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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agrobiologia. |
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Data corrente: |
20/10/2023 |
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Data da última atualização: |
20/10/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SILVA, C. G. N. da; MONTEIRO, E. de C.; DINIZ, P. P.; TERRA, L. A.; SCHWAB, S.; REIS, V. M.; ARAUJO, J. L. S. de; URQUIAGA, S. |
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Afiliação: |
CLEUDISON GABRIEL NASCIMENTO DA SILVA, UFRRJ; EDEVALDO DE CASTRO MONTEIRO, UFRRJ; PRISCILA PEREIRA DINIZ, UFRRJ; LEONARDO ARAUJO TERRA, UFRRJ; STEFAN SCHWAB, CNPAB; VERONICA MASSENA REIS, CNPAB; JEAN LUIZ SIMOES DE ARAUJO, CNPAB; SEGUNDO SACRAMENTO U CABALLERO, CNPAB. |
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Título: |
Designing and validation of specific primers for the quantitative detection of bacteria in sugarcane inoculant. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Brazilian Journal of Microbiology,, Published: 16 October 2023 |
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ISSN: |
1678-4405 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Endophytic diazotrophic plant growth-promoting bacteria Herbaspirillum rubrisubalbicans (HCC103), Herbaspirillum seropedicae (HRC54), Paraburkholderia tropica (Ppe8 T ), Gluconacetobacter diazotrophicus (Pal5 T ), and Nitrospirillum amazonense (CBAmC) have been used as inoculants for sugarcane. The genome sequences of these strains were used to design a set of specific primers for the real-time PCR (qPCR) assay. Primer specificity was confirmed by conventional PCR using the genomic DNAs of 25 related bacterial species and the five target strains. The qPCR assays were conducted using root and shoot samples from two sugarcane varieties (RB867515 and RB92579). These samples were collected both with and without inoculation, using the target strains specified in this study. The sugarcane plants were grown in a greenhouse, utilizing a substrate composed of sterile sand and vermiculite in a 2:1 ratio, for a duration of 55 days. The primers designed for this study successfully amplified target DNA fragments from each of the bacterial species, enabling their differentiation at the species level. The total bacterial population present in the sugarcane quantified using qPCR was on average 105.2 cells g−1 of fresh tissue. Across both evaluated varieties, it was observed that the population of inoculated bacteria tended to decrease over time and became more concentrated in the sugarcane roots compared to the aerial parts. The qPCR results suggest that both the host and the microbes influence the endophytic population and the bacterial number decreases with plant age MenosEndophytic diazotrophic plant growth-promoting bacteria Herbaspirillum rubrisubalbicans (HCC103), Herbaspirillum seropedicae (HRC54), Paraburkholderia tropica (Ppe8 T ), Gluconacetobacter diazotrophicus (Pal5 T ), and Nitrospirillum amazonense (CBAmC) have been used as inoculants for sugarcane. The genome sequences of these strains were used to design a set of specific primers for the real-time PCR (qPCR) assay. Primer specificity was confirmed by conventional PCR using the genomic DNAs of 25 related bacterial species and the five target strains. The qPCR assays were conducted using root and shoot samples from two sugarcane varieties (RB867515 and RB92579). These samples were collected both with and without inoculation, using the target strains specified in this study. The sugarcane plants were grown in a greenhouse, utilizing a substrate composed of sterile sand and vermiculite in a 2:1 ratio, for a duration of 55 days. The primers designed for this study successfully amplified target DNA fragments from each of the bacterial species, enabling their differentiation at the species level. The total bacterial population present in the sugarcane quantified using qPCR was on average 105.2 cells g−1 of fresh tissue. Across both evaluated varieties, it was observed that the population of inoculated bacteria tended to decrease over time and became more concentrated in the sugarcane roots compared to the aerial parts. The qPCR results suggest that both the host and the microbes... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Diazotrophic bacteria; DPGPB quantification; Primers; Real Time PCR. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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Marc: |
