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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agrobiologia. |
Data corrente: |
18/12/2023 |
Data da última atualização: |
18/12/2023 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
SILVA, C. G. N. da; MONTEIRO, E. de C.; DINIZ, P. P.; TERRA, L. A.; SCHWAB, S.; REIS, V. M.; ARAUJO, J. L. S. de; URQUIAGA, S. |
Afiliação: |
CLEUDISON GABRIEL NASCIMENTO DA SILVA, UFRRJ; EDEVALDO DE CASTRO MONTEIRO, UFRRJ; PRISCILA PEREIRA DINIZ, UFRRJ; LEONARDO ARAUJO TERRA, UFRRJ; STEFAN SCHWAB, CNPAB; VERONICA MASSENA REIS, CNPAB; JEAN LUIZ SIMOES DE ARAUJO, CNPAB; SEGUNDO SACRAMENTO U CABALLERO, CNPAB. |
Título: |
Designing and validation of specifc primers for the quantitative detection of bacteria in sugarcane inoculant. |
Ano de publicação: |
2023 |
Fonte/Imprenta: |
Brazilian Journal of Microbiology, v. 54, p. 2627–2640, 2023. |
ISSN: |
1678-4405 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Endophytic diazotrophic plant growth-promoting bacteria Herbaspirillum rubrisubalbicans (HCC103), Herbaspirillum seropedicae (HRC54), Paraburkholderia tropica (Ppe8T), Gluconacetobacter diazotrophicus (Pal5T), and Nitrospirillum amazonense (CBAmC) have been used as inoculants for sugarcane. The genome sequences of these strains were used to design a set of specifc primers for the real-time PCR (qPCR) assay. Primer specifcity was confrmed by conventional PCR using the genomic DNAs of 25 related bacterial species and the fve target strains. The qPCR assays were conducted using root and shoot samples from two sugarcane varieties (RB867515 and RB92579). These samples were collected both with and without inoculation, using the target strains specifed in this study. The sugarcane plants were grown in a greenhouse, utilizing a substrate composed of sterile sand and vermiculite in a 2:1 ratio, for a duration of 55 days. The primers designed for this study successfully amplifed target DNA fragments from each of the bacterial species, enabling their diferentiation at the species level. The total bacterial population present in the sugarcane quantifed using qPCR was on average 105.2 cells g−1 of fresh tissue. Across both evaluated varieties, it was observed that the population of inoculated bacteria tended to decrease over time and became more concentrated in the sugarcane roots compared to the aerial parts. The qPCR results suggest that both the host and the microbes infuence the endophytic population and the bacterial number decreases with plant age. MenosEndophytic diazotrophic plant growth-promoting bacteria Herbaspirillum rubrisubalbicans (HCC103), Herbaspirillum seropedicae (HRC54), Paraburkholderia tropica (Ppe8T), Gluconacetobacter diazotrophicus (Pal5T), and Nitrospirillum amazonense (CBAmC) have been used as inoculants for sugarcane. The genome sequences of these strains were used to design a set of specifc primers for the real-time PCR (qPCR) assay. Primer specifcity was confrmed by conventional PCR using the genomic DNAs of 25 related bacterial species and the fve target strains. The qPCR assays were conducted using root and shoot samples from two sugarcane varieties (RB867515 and RB92579). These samples were collected both with and without inoculation, using the target strains specifed in this study. The sugarcane plants were grown in a greenhouse, utilizing a substrate composed of sterile sand and vermiculite in a 2:1 ratio, for a duration of 55 days. The primers designed for this study successfully amplifed target DNA fragments from each of the bacterial species, enabling their diferentiation at the species level. The total bacterial population present in the sugarcane quantifed using qPCR was on average 105.2 cells g−1 of fresh tissue. Across both evaluated varieties, it was observed that the population of inoculated bacteria tended to decrease over time and became more concentrated in the sugarcane roots compared to the aerial parts. The qPCR results suggest that both the host and the microbes infuence the endo... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Diazotrophic bacteria; DPGPB quantifcation; Primers; Real Time PCR. |
Thesagro: |
Saccharum Officinarum. |
Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
Marc: |
LEADER 02399naa a2200277 a 4500 001 2159851 005 2023-12-18 008 2023 bl uuuu u00u1 u #d 022 $a1678-4405 100 1 $aSILVA, C. G. N. da 245 $aDesigning and validation of specifc primers for the quantitative detection of bacteria in sugarcane inoculant.$h[electronic resource] 260 $c2023 520 $aEndophytic diazotrophic plant growth-promoting bacteria Herbaspirillum rubrisubalbicans (HCC103), Herbaspirillum seropedicae (HRC54), Paraburkholderia tropica (Ppe8T), Gluconacetobacter diazotrophicus (Pal5T), and Nitrospirillum amazonense (CBAmC) have been used as inoculants for sugarcane. The genome sequences of these strains were used to design a set of specifc primers for the real-time PCR (qPCR) assay. Primer specifcity was confrmed by conventional PCR using the genomic DNAs of 25 related bacterial species and the fve target strains. The qPCR assays were conducted using root and shoot samples from two sugarcane varieties (RB867515 and RB92579). These samples were collected both with and without inoculation, using the target strains specifed in this study. The sugarcane plants were grown in a greenhouse, utilizing a substrate composed of sterile sand and vermiculite in a 2:1 ratio, for a duration of 55 days. The primers designed for this study successfully amplifed target DNA fragments from each of the bacterial species, enabling their diferentiation at the species level. The total bacterial population present in the sugarcane quantifed using qPCR was on average 105.2 cells g−1 of fresh tissue. Across both evaluated varieties, it was observed that the population of inoculated bacteria tended to decrease over time and became more concentrated in the sugarcane roots compared to the aerial parts. The qPCR results suggest that both the host and the microbes infuence the endophytic population and the bacterial number decreases with plant age. 650 $aSaccharum Officinarum 653 $aDiazotrophic bacteria 653 $aDPGPB quantifcation 653 $aPrimers 653 $aReal Time PCR 700 1 $aMONTEIRO, E. de C. 700 1 $aDINIZ, P. P. 700 1 $aTERRA, L. A. 700 1 $aSCHWAB, S. 700 1 $aREIS, V. M. 700 1 $aARAUJO, J. L. S. de 700 1 $aURQUIAGA, S. 773 $tBrazilian Journal of Microbiology$gv. 54, p. 2627–2640, 2023.
