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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
23/08/2012 |
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Data da última atualização: |
08/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LOBO, F. P.; RODRIGUES, M. R.; RODRIGUES, G. O. L.; HILÁRIO, H. O.; SOUZA, R. A.; TAUCH, A.; MIYOSHI, A.; FRANCO, G. C.; AZEVEDO, V.; FRANCO, G. R. |
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Afiliação: |
FRANCISCO PEREIRA LOBO, CNPTIA; MAÍRA R. RODRIGUES, UFMG; GISELE O. L. RODRIGUES, UFMG; HERON O. HILÁRIO, UFMG; RAONI A. SOUZA, Fundação Ezequiel Dias, MG; ANDREAS TAUCH, Bielefeld University; ANDERSON MIYOSHI, UFMG; GLAURA C. FRANCO, UFMG; VASCO AZEVEDO, UFMG; GLÓRIA R. FRANCO, UFMG. |
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Título: |
KOMODO: a web tool for detecting and visualizing biased distribution of groups of homologous genes in monophyletic taxa. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
Nucleic Acids Research, Oxford, v. 40, p. W491-W497, 2012. |
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DOI: |
10.1093/nar/gks490 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The enrichment analysis is a standard procedure to interpret ?omics? experiments that generate large gene lists as outputs, such as transcriptomics and protemics. However, despite the huge success of enrichment analysis in these classes of experiments, there is a surprising lack of application of this methodology to survey other categories of large-scale biological data available. Here, we report Kegg Orthology enrichMent-Online DetectiOn (KOMODO), a web tool to systematically investigate groups of monophyletic genomes in order to detect significantly enriched groups of homologous genes in one taxon when compared with another. The results are displayed in their proper biochemical roles in a visual, explorative way, allowing users to easily formulate and investigate biological hypotheses regarding the taxonomical distribution of genomic elements. We validated KOMODO by analyzing portions of central carbon metabolism in two taxa extensively studied regarding their carbon metabolism profile (Enterobacteriaceae family and Lactobacillales order). Most enzymatic activities significantly biased were related to known key metabolic traits in these taxa, such as the distinct fates of pyruvate (the known tendency of lactate production in Lactobacillales and its complete oxidation in Enterobacteriaceae), demonstrating that KOMODO could detect biologically meaningful differences in the frequencies of shared genomic elements among taxa. KOMODO is freely available at http://komodotool.org. |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Ferramenta web; Genomas. |
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Thesagro: |
Atividade Enzimática. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Genome. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
LEADER 02413naa a2200313 a 4500
001 1932006
005 2020-01-08
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245 $aKOMODO$ba web tool for detecting and visualizing biased distribution of groups of homologous genes in monophyletic taxa.$h[electronic resource]
260 $c2012
520 $aThe enrichment analysis is a standard procedure to interpret ?omics? experiments that generate large gene lists as outputs, such as transcriptomics and protemics. However, despite the huge success of enrichment analysis in these classes of experiments, there is a surprising lack of application of this methodology to survey other categories of large-scale biological data available. Here, we report Kegg Orthology enrichMent-Online DetectiOn (KOMODO), a web tool to systematically investigate groups of monophyletic genomes in order to detect significantly enriched groups of homologous genes in one taxon when compared with another. The results are displayed in their proper biochemical roles in a visual, explorative way, allowing users to easily formulate and investigate biological hypotheses regarding the taxonomical distribution of genomic elements. We validated KOMODO by analyzing portions of central carbon metabolism in two taxa extensively studied regarding their carbon metabolism profile (Enterobacteriaceae family and Lactobacillales order). Most enzymatic activities significantly biased were related to known key metabolic traits in these taxa, such as the distinct fates of pyruvate (the known tendency of lactate production in Lactobacillales and its complete oxidation in Enterobacteriaceae), demonstrating that KOMODO could detect biologically meaningful differences in the frequencies of shared genomic elements among taxa. KOMODO is freely available at http://komodotool.org.
650 $aBioinformatics
650 $aGenome
650 $aAtividade Enzimática
653 $aBioinformática
653 $aFerramenta web
653 $aGenomas
700 1 $aRODRIGUES, M. R.
700 1 $aRODRIGUES, G. O. L.
700 1 $aHILÁRIO, H. O.
700 1 $aSOUZA, R. A.
700 1 $aTAUCH, A.
700 1 $aMIYOSHI, A.
700 1 $aFRANCO, G. C.
700 1 $aAZEVEDO, V.
700 1 $aFRANCO, G. R.
