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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
Data corrente: |
03/05/2021 |
Data da última atualização: |
12/08/2021 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
BRUSCADIN, J. J.; SOUZA, M. M. DE; OLIVEIRA, K. S. DE; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; CARDOSO, T. F.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; NICIURA, S. C. M.; REGITANO, L. C. de A. |
Afiliação: |
JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UFSCAR; MARCELA MARIA DE SOUZA, Iowa State University; KARINA SANTOS DE OLIVEIRA, UFSCAR; MARINA IBELLI PEREIRA ROCHA, UFSCAR; JULIANA AFONSO, USP ESALQ; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO, FAPESP; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; LUIZ LEHMANN COUTINHO, USP ESALQ; SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
Título: |
Muscle allele-specifc expression QTLs may afect meat quality traits in Bos indicus. |
Ano de publicação: |
2021 |
Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v.11, p.1-14, 2021. |
DOI: |
https://doi.org/10.1038/s41598-021-86782-2 |
Idioma: |
Inglês |
Notas: |
Article number: 7321. |
Conteúdo: |
Single nucleotide polymorphisms (SNPs) located in transcript sequences showing allele-specifc expression (ASE SNPs) were previously identifed in the Longissimus thoracis muscle of a Nelore (Bos indicus) population consisting of 190 steers. Given that the allele-specifc expression pattern may result from cis-regulatory SNPs, called allele-specifc expression quantitative trait loci (aseQTLs), in this study, we searched for aseQTLs in a window of 1 Mb upstream and downstream from each ASE SNP. After this initial analysis, aiming to investigate variants with a potential regulatory role, we further screened our aseQTL data for sequence similarity with transcription factor binding sites and microRNA (miRNA) binding sites. These aseQTLs were overlapped with methylation data from reduced representation bisulfte sequencing (RRBS) obtained from 12 animals of the same population. We identifed 1134 aseQTLs associated with 126 diferent ASE SNPs. For 215 aseQTLs, one allele potentially afected the afnity of a muscle-expressed transcription factor to its binding site. 162 aseQTLs were predicted to afect 149 miRNA binding sites, from which 114 miRNAs were expressed in muscle. Also, 16 aseQTLs were methylated in our population. Integration of aseQTL with GWAS data revealed enrichment for traits such as meat tenderness, ribeye area, and intramuscular fat . To our knowledge, this is the frst report of aseQTLs identifcation in bovine muscle. Our fndings indicate that various cis-regulatory and epigenetic mechanisms can afect multiple variants to modulate the allelic expression. Some of the potential regulatory variants described here were associated with the expression pattern of genes related to interesting phenotypes for livestock. Thus, these variants might be useful for the comprehension of the genetic control of these phenotypes. MenosSingle nucleotide polymorphisms (SNPs) located in transcript sequences showing allele-specifc expression (ASE SNPs) were previously identifed in the Longissimus thoracis muscle of a Nelore (Bos indicus) population consisting of 190 steers. Given that the allele-specifc expression pattern may result from cis-regulatory SNPs, called allele-specifc expression quantitative trait loci (aseQTLs), in this study, we searched for aseQTLs in a window of 1 Mb upstream and downstream from each ASE SNP. After this initial analysis, aiming to investigate variants with a potential regulatory role, we further screened our aseQTL data for sequence similarity with transcription factor binding sites and microRNA (miRNA) binding sites. These aseQTLs were overlapped with methylation data from reduced representation bisulfte sequencing (RRBS) obtained from 12 animals of the same population. We identifed 1134 aseQTLs associated with 126 diferent ASE SNPs. For 215 aseQTLs, one allele potentially afected the afnity of a muscle-expressed transcription factor to its binding site. 162 aseQTLs were predicted to afect 149 miRNA binding sites, from which 114 miRNAs were expressed in muscle. Also, 16 aseQTLs were methylated in our population. Integration of aseQTL with GWAS data revealed enrichment for traits such as meat tenderness, ribeye area, and intramuscular fat . To our knowledge, this is the frst report of aseQTLs identifcation in bovine muscle. Our fndings indicate that various cis-regulatory and ... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Animal biotechnology; Functional genomics; Gene regulation. |
Thesaurus Nal: |
Animal breeding; Gene expression; Genetic markers; Genetics; Genome; Genomics; Genotype. |
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/225126/1/Muscle-Allele-Specifc.pdf
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Marc: |
