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Biblioteca(s):  Embrapa Florestas.
Data corrente:  02/12/2015
Data da última atualização:  03/01/2018
Tipo da produção científica:  Artigo em Periódico Indexado
Autoria:  AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F.; RESENDE, M. D. V. de; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F.; GLÓRIA, L. S.
Afiliação:  C. F. AZEVEDO, Universidade Federal de Viçosa; M. NASCIMENTO, Universidade Federal de Viçosa; F. F. SILVA, Universidade Federal de Viçosa; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; P. S. LOPES, Universidade Federal de Viçosa; S. E. F. GUIMARÃES, Universidade Federal de Viçosa; L. S. GLÓRIA, Universidade Federal de Viçosa.
Título:  Comparison of dimensionality reduction methods to predict genomic breeding values for carcass traits in pigs.
Ano de publicação:  2015
Fonte/Imprenta:  Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 14, n. 4, p. 12217-12227, 2015.
DOI:  http://dx.doi.org/10.4238/2015.October.9.10
Idioma:  Inglês
Conteúdo:  A significant contribution of molecular genetics is the direct use of DNA information to identify genetically superior individuals. With this approach, genome-wide selection (GWS) can be used for this purpose. GWS consists of analyzing a large number of single nucleotide polymorphism markers widely distributed in the genome; however, because the number of markers is much larger than the number of genotyped individuals, and such markers are highly correlated, special statistical methods are widely required. Among these methods, independent component regression, principal component regression, partial least squares, and partial principal components stand out. Thus, the aim of this study was to propose an application of the methods of dimensionality reduction to GWS of carcass traits in an F2 (Piau x commercial line) pig population. The results show similarities between the principal and the independent component methods and provided the most accurate genomic breeding estimates for most carcass traits in pigs.
Palavras-Chave:  Componente de regressão independente; Componente principal de regressão; Componente principal parcial; Independent component regression; Partial least squares; Partial principal component; Principal component regression; Quadrados mínimos parciais.
Categoria do assunto:  --
URL:  https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/134673/1/2015-M.Deon-GMR-Comparison.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Florestas (CNPF)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status URL
CNPF54571 - 1UPCAP - DD
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1.Imagem marcado/desmarcadoAZEVEDO, C. F. Métodos de redução de dimensionalidade aplicados na seleção genômica para características de carcaça em suínos. 2012. 50 f. Dissertação (Magister Scientiae) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa, MG. Banca examinadora: Fabyano Fonseca e Silva (Orientador); Marcos Deon Vilela de Resende (Co-orientador); Carlos Souza do Nascimento; Paulo Sávio Lopes.
Tipo: Orientação de Tese de Pós-Graduação
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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2.Imagem marcado/desmarcadoRESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; SILVA, F. F. e. Análise estatística de dados longitudinais. In: RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; AZEVEDO, C. F. Estatística matemática, biométrica e computacional: modelos mistos, multivariados, categóricos e generalizados (REML/BLUP), inferência bayesiana, regressão, aleatória, seleção genômica, QTL, GWAS, estatística espacial e temporal, competição, sobrevivência. Viçosa, MG: UFV, 2014. p. 312-368.
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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3.Imagem marcado/desmarcadoRESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; AZEVEDO, C. F. Análise de sobrevivência e dados censurados. In: RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; AZEVEDO, C. F. Estatística matemática, biométrica e computacional: modelos mistos, multivariados, categóricos e generalizados (REML/BLUP), inferência bayesiana, regressão, aleatória, seleção genômica, QTL, GWAS, estatística espacial e temporal, competição, sobrevivência. Viçosa, MG: UFV, 2014. p. 595-626.
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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4.Imagem marcado/desmarcadoRESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; SILVA, F. F. e. Inferência bayesiana. In: RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; AZEVEDO, C. F. Estatística matemática, biométrica e computacional: modelos mistos, multivariados, categóricos e generalizados (REML/BLUP), inferência bayesiana, regressão, aleatória, seleção genômica, QTL, GWAS, estatística espacial e temporal, competição, sobrevivência. Viçosa, MG: UFV, 2014. p. 449-503.
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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5.Imagem marcado/desmarcadoMOURA, A. de A. A.; AZEVEDO, C. F.; LOBO, R. N. B.; MARTINS FILHO, R. Desenvolvimento ponderal de rebanhos Nelore e Guzerá no estado do Rio Grande do Norte. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 39, 2002. Recife. A produção animal e a sociedade brasileira: UFRPE: há 90 anos formando o profissional das Ciências Agrárias. Recife: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2002. 3 f. 1 CD-ROM.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos.
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6.Imagem marcado/desmarcadoRESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; LOPES, P. S.; AZEVEDO, C. F. Seleção genômica ampla (GWS) via modelos mistos (REML/BLUP), inferência Bayesiana (MCMC), regressão aleatória multivariada e estatística espacial. Viçosa, MG: UFV, 2012. 291 p. Livro eletrônico.