773 $tNucleic Acids Research, Oxford$gv. 40, p. W491-W497, 2012.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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Tipo/Formato |
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Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 261 | |
| 161. |  | FERREIRA, E. A.; FERREIRA, D. P.; ABREU, J. G. de; ALMEIDA, R. G. de; AZEVEDO, V. H. de; SALES, K. C.; ASSIS, L. M. B.; SANDRI, V. T. Morphological composition of Piatã grass in systems in integration. In: WORLD CONGRESS ON INTEGRATED CROP-LIVESTOCK-FORESTRY SYSTEMS: 100% DIGITAL, 2., 2021. WCCLF 2021 proceedings. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2021. p. 289-291.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 162. | | SUJII, P. S.; FERNANDES, E. T. M. B.; AZEVEDO, V. C. R.; CIAMPI, A, Y.; MARTINS, K.; WADT, L. H. de O. Morphological and molecular characteristics do not confirm popular classification of the Brazil nut tree in Acre, Brazil. Genetics and Molecular Research, v. 12, 3, p. 4018-4027, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 163. | | BUSO, G. S. C.; YAMAGUISHI, A. T.; AZEVEDO, V. C. R.; LEÃO, D. A.; FERREIRA, M. A.; MORETZSOHN, M. de C.; AMARAL, Z. P. de S.; MAZZUCATO, A. Manual de utilização de marcadores moleculares para análise de diversidade genética. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2009. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 291).| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 164. | | FERREIRA, E. A.; FERREIRA, D. P.; ABREU, J. G. de; ALMEIDA, R. G. de; AZEVEDO, V. H. de; SALES, K. C.; ASSIS, L. M. B.; SANDRI, V. T. Mass yield of Piatã grass in systems in integration. In: WORLD CONGRESS ON INTEGRATED CROP-LIVESTOCK-FORESTRY SYSTEMS: 100% DIGITAL, 2., 2021. WCCLF 2021 proceedings. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2021. p. 292-294.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 165. | | SILVA, J. V. L. da; DALLACORT, R.; INOUE, M. H.; OLIVEIRA, M. A. de; AZEVEDO, V. H. de; ALMEIDA, R. G. de. Produção de forragem e valor nutritivo do capim-marandu submetido a doses de torta de pinhão manso. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 46., 2009, Maringá. Inovação científica e tecnológica em zootecnia: anais dos resumos. Maringá: SBZ: UEM, 2009. 3 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 166. | | WADT, L. H. de O.; KLIMAS, C. A.; RIGAMONTE-AZEVEDO, V.; SILVA, A. C. C. da; LIMA, L. M. da S.; CORREIA, M. F.; KAINER, K. Produção de sementes de andiroba (Carapa guianensis Aubl.) no período de 2004 a 2008, em dois ambientes de floresta natural, em Rio Branco, Acre. In: SEMINÁRIO MANEJO SUSTENTÁVEL DE PRODUTOS FLORESTAIS NÃO-MADEIREIROS NA AMAZÔNIA, 1., 2008, Rio Branco, AC. Anais... Rio Branco, AC: Embrapa Acre, 2008. p. 75-80. Editora: Lúcia Helena de Oliveira Wadt.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
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| 167. | | VESCHI, J. L. A.; ZAFALON, L. F.; BORGES, F. C.; AZEVEDO, V.; MIYOSHI, A.; MEYER, R.; PORTELA, R.; GOUVEIA, A. M. G. Presence of antibody anti-Corynebacterium pseudotuberculosis in sheep in Dormentes state fo Pernambuco, Brazil. In: SIMPÓSIO EMBRAPA LABEX EUA DE SANIDADE ANIMAL, 2., Brasília, 2012. Anais... Brasília: Embrapa Estudos e Capacitação, 2012. p. 107-108| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 168. | | VESCHI, J. L. A.; ZAFALON, L. F.; BORGES, F. C.; AZEVEDO, V.; MIYOSHI, A.; MEYER, R.; PORTELA, R.; GOUVEIA, A. M. G. Presence of antibody anti-Corynebacterium pseudotuberculosis in sheep in Dormentes state fo Pernambuco, Brazil. In: SIMPÓSIO EMBRAPA LABEX EUA DE SANIDADE ANIMAL, 2., Brasília, 2012. Anais... Brasília: Embrapa Estudos e Capacitação, 2012. p. 107-108| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 169. | | SCIVITTARO, W. B.; DIAS, V. da C.; CAMPOS, A. D. S. de; AZEVEDO, V. J.; GRIEP, S. P.; ROSCHILDT, N.; VASCONCELOS, E. E.; PARFITT, J. M. B. Eficiência de uso da água do arroz sob irrigação por inundação contínua e intermitente. In: CONGRESSOS BRASILEIRO De ARROZ, 12., 2022, Santa Maria. Anais [online]... Santa Maria: SOSBAI, 2022. CBAI.