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773 $tBrazilian Journal of Microbiology,, Published: 16 October 2023
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Registro original: |
Embrapa Agrobiologia (CNPAB) |
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| 101. |  | POLESE, V.; SILVA, P. R. A.; PESSOA, D. D. V.; TADRA-SFEIR, M. Z.; SOUZA, E. M.; ARAUJO, J. L. S. de; BALDANI, J. I.; VIDAL, M. S. Transcriptional profile of Herbaspirillum rubrisubalbicans in response of sugarcane apoplastic fluid. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland, New Zealand. Proceedings... Massey University, 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 102. | | SOARES, C. P.; MENESES, C. H. S. G; RODRIGUES, E. P.; ROUWS, L. F. M.; ARAUJO, J. L. S. de; VIDAL, M. S.; BALDANI, J. I. TonB mutant of Gluconacetobacter Diazotrophicus PAL5 is defective in biofilm formation. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON BIOLOGICAL NITROGEN WITH NON-LEGUMES, 12.; INTERNATIONAL INCT SYMPOSIUM ON NITROGEN BIOLOGICAL FIXATION, 2., 03 a 8 de outubro, 2010, Búzios, RJ. Book of abstracts... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2010. SlV.23| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 106. | | OSEI, O.; ARAUJO, J. L. S. de; ZILLI, J. E.; BODDEY, R. M.; AHIABOR, B. D. K.; ABAIDOO, R. C.; ROUWS, L. F. M. Strain specif PCR assay for determination of nodule occupancy grain legumes by the elite-strain BR 3262 in Ghana. In: REUNIÃO LATINOAMERICANA DE RIZOBIOLOGIA, 27., 2016, Londrina. Fortalecendo as parcerias Sul-Sul: anais. Curitiba: SBCS-NEPAR, 2016. 308 p. Editado por Mariangle Hungria, Douglas Fabiano Gomes, Arnaldo Colozzi Filho. RELAR 2016. p. 300| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 107. | | ZILLI, J. E.; ALVES, B. J. R.; ROUWS, L. F. M.; ARAUJO, J. L. S. de; SOARES, L. H. de B.; CASSAN. F; O HARA, G. The importance of denitrification performed by nitrogen-fixing bacteria used as inoculants South America. Plant and Soil,, v; 451, p. 5-24, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 108. | | SILVA, H. A. P da; GALISA, P. de S.; OLIVEIRA, R. S. da S.; VIDAL, M. S.; ARAUJO, J. L. S. de. Expressão gênica induzida por estresses abióticos em nódulos de feijão-caupi. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 47, n. 6, p. 797-807, jun. 2012. Titulo em inglês: Gene expression induced by abiotic stress in cowpea nodules.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 109. | | PASSOS, S. R.; CORREIA, M. E. F.; SOARES, L. H. de B.; ARAUJO, J. L. S. de; RUMJANEK, N. G.; XAVIER, G. R. Exploração do potencial biotecnológico da microbiota associada ao trato intestinal de Trigoniulus corallinus (Diplopoda). In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 10., 18 a 24 de outubro de 2010, Seropédica. Ciência para o Desenvolvimento Sustentável: anais... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 110. | | SOUSA, A. M. B. de; ARAUJO, J. L. S. de; LIMA, M. A. de; FREITAS, A. C. R. de; URQUIAGA, S.; ALVES, B. J. R. Efeito do nitrogênio na população de metanogênicas e emissões de metano, em diferentes cultivares de arroz irrigado. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 32.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 16.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 14.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 11., FERTBIO 2016. Goiânia. Rumo aos novos desafios: anais. Goiânia: UFG, 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia; Embrapa Cocais. |
