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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
Data corrente: |
09/10/2020 |
Data da última atualização: |
09/10/2020 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; ROCHA, M. I. P.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; CARDOSO, T. F.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N.; MUDADU, M. de A.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
Afiliação: |
MARCELA MARIA DE SOUZA, UFSCar; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; MARINA IBELLI PEREIRA ROCHA, UFSCar; JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UFSCar; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, UFSCar; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO; ALINE SILVA MELLO CESAR, ESALQ/USP; JULIANA AFONSO, UFSCar; BRUNO GABRIEL NASCIMENTO ANDRADE, UFSCar; MAURICIO DE ALVARENGA MUDADU, CNPTIA; FABIANA BARICHELLO MOKRY, UFSCar; POLYANA CRISTINE TIZIOTO, NGS Soluções Genômicas, Piracicaba; PRISCILA SILVA NEUBERN DE OLIVEIRA; SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; LUIZ LEHMANN COUTINHO, ESALQ/USP; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
Título: |
Allele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes. |
Ano de publicação: |
2020 |
Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v. 10, n. 1, p. 1-11, 2020. |
DOI: |
https://doi.org/10.1038/S41598-020-67089-0 |
Idioma: |
Inglês |
Notas: |
Na publicação: Adhemar Zerlotini. Article number: 10204. |
Conteúdo: |
Differences between the expression of the two alleles of a gene are known as allele-specific expression (ASE), a common event in the transcriptome of mammals. Despite ASE being a source of phenotypic variation, its occurrence and effects on genetic prediction of economically relevant traits are still unexplored in bovines. Furthermore, as ASE events are likely driven by cis-regulatory mutations, scanning them throughout the bovine genome represents a significant step to elucidate the mechanisms underlying gene expression regulation. To address this question in a Bos indicus population, we built the ASE profile of the skeletal muscle tissue of 190 Nelore steers, using RNA sequencing data and SNPs genotypes from the Illumina BovineHD BeadChip (770 K bp). After quality control, 820 SNPs showed at least one sample with ASE. These SNPs were widespread among all autosomal chromosomes, being 32.01% found in 3'UTR and 31.41% in coding regions. We observed a considerable variation of ASE profile among individuals, which highlighted the need for biological replicates in ASE studies. Functional analysis revealed that ASE genes play critical biological functions in the development and maintenance of muscle tissue. Additionally, some of these genes were previously reported as associated with beef production and quality traits in livestock, thus indicating a possible source of bias on genomic predictions for these traits. |
Palavras-Chave: |
Allele-specific expression; Allelic expression; Expressão gênica; Regulação da expressão gênica. |
Thesagro: |
Bos Indicus. |
Thesaurus Nal: |
Gene expression regulation. |
Categoria do assunto: |
-- G Melhoramento Genético |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/216548/1/AP-Allele-specific-2020.pdf
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Marc: |
LEADER 02698naa a2200397 a 4500 001 2125395 005 2020-10-09 008 2020 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $ahttps://doi.org/10.1038/S41598-020-67089-0$2DOI 100 1 $aSOUZA, M. M. de 245 $aAllele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes.$h[electronic resource] 260 $c2020 500 $aNa publicação: Adhemar Zerlotini. Article number: 10204. 520 $aDifferences between the expression of the two alleles of a gene are known as allele-specific expression (ASE), a common event in the transcriptome of mammals. Despite ASE being a source of phenotypic variation, its occurrence and effects on genetic prediction of economically relevant traits are still unexplored in bovines. Furthermore, as ASE events are likely driven by cis-regulatory mutations, scanning them throughout the bovine genome represents a significant step to elucidate the mechanisms underlying gene expression regulation. To address this question in a Bos indicus population, we built the ASE profile of the skeletal muscle tissue of 190 Nelore steers, using RNA sequencing data and SNPs genotypes from the Illumina BovineHD BeadChip (770 K bp). After quality control, 820 SNPs showed at least one sample with ASE. These SNPs were widespread among all autosomal chromosomes, being 32.01% found in 3'UTR and 31.41% in coding regions. We observed a considerable variation of ASE profile among individuals, which highlighted the need for biological replicates in ASE studies. Functional analysis revealed that ASE genes play critical biological functions in the development and maintenance of muscle tissue. Additionally, some of these genes were previously reported as associated with beef production and quality traits in livestock, thus indicating a possible source of bias on genomic predictions for these traits. 