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 170. | | KLIMAS, C. A; KAINER, K. A.; AZEVEDO, V. R.; CORREIA, M. F.; STAUDHAMMER, C.; LIMA, L. M. da S.; WADT, L. H. de O. Fenologia e produção de sementes de Carapa guianensis (andiroba): um estudo de 5 anos para definir as características das árvores e variáveis climáticas influenciando a produção de sementes. In: SEMINÁRIO ANUAL DE COOPERAÇÃO UFAC/UF, 2009, Rio Branco. Parcerias em pesquisa e ação para a conservação e desenvolvimento sustentável: anais. Rio Branco, AC: Ufac, 2009. p. 253. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 171. | | ROCHA, C. E. S. da; AZEVEDO, G. R.; SANTOS, M. C. V. G.; AZEVEDO, V. C. R.; PAPPAS, M. R.; CIAMPI, A. Y. Fluxo gênico entre Gossypium barbadense e Gossypium hirsutum, na região do Distrito Federal, analisado por meio de marcadores moleculares microssatélites. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2008, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia: Fundação de Apoio à Pesquisa Científica e Tecnológica - FUNCREDI, 2008. p.224.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 172. | | LEITE, D. de S.; SILVA, I. T. G.; ALMEIDA, D. A. de; RIBEIRO, P. G.; CIAMPI, A. Y.; AZEVEDO, V. C. R. Fluxo gênico entre gossypium barbadense e gossypium hirsutum da região do Distrito Federal e entorno. In: CONGRESSO BRASILEIRO DO ALGODÃO, 7., 2009, Foz do Iguaçu. Sustentabilidade da cotonicultura brasileira e expansão dos mercados: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2009. p. 1704-1708.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 173. | | LOBO, F. P.; RODRIGUES, M. R.; RODRIGUES, G. O. L.; HILÁRIO, H. O.; SOUZA, R. A.; TAUCH, A.; MIYOSHI, A.; FRANCO, G. C.; AZEVEDO, V.; FRANCO, G. R. KOMODO: a web tool for detecting and visualizing biased distribution of groups of homologous genes in monophyletic taxa. Nucleic Acids Research, Oxford, v. 40, p. W491-W497, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 174. | | VINSON, C. C.; AZEVEDO, V. C. R.; SILVA, M. B.; CIAMPI, A. Y.; SEBBENN, A.; KANASHIRO, M.; WADT, L. H. de O. Impacto do corte seletivo na diversidade genética de quatro espécies madeireiras amazônicas com diferentes características ecológicas e reprodutivas. In: In: CONFERENCIA DO SUBPROGRAMA DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA - SPC&T FASE II/PPG7, 2008, Belém. Anais... Brasília, DF: CNPq, 2009.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 175. | | VINSON, C. C.; AZEVEDO, V. C. R.; SILVA, M. B.; CIAMPI, A. Y.; SEBBENN, A.; KANASHIRO, M.; WADT, L. H. de O. Impacto do corte seletivo na diversidade genética de quatro espécies madeireiras amazônicas com diferentes características ecológicas e reprodutivas. In: CONFERÊNCIA DO SUBPROGRAMA DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA - SPC&T FASE II/PPG7, 2008, Belém, PA. Anais... Brasília, DF: CNPq, 2009. p. 339-346.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre; Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 176. | | GUEDES, M. T.; SOUZA, B. C.; SOUSA, T. J.; LOUREIRO, D.; MOURA-COSTA, L. F.; AZEVEDO, V.; MEYER, R.; PORTELA, R W. Infecção por Corynebacterium pseudotuberculosis em equinos: aspectos microbiológicos, clínicos e preventivos. Pesquisa Veterinária Brasileira, Brasília,DF, v.35, n.8, p.701-708, ago. 2015.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 177. | | GUSTINA, L. D.; BALDONI, A. B.; TONINI, H.; AZEVEDO, V. C. R.; NEVES, L. G.; TARDIN, F. D.; SEBBENN, A. M. Hierarchical outcrossing among and within fruits in Bertholletia excelsa Bonpl. (Lecythidaceae) open-pollinated seeds. Genetics and Molecular Research, v. 17, n. 1, p. 1-11, 2018. Article gmr16039872.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril; Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 178. | | GUSTINA, L. D.; BALDONI, A. B.; TONINI, H.; AZEVEDO, V. C. R.; NEVES, L. G.; TARDIN, F. D.; SEBBENN, A. M. Hierarchical outcrossing among and within fruits in Bertholletia excelsa Bonpl. (Lecythidaceae) open-pollinated seeds. Genetics and Molecular Research, v. 17, n. 1, p. 1-11, 2018. Article gmr16039872.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 180. | | MIYOSHI, A.; ROSINHA, G. M. S.; CAMARGO I. L. B. C.; TRANT, C. M. C.; CARDOSO, F. C.; AZEVEDO, V.; OLIVEIRA, S. C. The role of the vacB gene in the pathogenesis of Brucella abortus. Microbes and infections, v. 9, n. 3, p. 375-381, Mar. 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
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