afiliação: |
VALÉRIA POLESE, UFRRJ; LEITON DE PAULA SOARES, UFRRJ; PAULA RENATA ALVES DA SILVA, UFRRJ; JEAN LUIZ SIMOES DE ARAUJO, CNPAB; JOSE IVO BALDANI, CNPAB; MARCIA SOARES VIDAL, CNPAB. |
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Título: |
Selection and validation of reference genes for RT-qPCR indicates that juice of sugarcane varieties modulate the expression of C metabolism genes in the endophytic diazotrophic Herbaspirillum rubrisubalbicans strain HCC103. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Antonie van Leeuwenhoekv, 110, n. 12, p. 1555-1568, 2017. |
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ISSN: |
1572-9699 |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s10482-017-0906-7 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Quantitative reverse transcription PCR (RT-qPCR) is an important tool for evaluating gene expression. However, this technique requires that specific internal normalizing genes be identified for different experimental conditions. To date, no internal normalizing genes are available for validation of data analyses for Herbaspirillum rubrisubalbicans strain HCC103, an endophyte that is part of the sugarcane consortium inoculant. This work seeks to identify and evaluate suitable reference genes for gene expression studies in HCC103 grown until middle log phase in sugarcane juice obtained from four sugarcane varieties or media with three different carbon sources. The mRNA levels of five candidate genes (rpoA, gyrA, dnaG, recA and gmK) and seven target genes involved in carbon metabolism (acnA, fbp, galE, suhB, wcaA, ORF_0127.0101 and _0127.0123) were quantified by RT-qPCR. Analysis of expression stability of these genes was carried out using geNorm and Normfinder software. The results indicated that the HCC103 dnaG and gyrA genes are the most stable and showed adequate relative expression level changes among the different sugarcane juices. The highest expression level was seen for ORF_0127.0101, which encodes a sugar transporter, in juice from sugarcane variety RB867515 and glucose as the carbon source. The suhB gene, encoding SuhB inositol monophosphatase, had a higher relative expression level on 0.5% glucose, 100% sugarcane juice from variety RB867515 and 0.5% aconitate. Together the results suggest that dnaG and gyrA genes are suitable as reference genes for RT-qPCR analysis of strain HCC103 and that juice from different sugarcane varieties modulates the expression of key genes involved in carbon metabolism. MenosQuantitative reverse transcription PCR (RT-qPCR) is an important tool for evaluating gene expression. However, this technique requires that specific internal normalizing genes be identified for different experimental conditions. To date, no internal normalizing genes are available for validation of data analyses for Herbaspirillum rubrisubalbicans strain HCC103, an endophyte that is part of the sugarcane consortium inoculant. This work seeks to identify and evaluate suitable reference genes for gene expression studies in HCC103 grown until middle log phase in sugarcane juice obtained from four sugarcane varieties or media with three different carbon sources. The mRNA levels of five candidate genes (rpoA, gyrA, dnaG, recA and gmK) and seven target genes involved in carbon metabolism (acnA, fbp, galE, suhB, wcaA, ORF_0127.0101 and _0127.0123) were quantified by RT-qPCR. Analysis of expression stability of these genes was carried out using geNorm and Normfinder software. The results indicated that the HCC103 dnaG and gyrA genes are the most stable and showed adequate relative expression level changes among the different sugarcane juices. The highest expression level was seen for ORF_0127.0101, which encodes a sugar transporter, in juice from sugarcane variety RB867515 and glucose as the carbon source. The suhB gene, encoding SuhB inositol monophosphatase, had a higher relative expression level on 0.5% glucose, 100% sugarcane juice from variety RB867515 and 0.5% aconitate. Toget... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Internal normalizing; Organic acids; Relative expression; Sugar transport. |
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Thesaurus Nal: |
nitrogen fixation. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agrobiologia (CNPAB) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Uva e Vinho. |
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Data corrente: |
30/12/2014 |
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Data da última atualização: |
15/04/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
MODENA, R. C. C.; HOFF, R.; FARIAS, A. R.; VIEL, J. A. |
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Afiliação: |
ROSEMARY HOFF, CNPUV; ANDRE RODRIGO FARIAS, CNPUV. |
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Título: |
Diferenciação de rochas vulcânicas da formação serra geral utilizando gamaespectrometria terrestre na região vitivinícola Serra Gaúcha, RS - Brasil. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GEOLOGIA, 47., 2014, Salvador, BA. Trilhando as novas fronteiras dos recursos naturais: anais. Salvador: Sociedade Brasileira de Geologia, 2014. |
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Páginas: |
p. 585 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