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Registro original: |
Embrapa Agrobiologia (CNPAB) |
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Registros recuperados : 163 | |
103. | | RADL, V.; ARAUJO, J. L. S. de; LEITE, J.; PASSOS, S. R.; MARTINS, L. M. V.; XAVIER, G. R.; RUMJANEK, N. G.; BALDANI, J. I.; ZILLI, J. E. Microvirga vignae sp. nov., a root nodule symbiotic bacterium isolated from cowpea grown in semi-arid of Brazil. International Journal os Systematic and Evolutionary Microbiology, 31 oct. 2013.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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104. | | CARVALHO, P. de A.; MENESES, C. H. S. G.; ROUWS, L. F. M.; ARAUJO, J. L. S. de; VIDAL, M. S.; BALDANI, J. I. Mutante de uma provável endoglicanase de Gluconacetobacter diazotrophicus PAL5 é defectivo na adesão em raízes de arroz. In:SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 10., 18 a 24 de outubro de 2010, Seropédica. Ciência para o Desenvolvimento Sustentável: anais... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2010.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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105. | | OSEI, O.; ARAUJO, J. L. S. de; ZILLI, J. E.; BODDEY, R. M.; AHIABOR, B. D. K.; ABAIDOO, R. C.; ROUWS, L. F. M. PCR assay for direct specific detection of Bradyrhizobium elite strain BR 3262 in root nodule extracts of soil-grown cowpea Plant and Soil, v. 417, n. 1–2, p. 535–548, 2017Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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106. | | VIDEIRA, S. S.; GALVAO, P. G.; MORAIS, R. F. de; BALDANI, J. I.; ARAÚJO, J. L. S. de; URQUIAGA, S.; BALDANI, V. L. D. Ocorrência de bactérias diazotróficas associadas a dois cultivares de capim-elefante. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 32.; 2 a 7 da agosto de 2009, Fortaleza. O solo e a produção de bionergia: perspectivas e desafios: trabalhos científicos.... Fortaleza: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2009.Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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107. | | VIDEIRA, S. S.; OLIVEIRA, D. M. de; BARROS, D. R.; BALDANI, J. I.; ARAUJO, J. L. S. de; BALDANI, V. L. D. Diversidade morfológica de bactérias diazotróficas oriundas de plantas de capim-elefante no Estado do rio de Janeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA, 25., 2009, Porto de Galinhas, PE. Anais... [São Paulo]: Sociedade Bras. de Microbiologia, 2009.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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108. | | SILVA, P. R. A.; ARAUJO, J. L. S. de; VIDAL, M. S.; CRUZ, L. M.; SOUZA, E. M. de; BALDANI, J. I. Draft genome sequence of Paraburkholderia tropica Ppe8 strain, a sugarcane endophytic diazotrophic bacterium. Brazilian Journal of Microbiology, v. 49, n. 2, p. 2010-2011, Apr./Jun. 2018.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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109. | | BALDANI, J. I.; CRUZ, L. M.; VIDAL, M. S.; ARAUJO, J. L. S. de; SCHWAB, S.; TEIXEIRA, K. R. dos S.; SOUZA, E. M.; PEDROSA, F. O.; FARINELLI. Draft genome sequente of six endophytic nittrogen-fixing bacteria with potential biofertilizer application in non-leguminous plants. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON BIOLOGICAL NITROGEN WITH NON-LEGUMES, 12.; INTERNATIONAL INCT SYMPOSIUM ON NITROGEN BIOLOGICAL FIXATION, 2., 03 a 8 de outubro, 2010, Búzios, RJ. Book of abstracts... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2010. Slll. 05Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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110. | | CORREIA, M. E. F.; PASSOS, S. R.; SOARES, L. H. de B.; ARAÚJO, J. L. S. de; MARTINS, C. M.; XAVIER, G. R.; RUMJANEK, N. G. Ecologia da interação entre fauna do solo e microrganismos no processo de decomposição de resíduos vegetais. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 32.; 2 a 7 da agosto de 2009, Fortaleza. O solo e a produção de bionergia: perspectivas e desafios: trabalhos científicos.... Fortaleza: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2009. 21pTipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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111. | | SOUSA, A. M. B. de; ARAUJO, J. L. S. de; LIMA, M. A. de; FREITAS, A. C. R. de; URQUIAGA, S.; ALVES, B. J. R. Efeito do nitrogênio na população de metanogênicas e emissões de metano, em diferentes cultivares de arroz irrigado. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 32.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 16.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 14.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 11., FERTBIO 2016. Goiânia. Rumo aos novos desafios: anais. Goiânia: UFG, 2016.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia; Embrapa Cocais. |
