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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão. |
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Data corrente: |
10/09/2021 |
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Data da última atualização: |
24/02/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
VALDISSER, P. A. M. R.; MÜLLER, B. S. F.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; MORAIS JÚNIOR, O. P.; GUIMARÃES, C. M.; BORBA, T. C. O.; SOUZA, I. P. de; ZUCCHI, M. I.; NEVES, L. G.; COELHO, A. S. G.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. |
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Afiliação: |
PAULA ARIELLE M RIBEIRO VALDISSER, CNPAF; BÁRBARA S. F. MÜLLER, UNIVERSITY OF FLORIDA, Gainesville-FL; JANEO EUSTÁQUIO DE ALMEIDA FILHO, BAYER BRAZIL; ODILON PEIXOTO MORAIS JÚNIOR, UFG; CLEBER MORAIS GUIMARAES, CNPAF; TEREZA CRISTINA DE OLIVEIRA BORBA, CNPAF; ISABELA PAVANELLI DE SOUZA; MARIA IMACULADA ZUCCHI, AGRIBUSINESS TECHNOLOGY AGENCY, São Paulo; LEANDRO G. NEVES, RAPID GENOMICS, Gainesville-FL; ALEXANDRE S. G. COELHO, UFG; CLAUDIO BRONDANI, CNPAF; ROSANA PEREIRA VIANELLO, CNPAF. |
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Título: |
Genome-wide association studies detect multiple QTLs for productivity in mesoamerican diversity panel of common bean under drought stress. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Frontiers in Plant Science, v. 11, 574674, Nov. 2020. |
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ISSN: |
1664-462X |
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DOI: |
https://doi.org/10.3389/fpls.2020.574674 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Drought stress is an important abiotic factor limiting common bean yield, with great impact on the production worldwide. Understanding the genetic basis regulating beans? yield and seed weight (SW) is a fundamental prerequisite for the development of superior cultivars. The main objectives of this work were to conduct genome-wide marker discovery by genotyping a Mesoamerican panel of common bean germplasm, containing cultivated and landrace accessions of broad origin, followed by the identification of genomic regions associated with productivity under two water regimes using different genome-wide association study (GWAS) approaches. A total of 11,870 markers were genotyped for the 339 genotypes, of which 3,213 were SilicoDArT and 8,657 SNPs derived from DArT and CaptureSeq. The estimated linkage disequilibrium extension, corrected for structure and relatedness (r2sv), was 98.63 and 124.18 kb for landraces and breeding lines, respectively. Germplasm was structured into landraces and lines/cultivars. We carried out GWASs for 100-SW and yield in field environments with and without water stress for 3 consecutive years, using single-, segment-, and gene-based models. Higher number of associations at high stringency was identified for the SW trait under irrigation, totaling ~185 QTLs for both single- and segment-based, whereas gene-based GWASs showed ~220 genomic regions containing ~650 genes. For SW under drought, 18 QTLs were identified for single- and segment-based and 35 genes by gene-based GWASs. For yield, under irrigation, 25 associations were identified, whereas under drought the total was 10 using both approaches. In addition to the consistent associations detected across experiments, these GWAS approaches provided important complementary QTL information (~221 QTLs; 650 genes; r2 from 0.01% to 32%). Several QTLs were mined within or near candidate genes playing significant role in productivity, providing better understanding of the genetic mechanisms underlying these traits and making available molecular tools to be used in marker-assisted breeding. The findings also allowed the identification of genetic material (germplasm) with better yield performance under drought, promising to a common bean breeding program. Finally, the availability of this highly diverse Mesoamerican panel is of great scientific value for the analysis of any relevant traits in common bean. MenosDrought stress is an important abiotic factor limiting common bean yield, with great impact on the production worldwide. Understanding the genetic basis regulating beans? yield and seed