Tipo: Autoria/Organização/Edição de Livros
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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7.Imagem marcado/desmarcadoRESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; SILVA, F. F. e. Seleção genômica. In: RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; AZEVEDO, C. F. Estatística matemática, biométrica e computacional: modelos mistos, multivariados, categóricos e generalizados (REML/BLUP), inferência Bayesiana, regressão, aleatória, seleção genômica, QTL, GWAS, estatística espacial e temporal, competição, sobrevivência. Viçosa, MG: UFV, 2014. p. 627-768.
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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8.Imagem marcado/desmarcadoRESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; SILVA, F. F. e. Softwares ASREML e R. In: RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; AZEVEDO, C. F. Estatística matemática, biométrica e computacional: modelos mistos, multivariados, categóricos e generalizados (REML/BLUP), inferência bayesiana, regressão, aleatória, seleção genômica, QTL, GWAS, estatística espacial e temporal, competição, sobrevivência. Viçosa, MG: UFV, 2014. p. 769-807.
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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9.Imagem marcado/desmarcadoAZEVEDO, C. F. de; MOURA, A. de A. A.; LOBO, R. N. B.; MODESTO, E. C.; MARTINS FILHO, R. Avaliação de fatores não genéticos sobre características de peso em bovinos Nelore e Guzerá no Estado do Rio Grande do Norte. Revista Ciência Agronômica, Fortaleza, v. 36, n. 2, p. 227-236, maio/ago., 2005.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: Nacional - A
Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos.
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10.Imagem marcado/desmarcadoSILVEIRA, L. S.; MARTINS FILHO, S.; AZEVEDO, C. F.; BARBOSA, E. C.; RESENDE, M. D. V. de; TAKAHASHI, E. K. Bayesian models applied to genomic selection for categorical traits. Genetics and Molecular Research, v. 18, n. 4: gmr18490, 2019. 10 p.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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11.Imagem marcado/desmarcadoSUELA, M. M.; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; RESENDE, M. D. V. de. Regional heritability mapping and genome-wide association identify loci for rice traits. Crop Science, v. 62, n. 1, p. 1-48, 2022.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Café.
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12.Imagem marcado/desmarcadoAZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F. Regressão via componentes independentes aplicada à seleção genômica para características de carcaça em suínos. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 48, n. 6, p. 619-626, jun. 2013.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Unidades Centrais.
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13.Imagem marcado/desmarcadoSUELA, M. M.; LIMA, L. P.; AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e. Combined index of genomic prediction methods applied to productivity traits in rice. Ciência Rural, Santa Maria, v. 49, n. 6, e20181008, June 2019. 9 p.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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14.Imagem marcado/desmarcadoRESENDE, M. A. V. de; FREITAS, J. A. de; LANZA, M. A.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F. Divergência genética e índice de seleção via BLUP emacessos de algodoeiro para características tecnológicas da fibra. Pesquisa Agropecuária Tropical, v. 44, n. 3, p. 334-340, jul./set. 2014.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 2
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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15.Imagem marcado/desmarcadoLIMA, L. P.; AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e. Evaluation of Bayesian methods of genomic association via chromosomic regions using simulated data. Scientia Agricola, v. 79, n. 3, p. 1-10, 2022.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Café.
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16.Imagem marcado/desmarcadoRESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; RESENDE JÚNIOR, M. F. R.; AZEVEDO, C. F. Genome-Wide Association Studies (GWAS). In: BORÉM, A.; FRITSCHE-NETO, R. (Ed.). Biotechnology and plant breeding applications and approaches for developing improved cultivars. Amsterdam: Elsevier, 2014. p. 83-104.
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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17.Imagem marcado/desmarcadoRESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; RESENDE JÚNIOR, M. F. R.; AZEVEDO, C. F. Genome-Wide Selection (GWS). In: BORÉM, A.; FRITSCHE-NETO, R. (Ed.). Biotechnology and plant breeding applications and approaches for developing improved cultivars. Amsterdam: Elsevier, 2014. p. 105-133.
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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18.Imagem marcado/desmarcadoAZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, M.; FONTES, V. C.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; CRUZ, C. D. GenomicLand: software for genome-wide association studies and genomic prediction. Acta Scientiarum. Agronomy, v. 41, e45361, 2019. 7 p.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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19.Imagem marcado/desmarcadoRESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; SILVA, F. F. e; NASCIMENTO, M.; GOIS, I. B.; ALVES, R. S. Modelos hierárquicos generalizados lineares mistos (HGLMM), máxima verossimilhança hierárquica (HIML) e HG-BLUP: unificação das três classes de inferência (frequentista, fisheriana e bayesiana) na análise estatística em biometria e genética. Visconde do Rio Branco: Suprema, 2018. 150 p.
Tipo: Autoria/Organização/Edição de Livros
Biblioteca(s): Embrapa Florestas.
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20.Imagem marcado/desmarcadoRESENDE, R. T.; RESENDE, M. D. V.; SILVA, F. F.; AZEVEDO, C. F.; TAKAHASHI, E. K.; SILVA JUNIOR, O. B.; GRATTAPAGLIA, D. Assessing the expected response to genomic selection of individuals and families in Eucalyptus breeding with an additive-dominant model. Heredity, v. 119, p. 245-255, 2017.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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