LEADER 02915naa a2200373 a 4500 001 2131644 005 2021-08-12 008 2021 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $ahttps://doi.org/10.1038/s41598-021-86782-2$2DOI 100 1 $aBRUSCADIN, J. J. 245 $aMuscle allele-specifc expression QTLs may afect meat quality traits in Bos indicus.$h[electronic resource] 260 $c2021 500 $aArticle number: 7321. 520 $aSingle nucleotide polymorphisms (SNPs) located in transcript sequences showing allele-specifc expression (ASE SNPs) were previously identifed in the Longissimus thoracis muscle of a Nelore (Bos indicus) population consisting of 190 steers. Given that the allele-specifc expression pattern may result from cis-regulatory SNPs, called allele-specifc expression quantitative trait loci (aseQTLs), in this study, we searched for aseQTLs in a window of 1 Mb upstream and downstream from each ASE SNP. After this initial analysis, aiming to investigate variants with a potential regulatory role, we further screened our aseQTL data for sequence similarity with transcription factor binding sites and microRNA (miRNA) binding sites. These aseQTLs were overlapped with methylation data from reduced representation bisulfte sequencing (RRBS) obtained from 12 animals of the same population. We identifed 1134 aseQTLs associated with 126 diferent ASE SNPs. For 215 aseQTLs, one allele potentially afected the afnity of a muscle-expressed transcription factor to its binding site. 162 aseQTLs were predicted to afect 149 miRNA binding sites, from which 114 miRNAs were expressed in muscle. Also, 16 aseQTLs were methylated in our population. Integration of aseQTL with GWAS data revealed enrichment for traits such as meat tenderness, ribeye area, and intramuscular fat . To our knowledge, this is the frst report of aseQTLs identifcation in bovine muscle. Our fndings indicate that various cis-regulatory and epigenetic mechanisms can afect multiple variants to modulate the allelic expression. Some of the potential regulatory variants described here were associated with the expression pattern of genes related to interesting phenotypes for livestock. Thus, these variants might be useful for the comprehension of the genetic control of these phenotypes. 650 $aAnimal breeding 650 $aGene expression 650 $aGenetic markers 650 $aGenetics 650 $aGenome 650 $aGenomics 650 $aGenotype 653 $aAnimal biotechnology 653 $aFunctional genomics 653 $aGene regulation 700 1 $aSOUZA, M. M. DE 700 1 $aOLIVEIRA, K. S. DE 700 1 $aROCHA, M. I. P. 700 1 $aAFONSO, J. 700 1 $aCARDOSO, T. F. 700 1 $aZERLOTINI NETO, A. 700 1 $aCOUTINHO, L. L. 700 1 $aNICIURA, S. C. M. 700 1 $aREGITANO, L. C. de A. 773 $tScientific Reports$gv.11, p.1-14, 2021.
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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Registros recuperados : 51 | |
2. | | MENDONCA, C. L.; KOHAYAGAWA, A.; SCHENK, M. A. M.; MADRUGA, C. R.; AFONSO, J. A. B. Avaliacao da medula ossea em bezerros nelores infectados experimentalmente com isolados de Babesia bigemina das regios Sudoeste, Nordeste e Norte do Brasil. In: SEMINARIO BRASILEIRO DE PARASITOLOGIA VETERINARIA, 11., SEMINARIO DE PARASITOLOGIA VETERINARIA DOS PAISES DO MERCOSUL, 2; SIMPOSIO DE CONTROLE INTEGRADO DE PARASITOS DE BOVINOS, 1., 1999, Salvador. Anais... Ilheus: Colegio Brasileiro de Parasitolgia Veterinaria, [1999?]. p.202. CNPGC. Resumos TL-PB-347.Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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3. | | MENDONCA, C. L.; KOHAYAGAWA, A.; SCHENK, M. A. M.; MADRUGA, C. R. AFONSO, J. A. B. Avaliacao clinica e hematologica de bezerros nelores infectados experimentalmente com isolados de Babesia bigemina das regioes Sudeste, Nordeste e Norte do Brasil. In: SEMINARIO BRASILEIRO DE PARASITOLOGIA VETERINARIA, 11., SEMINARIO DE PARASITOLOGIA VETERINARIA DOS PAISES DO MERCOSUL, 2; SIMPOSIO DE CONTROLE INTEGRADO DE PARASITOS DE BOVINOS, 1., 1999, Salvador. Anais... Ilheus: Colegio Brasileiro de Parasitolgia Veterinaria, [1999?]. p.202. CNPGC. Resumo TL-PB-346.Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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4. | | OLIVEIRA, K. S. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; MELO, A. L. de; REGITANO, L. C. de A. Variantes da região promotora do gene KCNJ11 em bovinos da raça Nelore. In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA SÃO CARLOS, 10., 2018, São Carlos, SP. Anais... São Carlos, SP: Embrapa Instrumentação; Embrapa Pecuária Sudeste, 2018. p. 26. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 68). Editores técnicos: Daniel Souza Corrêa, Elaine Cristina Paris, Maria Alice Martins, Paulino Ribeiro Villas Boas, Wilson Tadeu Lopes da Silva.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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5. | | OLIVEIRA, K. S. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; CARDOSO, T. F.; BRUSCADIN, J. J.; REGITANO, L. C. de A. Associação entre variantes cis regulatórias do gene KCNJ11e características econômicas em bovinos Nelore. In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA SÃO CARLOS, 11., 2019, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Pecuária Sudeste: Embrapa Instrumentação, 2019. p.23Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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6. | | SILVA FILHO, A. P.; MENDONÇA, C. L.; SOUTO, R. J. C.; SILVA, R. J.; SOARES, P. C.; AFONSO, J. A. B. Indicadores bioquímico e hormonal de vacas leiteiras mestiças sadias e doentes durante o final da gestação e o início da lactação. Pesquisa Veterinária Brasileira, Rio de Janeiro, v. 37, n. 11, p. 1229-1240, novembro. 2017. Título em inglês: Biochemical and hormonal indicators from healthy and sickly crossbred dairy cows during late pregnancy and early lactation.Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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8. | | LEMOS, V. F.; GUARANÁ, E. L. S.; AFONSO, J. A. B.; FAGLIARI, J. J.; SILVA, P. C.; SOARES P. C.; MENDONÇA, C. L. de. Effects of intramammary infection on whey proteinograms os sheep during lactation. Pesquisa Veterinária Brasileira, Brasília, DF, v. 35, n. 3, p. 230-236, mar. 2015.Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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9. | | ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M. Allele-specific gene expression in liver of Nelore cattle extremes for feed efficiency. In: INTERNATIONAL SOCIETY FOR ANIMAL GENETICS CONFERENCE, 36., 2017, Dublin. Proceedings... Dublin: University College Dublin, 2017. p. 156 - 157.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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10. | | VIGNATO, B. S.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; MOREIRA, G. C. M.; POLETI, M. D.; PETRINI, J.; GARCIA, I. S.; CLEMENTE, L. G.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L. Integrative analysis between genome-wide association study and expression quantitative trait Loci reveals bovine muscle gene expression regulatory polymorphisms associated with intramuscular fat and backfat thickness. Frontiers in Genetics, v. 13, 935238, aug. 2022. 15 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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11. | | DINIZ, W. J. da S.; BANERJEE, P.; MAZZONI, G.; COUTINHO, L. L.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. de A.; KADARMIDEEN, H. N.; REGITANO, L. C. de A. Interplay among miR-29 family, mineral metabolism, and gene regulation in Bos indicus muscle. Molecular Genetics and Genomics, v. 295, p. 1113-1127, may. 2020.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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12. | | ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; DINIZ, W. J. S.; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. N. de; REGITANO, L. C. de A.; KOLTES, J. E.; NICIURA, S. C. M. Liver DNA methylation profile in Nelore cattle extremes for feed efficiency. In: WORKSHOP DO PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM GENÉTICA EVOLUTIVA E BIOLOGIA MOLECULAR, 1., 2019, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: UFSCAR, 2019. p.64Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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13. | | SILVA, W. DOS S.; CARDOSO, T. F.; ANDRADE, B. G. N.; SILVA, J. V.; CONTEVILLE, L. C.; AFONSO, J.; BRUSCADIN, J.; OKINO, C. H.; KAPRITCHKOFF, R. T. I.; CHAGAS, A. C. de S.; REGITANO, L. C. de A. Componentes do microbioma fecal e ruminal associados à suscetibilidade à infecção por Haemonchus contortus em ovinos Morada Nova. In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA SÃO CARLOS, 14., 2022, São Carlos, SP. Anais... São Carlos, SP: Embrapa Instrumentação; Embrapa Pecuária Sudeste, 2022. p. 77. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 73).Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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14. | | DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; ROCHA, M. I. P.; LIMA, A. O. de; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Co-expression network analysis identifies genes associated with iron content in bovine muscle. In: WORKSHOP ON OMICS STRATEGIES APPLIED TO LIVESTOCK SCIENCE, 1., 2017, Piracicaba, SP. Proceedings... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste, 2017. p. 19. (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 125) Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti,...Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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15. | | DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; ROCHA, M. I. P.; LIMA, A. O. de; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Co-expression network analysis identifies genes associated with meat tenderness. In: INTERNATIONAL SOCIETY FOR ANIMAL GENETICS CONFERENCE, 36., 2017, Dublin. Proceedings... Dublin: University College Dublin, 2017. p. 144.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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16. | | BUSS, C. E.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; MUDADU, M. de A.; CESAR, A. S. M.; VENTURA, R. V.; AFONSO, J.; LIMA, A. O. de; COUTINHO, L. L.; TULLIO, R. R.; REGITANO, L. C. de A. Genome-wide efficient mixed-model study for meat quality in Nellore cattle. Journal of Animal Science, v. 94, e-suppl. 5; Journal of Dairy Science, v. 99, e-suppl. 1, p. 159, jul. 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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17. | | BUSS, C. E.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; MUDADU, M. de A.; CESAR, A. S. M.; VENTURA, R. V.; AFONSO, J.; LIMA, A. O. D.; COUTINHO, L. L.; TULLIO, R. R.; REGITANO, L. C. de A. Genome-wide efficient mixed-model study for meat quality in Nellore cattle. Journal of Animal Science, v. 94, p. 428-429, 2016. Supplement 5. Na publicação: M. A. Mudadu.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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