weight (SW) is a fundamental prerequisite for the development of superior cultivars. The main objectives of this work were to conduct genome-wide marker discovery by genotyping a Mesoamerican panel of common bean germplasm, containing cultivated and landrace accessions of broad origin, followed by the identification of genomic regions associated with productivity under two water regimes using different genome-wide association study (GWAS) approaches. A total of 11,870 markers were genotyped for the 339 genotypes, of which 3,213 were SilicoDArT and 8,657 SNPs derived from DArT and CaptureSeq. The estimated linkage disequilibrium extension, corrected for structure and relatedness (r2sv), was 98.63 and 124.18 kb for landraces and breeding lines, respectively. Germplasm was structured into landraces and lines/cultivars. We carried out GWASs for 100-SW and yield in field environments with and without water stress for 3 consecutive years, using single-, segment-, and gene-based models. Higher number of associations at high stringency was identified for the SW trait under irrigation, totaling ~185 QTLs for both single- and segment-based, whereas gene-based GWASs showed ~220 genomic regions containing ~650 genes. For SW under drought, 18 QTLs were identified for single- and segment-based and 35 genes... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Candidate markers; CaptureSeq; DArTseq markers; Genetic diversity; GWAS; Seed-weight. |
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Thesagro: |
Feijão; Marcador Molecular; Phaseolus Vulgaris; Resistência a Seca. |
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Thesaurus Nal: |
Beans; Genetic markers; Seed yield. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/225833/1/fps.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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| Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril; Embrapa Gado de Leite. |
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| 22. | | ALMEIDA FILHO, J. E. de; SOARES, D. C. de P.; SILVA, E. A.; CANDIDO, L. S.; TARDIN, F. D.; SOUZA, S. A. de; GODINHO, V. de P. C.; CARDOSO, M. J. Adaptabilidade e estabilidade produtiva em híbridos simples de sorgo granífero (Sorghum bicolor). In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 28.; SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE A LAGARTA DO CARTUCHO, 4., 2010, Goiânia. Resumos expandidos... Goiânia: ABMS, 2010. p.2588-2594. CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Rondônia. |
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| 23. | | ALMEIDA FILHO, J. E. de; SOARES, D. C. de P.; SILVA, E. A.; CANDIDO, L. S.; TARDIN, F. D.; SOUZA S. A. de; GODINHO, V. de P. C.; CARDOSO, M. J. Adaptabilidade e estabilidade produtiva em híbridos simples de sorgo granífero (Sorghum bicolor). In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 28.; SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE A LAGARTA DO CARTUCHO, 4., 2010, Goiânia. Potencialidades, desafios e sustentabilidade: resumos expandidos... Sete Lagoas: ABMS, 2010. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte; Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 24. | | DAHER, R. F.; CUNHA, R. C. V. da; ARAÚJO, V. da S.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; GRAVINA, G. de A.; LEDO, F. J. da S.; GOTTARDO, R. D. Análise de estabilidade da produção forrageira de genótipos de capim-elefante avaliados em Campos dos Goytacazes - RJ. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 606-610| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 25. | | MARINHO, C. D.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; FERREIRA, K. C. Z.; ROSSE, L. N.; SANSALONI, C. P.; PETROLLI, C. D.; GRATTAPAGLIA, D. Validação cruzada e independente na seleção genômica ampla. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 84-87.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 26. | | MARINHO, C. D.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; FERREIRA, K. C. Z.; ROSSE, L. N.; SANSALONI, C. P.; PETROLLI, C. D.; GRATTAPAGLIA, D. Validação cruzada e independente na seleção genômica ampla. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 84-87.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 27. | | ALMEIDA FILHO, J. E. de A.; GUIMARÃES, J. F. R.