650 $aGene expression regulation 650 $aBos Indicus 653 $aAllele-specific expression 653 $aAllelic expression 653 $aExpressão gênica 653 $aRegulação da expressão gênica 700 1 $aZERLOTINI NETO, A. 700 1 $aROCHA, M. I. P. 700 1 $aBRUSCADIN, J. J. 700 1 $aDINIZ, W. J. da S. 700 1 $aCARDOSO, T. F. 700 1 $aCESAR, A. S. M. 700 1 $aAFONSO, J. 700 1 $aANDRADE, B. G. N. 700 1 $aMUDADU, M. de A. 700 1 $aMOKRY, F. B. 700 1 $aTIZIOTO, P. C. 700 1 $aOLIVEIRA, P. S. N. de 700 1 $aNICIURA, S. C. M. 700 1 $aCOUTINHO, L. L. 700 1 $aREGITANO, L. C. de A. 773 $tScientific Reports$gv. 10, n. 1, p. 1-11, 2020.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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2. | | AQUINO, L. M. de; CONTEVILLE, L. C.; ANDRADE, B. G. N.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Identificação de genes de resistência e elementos móveis no microbioma ruminal e fecal de touros Nelore. JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA SÃO CARLOS, 15., 2023, São Carlos, SP. Anais [...]. São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Instrumentação, 2023. p. 40. (Embrapa Pecuária Sudeste, Eventos técnicos & científicos, 01). Organizadores: Cintia Righetti Marcondes; Daniel Souza Corrêa. Evento virtual.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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3. | | SILVA, W. DOS S.; CARDOSO, T. F.; ANDRADE, B. G. N.; SILVA, J. V.; CONTEVILLE, L. C.; AFONSO, J.; BRUSCADIN, J.; OKINO, C. H.; KAPRITCHKOFF, R. T. I.; CHAGAS, A. C. de S.; REGITANO, L. C. de A. Componentes do microbioma fecal e ruminal associados à suscetibilidade à infecção por Haemonchus contortus em ovinos Morada Nova. In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA SÃO CARLOS, 14., 2022, São Carlos, SP. Anais... São Carlos, SP: Embrapa Instrumentação; Embrapa Pecuária Sudeste, 2022. p. 77. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 73).Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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4. | | SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; ROCHA, M. I. P.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; CARDOSO, T. F.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N.; MUDADU, M. de A.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Allele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes. Scientific Reports, v. 10, n. 1, p. 1-11, 2020. Na publicação: Adhemar Zerlotini. Article number: 10204.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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5. | | BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; AFONSO, J.; SOUZA, M. M. de; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; SILVA, V. H. da; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Allele-specific expression reveals functional SNPs affecting muscle-related genes in bovine. Biochimica et Biophysica Acta. Gene Regulatory Mechanisms, v. 1865, n. 8, 194886, Nov. 2022.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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6. | | BUSS, C. E.; AFONSO, J.; OLIVEIRA, P. S. N. DE; PETRINI, J.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; GUSTANI-BUSS, E. C.; CARDOSO, T. F.; ROVADOSKI, G. A.; DINIZ, W. J. DA S.; LIMA, A. O. DE; ROCHA, M. I. P.; ANDRADE, B. G. N.; WOLF, J. B.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Bivariate GWAS reveals pleiotropic regions among feed efficiency and beef quality-related traits in Nelore cattle. Mammalian Genome, v. 34, p. 90-103, dec. 2022.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 4 |
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7. | | CARDOSO, T. F.; BRUSCADIN, J. J.; AFONSO, J.; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; OLIVEIRA, P. S. N. de; MALHEIROS, J. M.; ROCHA, M. I. P.; ZERLOTINI NETO, A.; FERRAZ, J. B. S.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. EEF1A1 transcription cofactor gene polymorphism is associated with muscle gene expression and residual feed intake in Nelore cattle. Mammalian Genome, v. 33, n. 4, p. 619-628, Dec. 2022.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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8. | | BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; AFONSO, J.; VIEIRA, D.; MALHEIROS, J. M.; ANDRADE, B. G. N.; PETRINI, J.; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Differential allele-specific expression revealed functional variants and candidate genes related to meat quality traits in B. indicus muscle. Genes, v. 13, n. 12, 2336, 2022.