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112. | | SOUSA, A. M. B. de; ARAUJO, J. L. S. de; LIMA, M. A. de; FREITAS, A. C. R. de; URQUIAGA, S. S.; ALVES, B. J. R. Efeito do nitrogênio na população de metanogênicas e emissões de metano, em diferentes cultivares de arroz irrigado. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 32.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 16.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 14.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 11., 2016, Goiânia. Rumo aos novos desafios: anais... Goiânia: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2016. p. 1045-1046.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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113. | | ALVES, G. C.; GALISA, P. S.; MACEDO, A. V. de M.; SANTOS, C. L. R. dos; VIDAL, M. S.; ARAUJO, J. L. S. de. Differentially expressed genes in two maize genotypes inoculanted with herbaspirillum seropedicae In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON BIOLOGICAL NITROGEN WITH NON-LEGUMES, 12.; INTERNATIONAL INCT SYMPOSIUM ON NITROGEN BIOLOGICAL FIXATION, 2., 03 a 8 de outubro, 2010, Búzios, RJ. Book of abstracts... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2010. SlV. 07Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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114. | | SILVA, P. R. A.; VIDAL, M. S.; POLESE, V.; TADRA-SFEIR, M. Z.; ARAUJO, J. L. S. de; SOUZA, E. M.; BALDANI, J. I. Differential gene expression of diazotrophic burkholderia tropica PPE5 strain cultivated in sugarcane apoplast fluid In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 61., 2015, Águas de Lindóia. Resumos... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2015.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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115. | | BOA SORTE, P. M. F.; ARAUJO, J. L. S. de; MELO, L. V. de; GALISA, P. de S.; LEAL, L.; BALDANI, J. I.; BALDANI, V. L. D. Develpment of a real-time PCR assay for the detection and quantification on Gluconacetobacter diazotrophicus in sugarcane grown under field conditions. African Journal of Microbiology Research, v. 8, n. 31, p. 2937-2946, july, 2014Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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116. | | SILVA, C. G. N. da; MONTEIRO, E. de C.; DINIZ, P. P.; TERRA, L. A.; SCHWAB, S.; REIS, V. M.; ARAUJO, J. L. S. de; URQUIAGA, S. Designing and validation of specifc primers for the quantitative detection of bacteria in sugarcane inoculant. Brazilian Journal of Microbiology, v. 54, p. 2627–2640, 2023.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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117. | | SILVA, C. G. N. da; MONTEIRO, E. de C.; DINIZ, P. P.; TERRA, L. A.; SCHWAB, S.; REIS, V. M.; ARAUJO, J. L. S. de; URQUIAGA, S. Designing and validation of specific primers for the quantitative detection of bacteria in sugarcane inoculant. Brazilian Journal of Microbiology,, Published: 16 October 2023Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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119. | | CARVALHO, P. A.; MENESES, C. H. S. G.; ROUWS, L. F. M.; ARAUJO, J. L. S. de; VIDAL, M. S.; BALDANI, J. I. An eglA-like gene mutant of Gluconaceto bacter diazotrophicus PAL5 is defective in rice roots surfae attachment. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON BIOLOGICAL NITROGEN WITH NON-LEGUMES, 12.; INTERNATIONAL INCT SYMPOSIUM ON NITROGEN BIOLOGICAL FIXATION, 2., 03 a 8 de outubro, 2010, Búzios, RJ. Book of abstracts... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2010. SlV. 14Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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120. | | GALVÃO, P. G.; RODRIGUES, E. P.; ROUWS, L. F. M.; ARAUJO, J. L. S. de; VIDAL, M. S.; BALDANI, J. I. Geração e avaliação de um mutante nitB de Gluconacetobacter diazotrophicus. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 10., 18 a 24 de outubro de 2010, Seropédica. Ciência para o Desenvolvimento Sustentável: anais... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2010.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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