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| 111. | | SOUSA, A. M. B. de; ARAUJO, J. L. S. de; LIMA, M. A. de; FREITAS, A. C. R. de; URQUIAGA, S. S.; ALVES, B. J. R. Efeito do nitrogênio na população de metanogênicas e emissões de metano, em diferentes cultivares de arroz irrigado. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 32.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 16.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 14.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 11., 2016, Goiânia. Rumo aos novos desafios: anais... Goiânia: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2016. p. 1045-1046.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 112. | | BOA SORTE, P. M. F.; ARAUJO, J. L. S. de; MELO, L. V. de; GALISA, P. de S.; LEAL, L.; BALDANI, J. I.; BALDANI, V. L. D. Develpment of a real-time PCR assay for the detection and quantification on Gluconacetobacter diazotrophicus in sugarcane grown under field conditions. African Journal of Microbiology Research, v. 8, n. 31, p. 2937-2946, july, 2014| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 113. | | GALVÃO, P. G.; RODRIGUES, E. P.; ROUWS, L. F. M.; ARAUJO, J. L. S. de; VIDAL, M. S.; BALDANI, J. I. Geração e avaliação de um mutante nitB de Gluconacetobacter diazotrophicus. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 10., 18 a 24 de outubro de 2010, Seropédica. Ciência para o Desenvolvimento Sustentável: anais... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 114. | | BALDANI, J. I.; GUEDES, H. V.; ROUWS, L. F. M.; VIDAL, M. S.; ARAUJO, J. L. S. de; SCHWAB, S.; TEIXEIRA, K. R. dos S. Gluconacetobacter dizotrophicus genome and its potential for biotechnological apllication In: REUNIÓN CIENTIFICO TÉCNICA DE BIOLOGIA DEL SUELO Y FIJACIÓN BIOLÓGICA DE NITRÓGENIO- REBIOS, 7., 2009, San Miguel de Tucaumán, AR. Libro de resúmenes...San Miguel de Tucaumán: Universidad Nacional de Tucumán, 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 115. | | VIDEIRA, S. S.; BORGES, W. L.; OLIVEIRA, D. M.; ARAUJO, J. L. S. de; BALDANI, J. I.; BALDANI, V. L. D. Genetic diversity of diazotrophic bacteria isolated from elephant-grass. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON BIOLOGICAL NITROGEN WITH NON-LEGUMES, 12.; INTERNATIONAL INCT SYMPOSIUM ON NITROGEN BIOLOGICAL FIXATION, 2., 03 a 8 de outubro, 2010, Búzios, RJ. Book of abstracts... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2010. Sll. 30| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 116. | | SILVA, P. R. A. da; SCHWAB, S.; ARAUJO, J. L. S. de; TEIXEIRA, K. R. dos S.; VIDAL, M. S.; BALDANI, J. I. Genômica funcional da bactéria diazotrófica Burkholderia tropica cultivada em líquido de apoplasto de cana-de-açúcar In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 12., 2012. Economia verde, sustentabilidade e erradicação da pobreza: caderno de resumos. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 117. | | RADL, V.; ARAUJO, J. L. S. de; LEITE, J.; PASSOS, S. R.; MARTINS, L. M. V.; XAVIER, G. R.; RUMJANEK, N. G.; BALDANI, J. I.; ZILLI, J. E. Microvirga vignae sp. nov., a root nodule symbiotic bacterium isolated from cowpea grown in semi-arid of Brazil. International Journal os Systematic and Evolutionary Microbiology, 31 oct. 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 118. | | GONÇALO, T. P.; SILVA, J. R. da; SILVA, H. A.; P. da; GALISA, P. de S.; VIDAL, M. S.; ARAÚJO, J. L. S. de. Isolamento e caracterização de genes do feijoeiro envolvidos na simbiose com Rhizobium tropici. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DOBEREINER, 9., 19 a 23 de outubro de 2009, Seropédica. Ciência no Brasil: desafios, avanços e aplicações. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2009.| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 120. | | GOLÇALO, T. P.; SILVA, R. da; SILVA, H. A. P. da; GALISA, P. de S.; VIDAL, M. S.; ARAUJO, J. L. S. de. Identificação de genes do feijoeiro envolvidos na simbiose com o Rhizobium tropici. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 10., 18 a 24 de outubro de 2010, Seropédica. Ciência para o Desenvolvimento Sustentável: anais... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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