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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9. | | LIMA, A. O.; MALHEIROS, J. M.; AFONSO, J.; PETRINI, J.; COUTINHO, L. L.; DINIZ, W. J. da S.; DONATONI, F. A. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; RIBEIRO, J. A. S.; OLIVEIRA, K. S. de; ROCHA, M. I. P.; ANDRADE, B. G. N.; FUKUMASU, H.; BEIKI, H.; REECY, J. M.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURAO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Prune homolog 2 with BCH domain (PRUNE2) gene expression is associated with feed efficiency related traits in Nelore steers. Mammalian Genome, 2022.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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10. | | CARDOSO, T. F.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; BANERJEE, P.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N. B; MALHEIROS, J. M.; ZERLOTINI NETO, A.; VIEIRA, D. da S.; FERNANDES, A. C.; CESAR, A. S. M.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Integration of different omics layers with SNP-SNP interaction networks associated with methane emission in nelore cattle. In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 67., 2022, Natal. [Abstracts]. Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2022. p. 247. e-book. Na publicação: Adhemar Zerlotini.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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11. | | PAZ VENTERO, M.; CUADRAT, R. R. C.; VIDAL, I.; ANDRADE, B. G. N.; MOLINA-PARDINES, C.; HARI-MORENO, J. M.; COUTINHO, F. H.; MERINO, E.; REGITANO, L. C. de A.; SILVEIRA, C. B.; AFLI, H.; LÓPEZ-PÉREZ, M.; RODRÍGUEZ, J. C. Nasopharyngeal microbial communities of patients infected with SARS-CoV-2 that developed COVID-19. Frontiers in Microbiology, v.12, 637430, mar. 2021 10 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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12. | | CARDOSO, T. F.; COUTINHO, L. L.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; OLIVEIRA, P. S. N. de; POLETI, M. D.; CESAR, A. S. M.; SILVEIRA, J. C. DA; CHIARATTI, M. R.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Multi-omics approach reveals miR-SNPs affecting muscle fatty acids profile in Nelore cattle. Genes, v. 12, n. 1, p. 1-18, Jan. 2021. Article 67. Na publicação: Adhemar Zerlotini.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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13. | | AFONSO, J.; COUTINHO, L. L.; TIZIOTO, P. C.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; ROCHA, M. I. P.; BUSS, C, E.; ANDRADE, B. G. N. A.; PIAYA. O.; SILVA, J. V.; LINS, L. A.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. de A.; FORTES, M. R. S.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Muscle transcriptome analysis reveals genes and metabolic pathways related to mineral concentration in Bos indicus. Scientific Reports, v. 9, n. 12715, 2019.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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14. | | MALHEIROS, J. M.; CORREIA, B. S. B.; CERIBELI, C.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. S.; BANERJEE, P.; VIEIRA, D. S.; CARDOSO, T. F.; ANDRADE, B. G. N.; PETRINI, J.; CARDOSO, D. R.; COLNAGO, L. A.; BOGUSZ JUNIOR, S.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; PALHARES, J. C. P.; MEDEIROS, S. R. de; BERNDT, A.; REGITANO, L. C. de A. Ruminal and feces metabolites associated with feed efciency, water intake and methane emission in Nelore bulls. Scientifc Reports, v. 13, 18001, 2023. 13 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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15. | | ANDRADE, B. G. N.; DONATONI, F. A. B.; CUADRAT, R. R. C.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REECY, J. M.; KOLTES, J. E.; WALSH, P.; BERNDT, A.; PALHARES, J. C. P.; REGITANO, L. C. de A. The structure of microbial populations in Nelore GIT reveals inter-dependency of methanogens in feces and rumen. Journal of Animal Science and Biotechnology, v.11, n. 6, 2020. 10 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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16. | | ANDRADE, B. G. N.; DONATONI, F. A. B.; CUADRAT, R. R.; CARDOSO, T. F.; MALHEIROS, J. M.; OLIVEIRA, P. S. N. DE; PETRINI, J.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REECY, J. M.; KOLTES, J. E.; ZERLOTINI NETO, A.; MEDEIROS, S. R. de; BERNDT, A.; PALHARES, J. C. P.; AFLI, H.; REGITANO, L. C. de A. Stool and ruminal microbiome components associated with methane emission and feed efficiency in Nelore beef cattle. Frontiers in Genetics, v. 13, 812828, may, 2022. 12 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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