A Região Vitivinícola Serra Gaúcha (RVSG) possui fatores naturais e culturais aliados à geodiversidade da região que implica na formação de solos e relevos diferenciados. Essa particularidade, por sua vez, acarreta em respostas agronômicas específicas da videira e possibilita a valorização da produção de vinhos com distintas qualidades que caracterizam, consequentemente, diferentes terroírs. A área de estudo se situa no contexto de áreas de indicações geográficas para vinhos finos (Vale do Rio das Antas), no limite das unidades geomorfológicas Serra Geral e Planalto dos Campos Gerais, esculpidas sobre rochas da Formação Serra Geral. Na área ocorrem as Fácies Gramado e Caxias. Na primeira, têm-se basaltos de 132 milhões de anos, granulares finos a médios, melanocráticos; na segunda têm-se rochas intermediárias a ácidas (riodacíticas) de 131 milhões de anos, mesocráticas, granulares finas a microfaneríticas. Os horizontes superiores apresentam disjunção tabular bem desenvolvida e as partes centrais dos derrames são maciças, podendo apresentar estruturas de fluxo laminar e dobras. O relevo foi originado na era mesozóica por intenso vulcanismo fissural, havendo platôs com escarpas íngremes e o arcabouço estrutural mostra fraturas e falhas que condicionam a padrões de drenagem angulares e o entalhe das vertentes retilíneas. As áreas cultivadas com vinhedos na RVSG situam-se sobre zonas de maior altitude e menor declividade, relativas aos topos dos platôs, onde predominam rochas ácidas a intermediárias (Fácies Caxias), contendo argissolos, cambissolos e nitossolos. Nas áreas íngremes sobre rochas básicas (Fácies Gramado), ocorrem alissolos e chernossolos situados nos patamares inferiores. O objetivo deste trabalho foi testar um método rápido de distinção de rochas ácidas e básicas, por meio de gamaespectrometria terrestre. As medições foram adquiridas em uma área de 800 Km2 com orientação NE-SW, num perfil transversal da RVSG. O método utilizado empregou o amaespectrometro portátil da marca Radiation Solutíons, modelo super Spec RS-125 de 1024 canais espectrais, cedido pela UNISINOS/NEAP e GPS Garmin Montana 650, sendo o trabalho de campo apoiado pela Embrapa Uva e Vinho. Foram analisadas 83 medidas de rochas, sendo 59 da Fácies Caxias e 24 da Fácies Gramado, em sua maioria de rochas sãs. A classificação dessas rochas foi realizada utilizando critérios descritivos de campo. As medidas de K, eU e eTh foram comparadas na forma de gráficos, relativamente aos valores encontrados na literatura para esses tipos de rochas. Os resultados demonstraram que o método é eficaz na discriminação entre as rochas vulcânicas ácidas e básicas da Formação Serra Geral. Para a Fácies Caxias as concentrações médias foram de 3,7%, 5,5 ppm e 17,4 ppm, para K, eU e eTh, respectivamente. Já para a Fácies Gramado os valores médios de K foram de 2%, de eU foram de 2 ppm e de eTh de 9,2 ppm. O estudo também ratificou que as concentrações de K e eU são mais sensíveis ao grau de intemperismo das rochas do que as concentrações de eTh. Os dados estão organizados em um SIG e, na próxima etapa, o estudo buscará agregar dados de sensoriamento remoto hiperespectral para integrar com os dados gamaespectrométrico e geológicos. MenosA Região Vitivinícola Serra Gaúcha (RVSG) possui fatores naturais e culturais aliados à geodiversidade da região que implica na formação de solos e relevos diferenciados. Essa particularidade, por sua vez, acarreta em respostas agronômicas específicas da videira e possibilita a valorização da produção de vinhos com distintas qualidades que caracterizam, consequentemente, diferentes terroírs. A área de estudo se situa no contexto de áreas de indicações geográficas para vinhos finos (Vale do Rio das Antas), no limite das unidades geomorfológicas Serra Geral e Planalto dos Campos Gerais, esculpidas sobre rochas da Formação Serra Geral. Na área ocorrem as Fácies Gramado e Caxias. Na primeira, têm-se basaltos de 132 milhões de anos, granulares finos a médios, melanocráticos; na segunda têm-se rochas intermediárias a ácidas (riodacíticas) de 131 milhões de anos, mesocráticas, granulares finas a microfaneríticas. Os horizontes superiores apresentam disjunção tabular bem desenvolvida e as partes centrais dos derrames são maciças, podendo apresentar estruturas de fluxo laminar e dobras. O relevo foi originado na era mesozóica por intenso vulcanismo fissural, havendo platôs com escarpas íngremes e o arcabouço estrutural mostra fraturas e falhas que condicionam a padrões de drenagem angulares e o entalhe das vertentes retilíneas. As áreas cultivadas com vinhedos na RVSG situam-se sobre zonas de maior altitude e menor declividade, relativas aos topos dos platôs, onde predominam rochas á... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Gamaespectometria; Indicação geográfica; Terroir; Videira. |
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Thesagro: |
Geografia; Geologia; Rocha; Solo; Viticultura. |
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Categoria do assunto: |
Z Localizações Geográficas |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/114631/1/Hoff-CBG-20141.pdf
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Marc: |
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650 $aRocha
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Registro original: |
Embrapa Uva e Vinho (CNPUV) |
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