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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
30/11/2020 |
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Data da última atualização: |
30/11/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
GERHARDT, I. R.; OKURA, V. K.; DANTE, R. A.; ARRUDA, P. |
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Afiliação: |
ISABEL RODRIGUES GERHARDT, CNPTIA; VAGNER K. OKURA, Unicamp; RICARDO AUGUSTO DANTE, CNPTIA; PAULO ARRUDA, Unicamp. |
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Título: |
A gene expression atlas of Vellozia nivea, a desiccation-tolerant species from the Brazilian campos rupestres. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 28., 2020, San Diego. Abstracts... Livingston, NJ: Scherago International, 2020. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
PE1028. |
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Conteúdo: |
Velloziaceae are an angiosperm family that contains the most desiccation-tolerant species (approximately 200 out of 270 species). More than 80% of the Velloziaceae species occur in South America, where the greatest morphological diversity is also found. The genus Vellozia comprises both desiccation-tolerant and non-desiccation-tolerant species, offering an excellent model for studying the evolution of desiccation- and drought-tolerance traits on plant genomes. To date, only limited genomic or transcript sequences are available for Velloziaceaespecies. Here we present a Vellozia nivea gene expression atlas across different plant organs and tissues, including flower, developing seeds, root, leaf, stem and seedling. Vellozia nivea is a desiccation-tolerant species, endemic to the Brazilian campos rupestres (rupestrian grasslands) and highly adapted to their extreme conditions. A total of 180.67 Gb of raw data were generated, and of these, 152.79 Gb were subjected to downstream analysis after quality control (QC). Vellozia niveade novotranscriptome assembly was performed with the Trinity bioinformatics tool, resulting in 684.615 contigs. After filtering contaminated sequence contigs from bacteria and fungi and removal of contigs with less than 10 sequence reads associated with the initial assembly, the transcriptome resulted in 195.512 remaining sequences. A GO enrichment analysis was performed on tissue‐specific transcripts. The Vellozia nivea transcriptome should be a useful resource for genome annotation and gene function discovery studies. MenosVelloziaceae are an angiosperm family that contains the most desiccation-tolerant species (approximately 200 out of 270 species). More than 80% of the Velloziaceae species occur in South America, where the greatest morphological diversity is also found. The genus Vellozia comprises both desiccation-tolerant and non-desiccation-tolerant species, offering an excellent model for studying the evolution of desiccation- and drought-tolerance traits on plant genomes. To date, only limited genomic or transcript sequences are available for Velloziaceaespecies. Here we present a Vellozia nivea gene expression atlas across different plant organs and tissues, including flower, developing seeds, root, leaf, stem and seedling. Vellozia nivea is a desiccation-tolerant species, endemic to the Brazilian campos rupestres (rupestrian grasslands) and highly adapted to their extreme conditions. A total of 180.67 Gb of raw data were generated, and of these, 152.79 Gb were subjected to downstream analysis after quality control (QC). Vellozia niveade novotranscriptome assembly was performed with the Trinity bioinformatics tool, resulting in 684.615 contigs. After filtering contaminated sequence contigs from bacteria and fungi and removal of contigs with less than 10 sequence reads associated with the initial assembly, the transcriptome resulted in 195.512 remaining sequences. A GO enrichment analysis was performed on tissue‐specific transcripts. The Vellozia nivea transcriptome should be a us... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Expressão gênica. |
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Thesaurus Nal: |
Gene expression; Vellozia. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/218412/1/PC-PE1028-PAGXXVIII-2020.pdf
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Marc: |
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520 $aVelloziaceae are an angiosperm family that contains the most desiccation-tolerant species (approximately 200 out of 270 species). More than 80% of the Velloziaceae species occur in South America, where the greatest morphological diversity is also found. The genus Vellozia comprises both desiccation-tolerant and non-desiccation-tolerant species, offering an excellent model for studying the evolution of desiccation- and drought-tolerance traits on plant genomes. To date, only limited genomic or transcript sequences are available for Velloziaceaespecies. Here we present a Vellozia nivea gene expression atlas across different plant organs and tissues, including flower, developing seeds, root, leaf, stem and seedling. Vellozia nivea is a desiccation-tolerant species, endemic to the Brazilian campos rupestres (rupestrian grasslands) and highly adapted to their extreme conditions. A total of 180.67 Gb of raw data were generated, and of these, 152.79 Gb were subjected to downstream analysis after quality control (QC). Vellozia niveade novotranscriptome assembly was performed with the Trinity bioinformatics tool, resulting in 684.615 contigs. After filtering contaminated sequence contigs from bacteria and fungi and removal of contigs with less than 10 sequence reads associated with the initial assembly, the transcriptome resulted in 195.512 remaining sequences. A GO enrichment analysis was performed on tissue‐specific transcripts. The Vellozia nivea transcriptome should be a useful resource for genome annotation and gene function discovery studies.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 3. | | GERHARDT, I. R.; OKURA, V. K.; DANTE, R. A.; ARRUDA, P. A gene expression atlas of Vellozia nivea, a desiccation-tolerant species from the Brazilian campos rupestres. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 28., 2020, San Diego. Abstracts... Livingston, NJ: Scherago International, 2020. PE1028.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 5. | | ARRUDA, P. A. P. de; COSTA, K. P. C. da; AMANCIO, C. O. da G. Mapeamento socioeconômico do pescador profissional artesanal do Pantanal: a Comunidade do Castelo, Corumbá, MS. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA PANTANAL E UNIVERSIDADE FEDERAL DE MATO GROSSO DO SUL, 3., SEMANA DE BIOLOGIA, 8. 2009, Corumbá. Resumos...Corumbá: Embrapa Pantanal, 2009. (Embrapa Pantanal. Documentos, 101). p. 36| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 15. | | FIGUEIRA, T. R. e S.; OKURA, V.; SILVA, F. R. da; SILVA, M. J. da; KUDRNA, D.; AMMIRAJU, J. S. S.; TALAG, J.; WING, R.; ARRUDA, P. A BAC library of the SP80-3280 sugarcane variety (saccharum sp.) and its inferred microsynteny with the sorghum genome. BMC Research Notes, v. 5, 2012. 11 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 16. | | ANJOS, M. H. G. dos; AMANCIO, C. O. da G.; AMÂNCIO, R.; COSTA, K. P. C.; ARRUDA, P.; DONATTI, M. A. Análise comparativa dos perfis socioeconômicos dos pescadores artesanais da zona rural e do perímetro urbano de Porto Murtinho, MS. SIMPÓSIO SOBRE RECURSOS NATURAIS E SOCIOECONÔMICOS DO PANTANAL, 5., 2010, Corumbá, MS. Anais... Corumbá: Embrapa Pantanal: UFMS; Campinas: ICS do Brasil, 2010. 1 CD-ROM SIMPAN 2010. Não paginado| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 18. | | SANTOS, S. F. dos; CÂNDIDO, M. J. D.; BOMFIM, M. A. D.; SEVERINO, L. S.; PEREIRA, L. P. da; ARRUDA, P. C. L. de. Efeito da inclusão de casca de mamona na dieta de cabras leiteiras sobre a produção e a composição físico-química do leite. In: SIMPÓSIO INTERNACIONAL SOBRE CAPRINOS E OVINOS DE CORTE, 3; FEIRA NACIONAL DO AGRONEGÓCIO DA CAPRINO-OVINOCULTURA DE CORTE, 2007, João Pessoa. Anais... João Pessoa: EMEPA-PB, 2007. 3 f. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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