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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
25/01/2011 |
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Data da última atualização: |
17/06/2011 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
NASCIMENTO, L. C.; COSTA, G. G. L.; MEYER, L.; BINNECK, E.; RODRIGUES, F.; KULCHESKI, F. R.; MARGIS, R.; KIDO, E. A.; MARCELINO, F. C.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F. |
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Afiliação: |
L. C. NASCIMENTO, Universidade Estadual de Campinas; G. G. L. COSTA, Universidade Estadual de Campinas; L. MEYER, Universidade Estadual de Campinas; ELISEU BINNECK, CNPSO; F. RODRIGUES; F. R. KULCHESKI, UFRGS; R. MARGIS, UFRGS; E. A. KIDO, Universidade Federal de Pernambuco; FRANCISMAR CORREA MARCELINO, CNPSO; ALEXANDRE LIMA NEPOMUCENO, CNPSO; RICARDO VILELA ABDELNOOR, CNPSO; G. A. G. PEREIRA, Universidade Estadual de Campinas; M. F. CARAZZOLLE, Universidade Estadual de Campinas. |
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Título: |
A brazilian soybean database. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts book... Ouro Preto: AB3C, 2010. p. 120. X-Meeting 2010. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Soybean is a legume with large economic importance in the international market, with a world production of almost two hundred and ten million tons in the 2008/2009 harvest. Brazil appears as the second largest producer, with about twenty-five percent of the world production. In 2007, the Brazilian Soybean Genome Consortium (GENOSOJA) was established with the goal of integrating several institutions currently working with soybean genomics in Brazil. The project has an initiative to search for new treats to improve the soybean production process, emphasizing in stresses that affect the national production, like the occurrence of droughts, pests attacks and the Asian Rust disease. Among the objectives of GENOSOJA is the creation of a relational database, integrating the results achieved by different methodologies utilized in the project. In the GENOSOJA context, we created a brazilian soybean database, integrating: (1) public data consisting of genome and predicted genes from JGI, an assembly of 1,276,813 of NCBI ESTs from several cultivars and 4,712 full-length cDNA sequences from one japanese cultivar; and (2) private data consisting of (i ) three cDNA libraries explored by SuperSAGE methodology, resulting in 4,373,053 tags of 26 bp, (ii ) 22 cDNA subctrative libraries from several brazilian cultivars under different stresses and (iii ) several libraries of soybean microRNAs under eight conditions and size between 19 and 24 bp. All these data were sequenced using Solexa/Illumina sequencing technology. This database offers to the users some features, including keywords searches, statics comparisons, automatic annotation, gene ontology classification and gene expression of the genes under certain conditions. All data are storage in a Fedora Linux machine, running the MySQL database server. The web interface is based in a combination of CGI scripts using Perl language (including BioPerl module) and the Apache Web Server. MenosSoybean is a legume with large economic importance in the international market, with a world production of almost two hundred and ten million tons in the 2008/2009 harvest. Brazil appears as the second largest producer, with about twenty-five percent of the world production. In 2007, the Brazilian Soybean Genome Consortium (GENOSOJA) was established with the goal of integrating several institutions currently working with soybean genomics in Brazil. The project has an initiative to search for new treats to improve the soybean production process, emphasizing in stresses that affect the national production, like the occurrence of droughts, pests attacks and the Asian Rust disease. Among the objectives of GENOSOJA is the creation of a relational database, integrating the results achieved by different methodologies utilized in the project. In the GENOSOJA context, we created a brazilian soybean database, integrating: (1) public data consisting of genome and predicted genes from JGI, an assembly of 1,276,813 of NCBI ESTs from several cultivars and 4,712 full-length cDNA sequences from one japanese cultivar; and (2) private data consisting of (i ) three cDNA libraries explored by SuperSAGE methodology, resulting in 4,373,053 tags of 26 bp, (ii ) 22 cDNA subctrative libraries from several brazilian cultivars under different stresses and (iii ) several libraries of soybean microRNAs under eight conditions and size between 19 and 24 bp. All these data were sequenced using Solexa/Illum... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Soybean. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/36659/1/Xmeeting-Abstracts-2010.pdf
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Marc: |
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520 $aSoybean is a legume with large economic importance in the international market, with a world production of almost two hundred and ten million tons in the 2008/2009 harvest. Brazil appears as the second largest producer, with about twenty-five percent of the world production. In 2007, the Brazilian Soybean Genome Consortium (GENOSOJA) was established with the goal of integrating several institutions currently working with soybean genomics in Brazil. The project has an initiative to search for new treats to improve the soybean production process, emphasizing in stresses that affect the national production, like the occurrence of droughts, pests attacks and the Asian Rust disease. Among the objectives of GENOSOJA is the creation of a relational database, integrating the results achieved by different methodologies utilized in the project. In the GENOSOJA context, we created a brazilian soybean database, integrating: (1) public data consisting of genome and predicted genes from JGI, an assembly of 1,276,813 of NCBI ESTs from several cultivars and 4,712 full-length cDNA sequences from one japanese cultivar; and (2) private data consisting of (i ) three cDNA libraries explored by SuperSAGE methodology, resulting in 4,373,053 tags of 26 bp, (ii ) 22 cDNA subctrative libraries from several brazilian cultivars under different stresses and (iii ) several libraries of soybean microRNAs under eight conditions and size between 19 and 24 bp. All these data were sequenced using Solexa/Illumina sequencing technology. This database offers to the users some features, including keywords searches, statics comparisons, automatic annotation, gene ontology classification and gene expression of the genes under certain conditions. All data are storage in a Fedora Linux machine, running the MySQL database server. The web interface is based in a combination of CGI scripts using Perl language (including BioPerl module) and the Apache Web Server.