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; MUÑOZ, P.; KIRST, M.; RESENDE JÚNIOR, M. F. R. de. Genomic prediction of additive and non-additive effects using genetic markers and pedigrees. G3: Genes, Genomes, Genetics, v. 9, p. 2739-2748, Aug. 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 29. | | AGUIAR, A. V. de; TEIXEIRA-FREITAS, D. M. A.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; SOUSA, V. A. de; RESENDE, M. D. V. de; SILVA JUNIOR, O. B. da; GRATTAPAGLIA, D. Genomic prediction of growth traits in Pinus taeda using genome-wide sequence-based DArT-seq markers. In: IUFRO TREE BIOTECHNOLOGY CONFERENCE, 2015, Florence. Forests: the importance to the planet and society. [S.l.]: IBBR: ICCOM, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 30. | | AGUIAR, A. V. de; TEIXEIRA-FREITAS, D. M. A.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; SOUSA, V. A. de; RESENDE, M. D. V. de; SILVA JUNIOR, O. B. da; GRATTAPAGLIA, D. Genomic prediction of growth traits in Pinus taeda using genome-wide sequence-based DArT-seq markers. In: IUFRO TREE BIOTECHNOLOGY CONFERENCE, 2015, Florence. Forests: the importance to the planet and society. [S.l.]: IBBR: ICCOM, 2015. Pen-drive.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 34. | | ALMEIDA FILHO, J. E. de; AZEVEDO, C. F.; MARINHO, C. D.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; FERREIRA, K. C. Z.; ROSSE, L. N.; SANSALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; GRATTAPAGLIA, D. Parametrizações em marcadores dominantes para seleção genômica ampla em eucalipto. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 13-16.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 35. | | ALMEIDA FILHO, J. E. de; AZEVEDO, C. F.; MARINHO, C. D.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; FERREIRA, K. C. Z.; ROSSE, L. N.; SANSALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; GRATTAPAGLIA, D. Parametrizações em marcadores dominantes para seleção genômica ampla em eucalipto. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 13-16.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 36. | | ALMEIDA FILHO, J. E.; TARDIN, F. D.; GUIMARAES, J. F. R.; RESENDE, M. D. V.; SILVA, F. F.; SIMEONE, M. L. F.; MENEZES, C. B. de; QUEIROZ, V. A. V. Multi-trait BLUP model indicates sorghum hybrids with genetic potential for agronomic and nutritional traits. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 15, n. 1, p. 1-9, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 37. | | VALDISSER, P. A. M. R.; PEREIRA, W. J.; ALMEIDA FILHO, J. E.; MÜLLER, B. S. F.; COELHO, G. R. C.; MENEZES, I. P. P. de; VIANNA, J. P. G.; ZUCCHI, M. I.; LANNA, A. C.; COELHO, A. S. G.; OLIVEIRA, J. P. de; MORAES, A. da C.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. In-depth genome characterization of a Brazilian common bean core collection using DArTseq high-density SNP genotyping. BMC Genomics, v. 18, Article 423, 30 mai. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 38. | | VALDISSER, P. A. M. R.; MÜLLER, B. S. F.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; MORAIS JÚNIOR, O. P.; GUIMARÃES, C. M.; BORBA, T. C. O.; SOUZA, I. P. de; ZUCCHI, M. I.; NEVES, L. G.; COELHO, A. S. G.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. Genome-wide association studies detect multiple QTLs for productivity in mesoamerican diversity panel of common bean under drought stress. Frontiers in Plant Science, v. 11, 574674, Nov. 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 39. | | TARDIN, F. D.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; DAHER, R. F.; MENEZES, C. B. de; SILVA, K. J. da; PAULA, C. M. de; XAVIER NETO, J. B.; ALBUQUERQUE, C. J. B.; BASTOS, E. A.; CARDOSO, M. J.; GODINHO, V. de P. C.; ANDRADE, F. F.; LOPES, V. da S.; SCHAFFERT, R. E. Desempenho agronômico de híbridos de sorgo granífero cultivados em vários ambientes brasileiros. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 29., 2012, Águas de Lindóia. Diversidade e inovações na era dos transgênicos: resumos expandidos. Campinas: Instituto Agronômico; Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2012. p. 3141-3147. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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