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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| 161. |  | PAIVA, A. A. R.; YAMAGUCHI-SHINOZAKI, K.; YAMANAKA, N.; NAKASHIMA, K.; FARIAS, J. R. B.; MARIN, S. R. R.; SILVEIRA, C. A.; LUGLE, S. M.; BENEVENTI, M. A.; ABDELNOOR, R. V.; POLIZEL, A. M.; NEPOMUCENO, A. L. Análise da indução do promotor rd29A de Arabidopsis thaliana em soja após déficit hídrico através de ensaio histoquímico e fluorimétrico em plantas transformadas com a construção rd29A:GUS. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 4., 2006, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2006. p. 46-47. Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Simone Ery Grosskopf.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 162. | | ROLLA, A. A. de P.; YAMAGUCHI-SHINOZAKI, K.; YAMANAKA, N.; NAKASHIMA, K.; FARIAS, J. R. B.; MARIN, S. R. R.; SILVEIRA, C. A.; LUGLE, S. M.; BENEVENTI, M. A.; ABDELNOOR, R. V.; POLIZEL, A. M.; NEPOMUCENO, A. L. Análise da indução do promotor rd29A de Arabidopsis thaliana em soja após déficit hídrico, através de ensaios histoquímico e fluorimétrico em plantas transformadas com a construção rd29A:GUS. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 2., 2006, Londrina. Resumos expandidos. Londrina: Embrapa Soja, 2006. p. 171-174. (Embrapa Soja. Documentos, 276).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 168. | | MEYER, J. D. F. SILVA, D. C. G. MORTEL, M. van de; PEDLEY, K. F. HILL, J. H. SHOEMAKER, R. C. ABDELNOOR, R. V. WHITHAM, S. A. GRAHAM, M. A. Identification and analyses of candidate Genes for Rpp4 mediated resistance to Asian Soybean rust in soybean (Glycine max). In: THE INTERNATIONAL CONFERENCE ON THE STATUS OF PLANT & ANIMAL GENOME RESEARCH, 17., 2009, San Diego. Final Abstract Guide. [S.l.], 2009. Guide. [S.l.], 2009. p. 47, W474.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 176. | | NASCIMENTO, L. C.; COSTA, G. G. L.; VIDAL, R. O.; MEYER, L.; BINNECK, E.; KIDO, E. A.; RODRIGUES, F.; KULCHESKI, F. R.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F. Bioinformatics analysis applied to genosoja project. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book ... Rio de Janeiro: AB3C, 2009. p. 22. X-Meeting 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 177. | | ARIAS, C. A. A.; ABDELNOOR, R. V.; BONATO, A. L. V.; MARIN, S. R. R.; GERALDI, I. O.; CALVO, E. S.; ALMEIDA, L. A. de; KIIHL, R. A. de S. Caracterização do germoplasma ativo de soja com marcadores moleculares tipo AFLP e microssatélites (04.2000.322.03). In: HOFFMANN-CAMPO, C.B.; SARAIVA, O.F. (Org.). Resultados de pesquisa da Embrapa Soja - 2000: ecofisiologia e biologia molecular. Londrina: Embrapa Soja, 2001. p. 36-38. (Embrapa Soja. Documentos, 164).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 178. | | NASCIMENTO, L. C.; COSTA, G. G. L.; MEYER, L.; BINNECK, E.; RODRIGUES, F.; KULCHESKI, F. R.; MARGIS, R.; KIDO, E. A.; MARCELINO, F. C.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F. A brazilian soybean database. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts book... Ouro Preto: AB3C, 2010. p. 120. X-Meeting 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 179. | | CASTANHO, F. M.; KUWAHARA, M. K.; FERNANDES, G. P.; DARBEN, L. M.; YOKOYAMA, A.; SILVA, D. C. G. da; ABDELNOOR, R. V.; MEYER, M. C.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C. Characterization of Phakopsora pachyrhizi races from a broad geographical and temporal collection. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 9., 2022, Foz do iguaçu, PR. Desafios para a produtividade sustentável no Mercosul: resumos. Brasília, DF: Embrapa, 2022. Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, Adeney de Freitas Bueno, editores técnicos. resumo 105. p. 124.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 180. | | MORALES, A. M. A. P.; PEREIRA, A. A.; MURAKAMI, A. Y.; ROCHA, L. K. V.; STOLF, R.; BARBOSA, J. F.; ABDELNOOR, R. V.; MARCELINO, F. C.; BOREM, A.; LOUREIRO, M. E. Construção de biblioteca full length de soja inoculada com o fungo Phakopsora pachyrhizi. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FISIOLOGIA VEGETAL, 12., 2009, Fortaleza. Desafios para a produção de alimentos e bioenergia: [anais...]. Fortaleza: UFC: Embrapa Agroindústria Tropical, 2009. Seção trabalhos, 15.pdf. 1 CD-ROM. CBFV 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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